朱纨,字子纯,长洲人。正德十六年(1521)进士。封官景州知州,调到开州。嘉靖年初期,迁南京刑部员外郎。历四川兵备副使。与副总兵何卿共同平定深沟诸砦番。五迁到广东左布政使。二十五年提升为右副都御史,巡抚南、赣。第二年七月,倭寇出现,改任提督浙、闽海防军务之职,巡抚浙江。

起初,明祖定下制度,不许片板入海。承平日久,奸民擅自出入,勾结倭人和佛郎机诸国的人到中国互相做买卖。闽人李光头、歙人许栋占据宁波的双屿,做该地的统治者,掌管它的质契。有势的人家维护支持他们,漳、泉的这种家庭比较多,或者与他们通婚姻。假借济渡的名义,制造双桅大船,运载禁运物资,将吏对此不敢诘问。有的人欠他们的债,许栋等人就引诱他们攻打抢劫。欠债的人威胁说将吏要逮捕驱逐他们,泄露出征时间让他们离去,期望他日偿还。到期后,仍然像以前一样欠债。倭寇大怨恨,更加与许栋等人合作。而浙、闽海防长久毁坏,战船、哨船十艘只剩下一两艘,漳、泉巡检司弓箭兵旧额二千五百多人,现在只有千人。倭人抢劫掠夺总是得志,更加无所顾忌,来进行抢掠的接踵不断。

朱纨巡视海道,采用佥事项高和士民的话,说不革除渡船,那么海道就不能清理,不严保甲则海防不可能得到恢复,上疏皇帝列举具体情况。从此革渡船,严保甲、搜捕奸民。闽人衣食靠海来维持,突然丧失重利,即使是士大夫之家,也觉不便,想阻止破坏这种制度。朱纨讨伐平定覆鼎山的叛贼。第二年将进攻双屿,让副使柯乔、都指挥黎秀分别驻扎漳、泉、福宁,遏止敌贼奔逸,让都司卢镗率领福清的兵士从海门进入。而日本的贡使周良违背旧约,以六百人先期到达。朱纨奉诏对此进行灵活处理。估计不可能推却,于是要周良自我表明,并且下不为例。命人登记他们的船,将周良引进宁波宾馆。奸民投书激变,朱纨防范甚密,使他们的诡计不能得逞。夏天四月,卢镗在九山洋遇到敌贼,俘虏日本国人天稽,许栋也被擒。许栋的同党汪直等人收集余众逃遁,卢镗筑塞双屿后回来。番船后到的不能进入双屿,分别停泊在南麂、礁门、青山、下八诸岛。

势豪之家既然失利,就公开扬言被擒的人都是良民,不是贼党,以此来蛊惑人心。又挟制有司,轻的按胁从被掳的罪名加以处理,严重犯罪的则按强盗拒捕的法律处理。朱纨上疏说“:现在海禁分明,不知由什么原因被掳,由什么原因胁从。如果以引进番导来寇为强盗,海洋敌对为拒捕,我很愚昧,实在不能理解。”于是朝廷让他不须请示灵活处置、杀戮。

朱纨执法非常坚决,势豪之家都感到恐惧。贡使周良安插已定,闽人林懋和为主客司,宣言应当放他回去。朱纨因为中国制驭诸番,应当遵守大信,谏争得很强烈。就说:“除去外国强盗容易,除中国强盗困难。除去中国濒海的强盗还容易,除去中国衣寇的强盗特别困难。”闽、浙的人更加恨他,竟勒令周良还泊海屿,以等候贡期。吏部采用御史闽人周亮和给事中叶镗的话,上奏改朱纨为巡视,以减少他的权力。朱纨愤怒,第二年春天上疏说:“我整顿海防,稍有次第,周亮想侵削我的权力,致使我管的官吏不肯听我的命令。”既而又陈述明国事、正宪体、定纪纲、扼要害、除祸本、重决断六事,语言多有愤激。中朝士大夫先听进浙、闽人的话,也有不喜欢朱纨的人。

朱纨前往讨伐温、盘、南麂诸贼,连战三月,大破敌军,还平息处州矿盗。这一年的三月,佛郎机国人到诏安进行抢劫。朱纨攻击擒获他们的头领李光头等九十六人,又用相机处理之法将他们杀戮。并将情况报告给皇帝,语言中又侵犯了诸势豪之家。御史陈九德于是弹劾朱纨擅自杀戮。于是免去朱纨的官职,命令兵科都给事中杜汝祯考察审问。朱纨听说后,慷慨流涕说:“我贫穷而且有病,又意气自负,不能对簿公堂。纵使皇帝不想杀我,闽、浙人一定会杀我。我死,自己解决,不须他人。”写墓志,作绝命词,饮药而死。二十九年(1550),给事中杜汝祯、巡按御史陈宗夔回来,说是奸民鬻贩拒捕,没有僭号流劫之事,问朱纨擅杀之罪。皇帝下诏令逮捕朱纨,朱纨在这以前已经死了。柯乔、卢镗等人一并被处死刑。

朱纨清强峭直,勇于任事。想为国家杜绝祸乱的根源,才被势豪之家陷害,朝野人士都为他叹息。自从朱纨死后,罢去巡视大臣官职不设,朝廷内外都摇手不敢说海禁方面的事。浙中卫所四十一个,战船四百三十九艘,军籍尽为耗散。朱纨将福清捕获的盗船四十多艘,分布在海道,在台州海门卫的有十四艘,作为黄岩的外部屏障。副使丁湛全部将它们遣散,撤消防备放开海禁。不久,海寇大作,荼毒东南有十多年。