陈九畴,字禹学,曹州人。风流倜傥,多有权谋韬略。自从作为诸生,就练习武事。弘治十五年(1502)考中进士。授官刑部主事。有重罪囚徒越狱,无人敢捉,陈九畴手执长矛追赶并抓到犯人,于是以武健出名。

正德初年,他审查囚犯记录于南畿,忤逆刘瑾,被贬为阳山知县。刘瑾败落,陈九畴恢复旧职,历任郎中,调迁肃州兵备使。总督彭泽决定贿赂吐鲁番方面,他派遣哈密都督写亦虎仙前往实行。陈九畴激动地说:“彭公受天子之命,节制边疆,不能身当利害,为何这般没有原则啊!”于是操练队伍士兵,修缮营垒,经常如临大敌。写亦虎仙果然暗通敌贼。番酋速檀满速儿侵犯嘉谷关,游击芮宁败死。不久吐鲁番方面又派遣斩巴思等人用骆驼马匹求和,但暗中派人给写亦虎仙和他的同党阿刺思罕儿、失拜烟答等人送信,让他们作为内应。陈九畴知道乱贼的计谋,抓住阿刺思罕儿和斩巴思送进监狱。命通事毛鉴等人看守他们。毛鉴等人过去与他们有联系,想放他们离去,众番都伺隙谋变。陈九畴发现了这些情况,杀了毛鉴等人。敌贼失去内应,于是拔帐逃走。兵部尚书王琼厌恶彭泽,并且追究陈九畴的失事罪,逮捕拘囚于法司监狱。以失拜烟答死于狱中为罪名,在官籍中除去了他的名字。

世宗即位后,以原职起用陈九畴。不久升为陕西按察使。过了数月,甘肃总兵官李隆怂恿部下殴打杀死巡抚许铭,并焚烧他的尸体。于是升陈九畴为右佥都御史,巡抚甘肃,按验许铭之事,诛李隆和乱兵生事的头头。陈九畴抵达甘肃镇,说额定军兵七万多人,现在有的不到一半,并且多是老弱之人,请求允许下令招募。皇帝下诏批准。

嘉靖三年(1524),速檀满速儿又用二万多骑兵围攻肃州。陈九畴从甘州昼夜奔驰入城,射击敌贼,敌贼死伤甚多。之后,又出兵追击。攻掠甘州的部分敌贼,也被总兵官姜..打败。根据战功,陈九畴升职为副都御史,并赐给他金币。陈九畴向皇帝上奏说“:番贼敢入犯我边境,是因为我们收纳他们的朝贡,任其商贩,使得他们熟悉我们的虚实。写亦虎仙的逆谋已经暴露,但他贿赂权贵,反而能蒙宠幸,以犯边之寇,为来贡宾客。边臣因利害方面的恐惧,拱手听命,致使内属与番人勾连接应,以至于今。现在即使不能像汉武帝那样兴大宛之师,也应当效法光武帝那样隔绝西域的计谋。先后入贡没有归去的人有两百多,应该将他们安置到两粤,对其中有谋逆迹象的或加刑或杀戮,那么敌贼就没有内应作为依靠,必然不再有侵略袭击。倘若再包含隐忍,恐怕河西十五个卫所,将永远没有安宁的日子。”奏事下达之后,总督杨一清颇采纳他的建议。四年春天,退职归乡。

开始,吐鲁番失败逃遁,都指挥王辅说速檀满速儿和牙木兰都被炮打死,陈九畴以此上报。后来他们二人上表请求进贡。皇帝感到奇怪并且怀疑他们。而番人先在京师散布流言蜚语,说肃州的围困,是由陈九畴激发的,皇帝更加相信。正巧百户王邦奇揭发杨廷和、彭泽的短处,言词牵连到陈九畴。吏部尚书桂萼等人想利用陈九畴来排挤彭泽,因而请允许通贡,从而追究整治陈九畴激发变乱之事。大学士杨一清说事情在前已有决定。皇帝不听,逮捕陈九畴下诏狱。刑部尚书胡世宁在朝廷上说“:世宁掌管刑法而杀忠臣,宁可杀世宁。”于是上疏为陈九畴鸣冤说:“番人诈变,妄图传递诽谤怨言,想加害我方的谋臣。他们畜谋内寇,为日已久。一旦拥兵深入,诸番约定为内应,不是陈九畴先机奋身而起,并且近派属下夷民退却他们的营帐,远交瓦刺扰乱他们的巢窟,使他们内顾而返,那么肃州这座孤城怎么又能保得住呢?臣认为文臣里面的有勇知兵忘身殉国的人,无人能比得上陈九畴,无怪番人很惧怕而想杀他呢。只是他听信部下兵卒的妄报,以为满速儿已死,那么他才有其不免之罪。”之后,法司陈述案件也像胡世宁所说的一样。皇帝终于还是听信桂萼等人的话,将陈九畴贬戍于远边。在那里生活了十年,陈九畴才遇赦返回内地。