吴祯,江国襄烈公吴良的弟弟。最初名叫国宝,赐名为祯。与吴良一起从大军攻克滁州、和州,渡江攻克采石,又随大军定集庆,下镇江、广德、常州、宣城、江阴,都立有战功。又跟从常遇春自铜陵攻取池州,用水师摧毁池州的北门,进入城中。敌舰百余艘驶来,皆被打败,于是攻克池州,积功由帐前都先锋晋升为天兴翼副元帅。带领千人协助吴良镇守江阴,多次打败张士诚的军队,攻破张士诚的水寨,活捉其猛将朱定。被授予英武卫亲军指挥使。于浮子门大破吴兵。跟从大将军徐达率马步舟师夺取湖州,指挥奇兵出旧馆,大胜。平定湖州,并带兵戍守。从大军围攻平江,攻破葑、胥二门,晋升为佥大都督府事,安抚平江。不久,又随征南将军汤和讨伐方国珍,乘涨潮进入曹娥江,毁坝通道,出其意外地抵达了敌营。方国珍逃入海上,追至盘屿,会战,从申时战至戌时,打败了方国珍,全部缴获了其战舰、辎重,俘其士兵,方国珍投降。再次从海道进攻福州,包围了其西、南、水部三门,一举攻克。

洪武元年(1368),出兵攻占延平,活捉了陈友定。福建沿海得以全部平定。回到昌国,正遇海盗在兰秀山抢劫,于是剿平这股海盗。兼任率府副使,不久担任吴王左相兼佥大都督府事。二年,大将军平定陕西回来,吴祯与副将军冯胜驻守庆阳。三年,讨平沂州答山贼。任命为靖海将军,在海上练兵。这年冬天,封为靖海侯,食禄为一千五百石,给予世袭的凭证。与秦、晋二王教导金朝兴、汪兴祖,并专门辅佐二王,解除了都督府事的官职。

仇成戍守辽东,命令吴祯总管数万舟师,由登州供应粮饷。海道险远,他经营有方,军队的粮草充足,同时修固城池,练习士兵,全部收复辽海未归附的地方,使平章高家奴等人投降。因牵连被贬职为定辽卫指挥使,不久被召回。七年,海上有敌情,吴祯再次担任总兵官,同都督佥事於显统领江阴四卫的水师,出海追捕倭寇,到了琉球大洋,缴获敌兵船,把俘获物品呈献京师。从此吴祯常常往来在海道上,总理军务数年,海上无寇贼。

十一年奉诏出师定辽,患病,乘车回到京师。第二年去世,追封为海国公,谥号襄毅,他和吴良的肖像均放在功臣庙里。儿子吴忠继承侯位。二十三年,追究吴祯是胡惟庸同党,爵位被削去。