黄凤翔,字鸣周,晋江人。隆庆二年(1568)的进士及第,授职编修。在内书堂任教习,辑录前代宦官可作告诫借鉴的事,指令他们朗诵研习。《世宗实录》撰成,晋升为修撰。

万历五年(1577),张居正服丧未满期,强出为官,杖责诸位劝谏者。黄凤翔心中不平,诉之于朝,编纂奏章的时候,收录全部谏言奏疏。张居正两个儿子参加会试时,请他关照,黄凤翔严辞拒绝了。他本当主持南畿的考试,因为王篆想为儿子徇私,他就推辞不去。升任南京国子祭酒。回乡探望母亲,而后起用为北京国子祭酒。

当时校刻《十三经注疏》,黄凤翔奏称“:近来陛下去掉《贞观政要》,讲诵《礼经》,很好。陛下阅读曾子论孝,称敬重父母所给的生命,就应当思虑珍惜爱护圣上的身体。阅读《学记》所言,学习之后知道不足,就应当思虑光明圣学。考察《月令》,依四季时序行政事,效法自然的刚健不息,就可以知道圣王之治当勤奋上进。探究《世子》篇中陈述保傅的教导、幼学的仪礼,就会注意到皇储应当早点进行教育。”奏疏呈入,答复知道了。

不久,他晋升为礼部右侍郎。洮、河地区传来警报,他又大胆奏疏:“多事之秋,陛下应当放弃游赏宴乐,亲临政事,以便真正消除祸患,求得安宁。现在最重要的事是用人、理财。宋代有大臣说:‘平常没有敢大胆劝谏的大臣,那么遇上祸乱就没有勇敢御敌的将士。’邹元标直言有气节,选官部门特意准备招用。其他因谏言遭到贬官,如潘士藻、孙如法也应考虑,但奏疏滞留宫中没有回应。结果士气一天天低落,言路一天天淤塞,平常只留恋爵位,培养交情,遇上危难则不肯捐躯为国竭尽全力。过去宋太祖想聚积二百万匹细绢,换取辽国人的首级;太宗拿出内府贮藏的供物,作为用兵养士的资财。现在户部每年供奉二十万两白银,开始并非旧有的定额,渐渐却成了经常性的供给。陛下拥有四海的财富,怎么还自己经营储蓄?试看都城的寺观,丹碧荧煌,梵刹的供奉,斋祭的供品,哪一项不耗费内府钱财?与其向阴间的鬼神求幸福,不如广泛地施恩于幸存的华夏赤子。”神宗没能采纳。

朝廷大臣们争论立太子的事,久久没有结果,神宗指令内阁大臣们明年春天进行办理。大学士王家屏告诉了礼部,黄凤翔与尚书于慎行、左侍郎李长春将册封的仪礼呈书皇上。神宗发怒,全部剥夺了他们的俸禄,考虑再做变更。黄凤翔又上奏争辩,没有答复,便请求辞官。

万历二十年(1592),礼部左侍郎韩世能离职,张一桂未上任就去世了,神宗再次启用黄凤翔接替此职。不久,改任吏部职,授任南京吏部尚书。以赡养亲人的名义回乡。再次官封原职时,他以年老极力推辞。后来,母亲去世,就不再出仕,死于家中。天启初年,谥号文简。