萧会理字长才,从小聪明灵慧,喜爱文史。十一岁时,萧会理成了孤儿,因此特别受到梁武帝的宠爱,给他的衣服、礼仪和品爵都和正王待遇相同。十五岁时被任命湘州刺史,他总是相信他身边的人所出的主意,行事刘纳因此而经常限制他的行动。萧会理心里很不高兴,他设法找到刘纳收取贿赂的证据,将他拘禁起来送往建邺。刘纳叹息着说:“我一见到天子,就会让你们知道后果。”萧会理厚送给刘纳钱粮,几次派人前往安慰。同时却让心腹到青草湖扮成强盗,将刘纳全家百口人全部杀光。后萧会理累升而担任都督、南兖州刺史。太清元年(547),萧会理总督众军北侵魏国,到彭城时,被魏军打败,退回本镇。

太清二年,侯景包围了京城,萧会理领兵入京救援。正值北徐州刺史封山侯萧正表准备接应他的哥哥萧正德,表面上声称前往救援,实际上准备偷袭广陵。萧会理打败了萧正表,这才得以沿着道路进军。台城陷落以后,萧会理回到本镇。侯景派遣前临江太守董绍先带着梁武帝亲笔手书来召回萧会理。萧会理的幕僚们说:“董绍先的书信哪里是皇帝的本意!”都劝萧会理拒绝接纳。萧会理采纳了典签范子鸾的计谋,便说:“皇上年纪大了,受制于贼寇,如今既然有亲笔信召我入朝,臣子之心,怎么能够违背呢?况且如今身居江北,功业也难以成就,不如亲自前往京都,在天子身边再作图谋。”于是接纳了董绍先。

董绍先进城之后,用一杆黑旗指挥众军,将萧会理单骑送回京都。侯景让萧会理任司空兼尚书令。萧会理虽然在贼寇的控制之中,总是想着恢复朝廷的大计,他和西乡侯萧劝等人暗中布置了许多心腹,交结壮士。当时范陽人祖皓斩了董绍先,占领广陵城起义,打算以萧会理作为内应。祖皓失败,供辞中提到萧会理。侯景假传诏书免去萧会理的官位,但仍让他以白衣的身份担任尚书令。

当年冬天,侯景前往晋熙,京都兵力虚弱,萧会理又和柳敬礼以及北兖州司马成钦谋议。柳敬礼说:“要办大事时必定要有资本,如今身边没有寸兵,怎么能够行动?”萧会理说:“湖熟有我的故友旧人三千多人,昨天前来告知,准备确定日期响应集合起来。合计敌人的守军也不过一千人,如果有大兵从外部进攻,我们在内部接应,直接拿下王伟,事情必定成功。即使侯景知道后归来,也无能为力了。”柳敬礼说:“好!”当时京城的百姓都厌恶贼军,很想为朝廷效命。但建安侯萧贲把这项计谋报告了王伟,王伟便把萧会理和他的弟弟通理抓住必了起来。

当时有位钱塘人叫褚冕,是萧会理的旧交,也被关押在京城监狱中,贼寇审问他有关事情的起因,拷打他数以千次之多,但他始终没有说出。萧会理在隔壁听到声音,远远地说:“褚郎,你不就因为我而致于此吗?但你一定不要说话。”王伟杀了萧会理等人,而褚冕到底不服罪,王伟便放了他。

萧会理的弟弟通理字仲宣,任太子洗马,受封为祈陽侯,到这时也同时遇害。