完颜仲元本姓郭,中都人。大安年间,李雄招募兵士,郭仲元和完颜阿邻一起应募,多次立有战功。贞..三年(1215),他和完颜阿邻都积累战功升任节度。郭仲元是永定军节度使,被赐姓完颜氏。当时,郭仲元的兵力最强,号称“花帽军”,人们都称呼他为“郭大相公”,以便和完颜阿邻相区别。不久,又兼任本路宣抚使。八月,遥授郭仲元知河间府事。几个月后,又改知济南府事,权山东东路宣抚副使。

贞..四年(1216),山东缺粮,郭仲元和军队三万人准备到黄河边或陕右分开屯守,他便上书朝廷,请求补任京官,并且说自己有收复河朔的计策,必须到朝廷面奏。皇帝下诏说“:你们兄弟集合义军,在各自地方立功,忠义的情操,已昭然可见了。朕因为参政侯挚和你一向交情深厚,派他到那里担任行省官员,你应当可以理解我的心意了!你要求到朝中参见,想法当然也是不错的,但东平处于危急之际,正需依赖你们加以声援,等战事稍为和缓之后,便可将军队迁移到黄河边驻守,那时你再来朝廷,为时未晚。尚希戮力报效朝廷,我不会忘记你的。”不久,改任他为河北宣抚副使。

郭仲元的部将李霆等都累积战功而被任命为刺史、提控,仲元上奏朝廷赐予金牌,李霆等都成为当时的名将,功名都和仲元相当。仲元屡立战功,以本职任从宜招抚使,计划约集从坦等军准备恢复失陷的地方。朝廷下诏说,仲元的军队人数多而杂滥,可大致分为三等,上等的准备征伐时使用,中下等的派去防守,懦弱的全部放走。红袄贼一千多人占据涟水县,完颜仲元派提控娄室领兵攻破县城,斩首几百人,打败了祝春,活捉了郭伟,其余的都奔逃而散,于是收复了涟水县。仲元兼任单州经略使,娄室晋升了两个品级,晋升职务一等。不久,仲元被遥授知归德府事。

当年十月,移军至卢氏,改任仲元为商州经略使,代元帅右都监。朝廷下诏说“:商、虢、潼关,实属相连一体,你要考虑个万全计策。”不久,潼关失守,仲元军队前往商、虢,又到嵩、汝之间,都未能和敌人交战。仲元上书朝廷说:“去年六月,我曾经请求朝廷,推选名将来督促各军,我当先锋,身先士卒,但粮草物资不能按时供应,未能成行。如今让军队坐等敌人,则师劳而财尽,越来越困顿不堪。”他大概想攻打西夏以张扬军威。他又说“:陕西一路最为重要,潼关、禁坑和商州各关隘都应当有所防备。原来在中都时,居庸关是最要害的地方,敌人从小岭、紫荆绕行出兵,使我军腹背受敌,终于失守。近日敌人由禁坑出兵绕行,因而潼关失陷。可挑选精兵分别加以防守。”后来他在秦、蓝设置守卫部队,并且向西夏出兵。

兴定元年(1217),仲元又被任命为单州经略使,打败了在龟山的两千名宋兵,又在盱眙击败了宋军步骑兵一千多人,接着在白里港打败了红袄军,俘虏了老幼一万多人,他全都把他们放走了。宋军围困海州时,仲元军队驻守在高桥,他命令提控完颜阿邻带领骑兵绕到敌军后面夹击,宋军解围而去。皇帝赐给金带,并下诏加以嘉奖。红袄军攻占了曹马城,在徐、单两州间抢劫掠夺,提控高琬等人领兵出击,俘虏了两千人。兴定三年(1219),仲元上奏说:“目前州城坚固,并积蓄粮食二十万石,聚集了乡间的义军一万多人,又经过了较好的训练,足以防守,请让我部渡河守卫。”朝廷下诏让仲元军屯于宿州,和右都监纥石烈德共同行帅府事。因为仲元腿部有病,过了百日以后,朝廷下诏说:“卿只须处置机要事务,抚恤将士,出兵时派李辛就行了。”四年,兼任保静军节度使,不久又改为劝农使。五年,任镇南节度使。

元光元年(1222),完颜仲元被任命知凤翔府事。凤翔被围困时,左监军石盏合喜领兵救援。仲元让石盏合喜总管军事。合喜说:“明公一向深得人心,不必以官位相让。”仲元要求身先士卒,便传谕将士们说:“凡是建立奇功的,立即破格晋升。”在形势危急时他可以有权立即委任四品以下官员。颜盏虾虫麻拼力作战,功勋最大,他便任命虾虫麻通远军节度使。敌军解围之后,他奏请朝廷处置自己擅自任命官员的罪责。金宣宗嘉奖他的功劳,全部按照他的要求任命了那些官员。

又改任仲元为元帅右监军,被授予河北东路洮委必剌猛安,赐给黄金五十两、帛十五端、通犀腰带等,优诏嘉奖。正大年间任兵部尚书、皇太后卫尉,去世。完颜仲元为将,沉着刚毅而有智谋,是南渡之后最为人称道的名将。