曹邦辅,字子忠,定陶人。嘉靖十一年(1532)进士。历任元城、南和知县,以廉洁干练著称。提升为御史,巡视河东盐政。巡按陕西,弹劾总督张珩等人冒功,他们都谪戍边关。调任湖广副使,补职河南。

柘城叛贼师尚诏造反,攻陷归德。检校董纶率民兵巷战,手刃数贼,与他的妻子贾氏都战死。敌贼又攻陷柘城,劫获举人陈闻诗做主帅。陈闻诗不听,斩其随从来要挟他。陈闻诗哄骗他们说:“一定要我同行,就不要杀人,不要放火。”敌贼许诺,将他拥上马。他三天绝食,到鹿邑自缢而死。敌贼包围太康,都指挥尚允绍与他们在鄢陵交战,被敌贼打败。尚允绍又在霍山攻击敌贼,被敌贼包围,官兵没有敢前进的。曹邦辅将走在最后的士卒斩首,士卒就竞相前进。敌贼大溃,被擒斩的敌人有六百多人。师尚诏跑到莘县,被擒。敌贼起兵四十多天,攻破一府、八县,杀戮十多万人。曹邦辅与敌人急战,将他们歼灭。皇帝下诏令赏赐银币,升曹邦辅为山西右参政,迁浙江按察使。

三十四年(1555)拜封为右佥都御史,巡抚应天。倭寇聚集柘林。他们的党徒从绍兴逃窜转掠杭、严、徽、宁、太平,接着侵犯南京,攻破溧水,抵达宜兴。被官军追逼,逃奔浒墅。副总兵俞大猷、副使任环多次在半路上攻击他们,但柘林的余贼已经进据陶宅。曹邦辅督副使王崇古包围他们,佥事董邦政、把总娄宇协助剿敌。敌贼逃跑到太湖,被官军追上,并被全部歼灭。副将何卿的军队被敌人打败,曹邦辅援助他们。用火器攻破敌贼战船,前后俘歼六百多人。侍郎赵文华想窃取他们的功劳。曹邦辅的报捷之书先奏上皇帝,赵文华非常厌恨。既而赵文华与浙江巡按御史胡宗宪会同曹邦辅进攻陶宅的敌贼,诸路营军都被敌人击败。敌贼撤退时,曹邦辅进攻他们,又被打败,被剥夺俸禄。赵文华上奏告曹邦辅避难击易,致使战败,总督杨宜也奏曹邦辅故意违抗节制。给事中夏木式、孙..为曹邦辅抗争,曹邦辅没有获罪。赵文华回到京城,上奏余贼已扫尽,而巡按御史周如斗又奏失败的情况,皇帝很怀疑赵文华。赵文华因而说“:敌贼容易歼灭,督抚的人员不当,致使战败。我过去论告曹邦辅,夏木式、孙..却生事诬蔑我。东南涂炭何时能解除啊。”于是逮捕拘囚曹邦辅,将他谪戍朔州。

隆庆元年(1567),杨博治理吏部,起用曹邦辅为左副都御史,协助处理院事。晋官兵部右侍郎,管理军政。不久以左侍郎兼右佥都御史,总督蓟、辽、保定军务。他说修治边墙并非上策,应当紧急练兵;兵练成之后才能谋议边事。用给事中张卤的话,召曹邦辅为右都御史,掌管院务。皇帝因京营事重,改协理为阅视,将京营交给懂得军事的大臣,遂以左都御史召还任职。之后,听从恭顺侯吴继爵的话,又改阅视为提督。

不久,转为南京户部尚书。上奏督仓主事张振选不听管束。吏部因而说:“过去执政喜欢别人取悦自己,属下的官吏依靠它来作为奥援。构陷朝堂上官员,以至于屈身降意,倒置名份。在外的巡按御史也曲庇进士推为知己,监司贤与不肖出自他的口吻。祸害政治没有比这更厉害的。”穆宗深深感到这些话是对的,于是贬黜张振选,整治内外诸司,但终不能改变。

曹邦辅多次乞求退休,皇帝不听。万历元年(1573)获准去京师,又因病请求离去,并且说辛爱有非分的企图,应当谨慎防备他。于是引退离去。过了三年,死去。赠太子少保。

曹邦辅廉洁刚直。在吴中被逮时,有司送上所储俸钱,被挥之出去。做官四十年,家里没有余钱。巡抚、巡按向皇帝报告这个情况,皇帝下令派遣右评事刘叔龙为他营造坟墓。