萧仲恭原名萧术里者。先祖萧挞不也,在辽国做官为枢密使,守司徒,封为兰陵郡王。萧仲恭的父亲叫萧特末,官为中书令,守司空,娶公主为妻。萧仲恭性情谦恭谨慎,行为很有礼节,能够披铠甲一跃而上骆驼。辽国旧规定,宗族弟子另为一班,叫“孩儿班”,萧仲恭曾经做过班使,历宫使、本班详稳。

辽国皇帝天祚被金朝打得西逃天德,萧仲恭做护卫太保,兼领军事。到了霍里底泊,金朝大军突然追到,辽国皇帝又仓促逃跑。萧仲恭母亲的马跑乏了,不能再前进,她对萧仲恭兄弟们说:“你们尽管效忠国家,不要管我。”萧仲恭的母亲,是辽国皇帝道宗的小女儿。辽国皇帝天祚很悲哀,命令萧仲恭的弟弟萧仲宣留下来侍奉他的母亲。萧仲恭跟从皇帝再向西逃。当时大雪纷飞,天气寒冷,辽国皇帝又缺少饭吃,萧仲恭于是献上衣食。辽国皇帝困倦了,萧仲恭就伏在冰雪中,辽国皇帝卧在他身上休息。共计六天,才到达天德,至此萧仲恭才得以进食。后来,萧仲恭与辽国皇帝都被金军俘获,金太宗皇帝因为仲恭忠于其主,特以礼相待。

天会四年(1126),萧仲恭出使宋朝。到了宋朝,宋朝人考虑萧仲恭、耶律余睹都有亡国的悲伤,而耶律余睹作为监军握有兵权,可以诱惑利用他们,于是用蜡丸写信一封让萧仲恭带给耶律余睹,让他作为宋军的内应。萧仲恭一向忠诚,没有反叛的意图,但又害怕宋朝扣下他不让他回金朝,于是假装着答应了宋朝的命令。萧仲恭回到金朝拜见完颜宗望,就把宋朝的蜡丸信献给了他。完颜宗望观察到萧仲恭没有其他的反叛迹象,就轻微地罚了他。于是金朝再次攻打宋朝,掳获宋朝二帝回到金朝。萧仲恭升为右宣徽使,改任都点检。

完颜宗磐与完颜宗干在金熙宗面前争辩,完颜宗磐拔刀刺向完颜宗干,萧仲恭呵斥宗磐使他停止了行动。不久完颜宗磐因为反叛罪被杀,萧仲恭保卫皇宫有功,加为银青光禄大夫,升为尚书右丞。

皇统初年,萧仲恭被封为兰陵郡王,授予世袭猛安,进而被授为平章政事、同监修国史,封为济王。金朝皇帝熙宗下诏在广宁埋葬辽国豫王,萧仲恭请求前去参加葬礼,金朝皇帝熙宗认为他有道义而允许了他。后来萧仲恭改任行台左丞相。居官没多久,萧仲恭又进朝做尚书右丞相,任太傅,领三省事,封为曹王。天德二年(1150),萧仲恭被封为越国王,任命做燕京留守。金海陵王皇帝亲自写文书,把玉山子赏赐给萧仲恭。这一年萧仲恭死去,年仅六十一岁。谥号贞简。正隆年间,萧仲恭依旧例降王爵,改为仪同三司、郑国公。萧仲恭有个儿子叫萧拱。