吕原,字逢原,秀水人。父亲吕嗣芳,任万泉县教谕。兄吕本,任景州训导。嗣芳年老后,就养于景州,与吕本相继去世。因为家贫,吕原无法将父兄归葬故乡,只好葬于景州,时常到墓前恸哭。后来,他奉母亲南归,家境更加贫困。知府黄懋惊奇吕原的文章,把他补为生员,送他入学,后来考中乡试第一名。

正统七年(1442),吕原中进士及第,被授予编修官。十二年,他与侍讲裴纶等十人一同被选入东阁学习,后来在讲经筵当值。景泰初年,他升为侍讲,与同学倪谦在文华殿东庑下教小宦官读书。皇上有一天来到,命倪谦讲解《国风》,吕原讲解《尧典》,他们都受到皇上称赞。皇上问他们是什么官,他们回答说是中允兼侍讲。皇上说:“二职品级相同,怎么相兼?”进升二人为侍讲学士,兼中允。不久他又升为左春坊大学士。

天顺初年,他改任通政司右参议,兼侍讲。徐有贞、李贤入狱的第二天,皇上命吕原入阁参预机务。石亨、曹吉祥弄权,高贵傲慢,却唯独敬重吕原。吕原朝会时穿着青袍,石亨笑道:“我将为先生换了它。”吕原不答。不久他与岳正列出石亨、曹吉祥的罪状上奏,但奏疏被扣留。石、曹两人大怒,摘引皇上敕谕中的话,说阁臣诽谤皇上。皇上大怒,坐在便殿上,召他们去问话,厉声说道“:岳正大胆,竟敢这样!吕原素来恭谨,为什么要阿护岳正?”岳正被罢免,吕原得留了下来。李贤得复官入阁掌权后,吕原辅佐他。不久,彭时也入阁,三人相处得非常好。李贤通达,凡事立行决断。吕原以稳重帮助他,百政得以妥善处理。这年冬,他升为翰林院学士。

六年(1462),吕原遭母丧,连续三天水浆不入口。诏令他葬好母亲后即出来理事。吕原请求守孝终制,皇上不许。于是吕原前往景州,挖出父兄的遗骸归葬。在船上他枕着草垫,因为过度哀伤,原本很胖的身体,这时瘦了下去。到家后,刚办完丧事他就去世了,终年四十五岁。赠礼部左侍郎,谥文懿。

吕原内刚外和,与世无争。他个性节俭,身无纨绮。他回去时的行装只有皇上赐给的几件衣服,还分俸禄抚恤宗族和亲戚。