冯琦,字用韫,临朐人。幼时聪敏绝伦。十九岁,考取万历五年(1577)的进士,改任庶吉士,授职编修。参与修成《会典》,晋升为侍讲,充任日讲官,任过庶子。一并加封三王的议论兴起,他投书王锡爵与他极力争辩。晋升为少詹事,负责翰林院的事务。调任礼部右侍郎,改任吏部职。处理政务勤奋敏捷,极力抑制钻营投机的人,尚书李戴很器重他。

万历二十七年(1599)九月,太白星、太阴星同时在午时出现;又值狄道发生山崩,平地隆起大小五座山丘。冯琦草拟奏章,与尚书李戴一起劝谏:

“近来目睹太阴星经过天宇,太白星白天出现,已非常奇异。至于山陷成谷,地隆为山,自从开天辟地,只有唐垂拱中有过此事,而现在却又见到了。暗自思虑上天的无私,只听百姓的。想禀承天意,应当顺应民心。如天下的赋税数额,比二十年前,增加四成。但百姓中富足的,却减少五成。东征西讨,人们苦于兵事。

“自从派出了矿税使,则民间的苦痛更甚。加上水旱蝗灾,流民充塞道路,京城地区盗贼公然出现,这不是小小的变故。各位宦官使者领命出京师,随从奸诈之徒,动辄成百上千。陛下想通商,他们却专门困禁商业。陛下想爱护百姓,他们却专门残害百姓。近日有两种奇怪的奸诈事:其一,工于窥察陛下的心思,撰成奏章,假借武弁之手呈上;其二,致力盘剥平民,先有谋略,假借宦官之手施行。如鬼怪般运用机巧,锱铢之财也尽皆夺取。远近人一样叹息,贫富者均陷困境。贫穷者家中没有储蓄,只有靠小本经营。但仍然夺取他们几钱的小利,断绝他们一天的生资。至于富人,更加蒙受毒害。或者诬陷他们漏税、偷矿,或者诬陷他们贩盐、盗木。布下诡计,声势赫然吓人。等到夺取了钱财,就静寂得无事一般。小百姓吃尽苦却不敢声张,无地容身。好处被群奸得到,怨恨汇聚朝廷。因刺骨般的贫穷,怀抱伤心的痛楚,一人呼唤就容易暴动,一旦暴动就难以平息。现在依旧平安,百姓却怨恨汹汹,假若有不测之变,天下有谁来保护?口孛拜被杀,关白死去,这都是招募百姓壮丁当兵,用百姓的钱财做粮饷的结果。如果一方的穷苦百姓倡导暴乱,而且四面的民众响应,国家从哪里征兵,从哪里取得军饷?陛下不妨派遣忠实、亲信的人,采访都城内外,里巷的歌谣,让他们一一报告,那么百姓的怨忿、困苦,就可以目睹。上天心性仁爱,明确宣告责罚,真的是想要陛下猛然觉悟,消除祸乱。

“礼部修身自省的奏章没被批复,而奸人搜括民财的奏章却又被同意施行,像采纳何其贤的胡言,命令全部解送全国滞留官银。四方的钱谷,都有定额,所谓滞留,意思大概是指经费的节余。近来征调频繁,正额尚且不够,哪来的剩余?这道命令一下达,催促紧急,必然会分割公款来充数。经费筹措无着,还是加派到民间,这种事是必定不能做的。又如仇世亨奏疏徐鼐掘坟墓的事,照理说,没有一座坟墓埋藏着万两铜钱。假使有,也应当下令抚按核实、勘探。先确定他们盗墓的罪行,而后没收墓中的藏宝。没有罪状不明,先没收资财的事。早上递入片纸,晚上传出严令,纵然抱有深重的冤屈,谁敢辩论道理?不但使这些家族破败,还将波及很多人。一旦受株连,立刻就会家破人亡。在京城尚且经过多次审议,万里之外却只根据一面之词。于是使狡猾的人,掌握了生杀大权。这种风气一兴起,谁不效法?已经下达奖励生发隐匿缗钱的命令,又开启告密的风气。我们刚想陈诉,而奸人的奏章又获得御旨。五天之内,已经搜取了天下二百万两公私金银。奸诈之中又生奸诈,事例之外又创事例。我们先前希望它们一天天减少,现在更加忧虑它们一天天地增加,不使百姓困苦,钱财竭尽,激发起大乱不会终止。希望陛下严肃思虑将来,紧急与朝廷大臣共同修漏补缺,不要让海内的赤子聚结怨忿于盛朝,千秋青史留下对圣德的讥讽。”神宗没有答复。

不久,他转任左侍郎,受任礼部尚书。神宗将要册立东宫太子,诏令时间紧迫,执掌监司的宦官以供给经费不足为借口。冯琦道:“今天礼仪为重,不可与他们争辩。”他的弟弟户部主事冯瑗刚好运送四万两饷银出京城,冯琦立即将他追回,提供经费,事情才得以办成。

万历三十年(1602),神宗患病,下令停止征收矿税,不久又后悔了。冯琦与同僚们联合上奏争辩,并且恳请皇帝亲自到郊庙祭祀,上殿受理朝拜,皇帝不接纳。湖广税监陈奉因为虐待百姓被撤回,陕西的黄河干涸,冯琦谏言辽东的高淮、山东的陈增、广东的李凤、陕西的梁永、云南的杨荣,肆虐的程度不低于陈奉,请求将他们一起撤回,神宗都没有答复。南京守备宦官邢隆请求另外给关防征税,冯琦不同意,就把御前牙关防税给了他。

当时士大夫多信奉佛教,士人写作往往吸取佛教之意,而鄙弃经书的传注。前任尚书余继登奏请约束、禁止,然而习俗风尚如故。冯琦又极力陈述它的弊端,皇帝下诏戒止。

冯琦熟习典故,学习有根底。多次陈述正直的言论,朝廷内外都希望看到他的风采,皇帝也很眷恋、倚重他。内阁缺人,神宗已经选用了朱国祚和冯琦。但是沈一贯秘密上书,称他们两人的年纪不大,不妨稍过一段时间再说,先任用年长者。于是改任沈鲤、朱赓。冯琦一向有病,因此更加沉重。十六次奏疏请求退休,皇帝不同意。死于任上,年仅四十六岁。遗下奏疏请求皇帝严肃明理之作,发下奏疏,补充空缺的官职,对下面的臣民表示诚意,收拢人心。语言很恳切诚挚。神宗对他悼念、惋惜。追赠太子少保。天启初年,谥号文敏。