傅应祯,字公善,江西安福人。隆庆五年(1571)中进士,授职零陵知县。剿杀洞庭强盗,将祁阳有盗名的大土匪治罪,使老百姓得到安宁。后调任溧水知县。

万历三年(1575)升为御史。张居正执掌国事,傅应祯是他的门生,对时事有所思虑,遂上疏陈述重视君之道德、解除百姓负担、广开言路三件事,说:

“近来雷鸣震及端门的兽吻,京师及四方的地震频频发生,但没有听说发出诏书自己反省的,难道真的是天变不足以害怕吗?在真定,派驻征税宦官本来不是旧制度,正统年间曾暂时实行过,先皇帝采纳李芳的建议,已下诏停止了,而陛下想跟着实行缺德之事,难道真是祖宗不能效法吗?给事中朱东光上奏陈述治理地方事,不一定可与古代敢言直谏的人相比,竟把他的奏章留在禁中不下发,难道真的是意见不足以值得重视吗?这样的三不足,是王安石所以耽误宋朝的原因,不能不引以为戒。

“陛下登位的时候,自隆庆改元后的欠租,一一蠲免,四年以前的免除三分征收七分,恩眷优厚。皇上怜恤之情已尽到了,但下面的拖欠仍在拖欠,没有一个能够将欠下的全部还清的,为什么呢?小民一年的收入,仅可以供给一年,没有余力偿还欠收。最近制定如果输税没有达到限额的,由按抚官纠察,郡县予以调整。各位大臣害怕调遣,于是催促更为严厉。致使百姓流离失所,怨声载道,上达于天庭。难道这是太平的气象,陛下愿意听到的吗?请求下诏,不是官吏吞没的,其他欠租全部免除。老百姓的困难得到解除,灾害自然没有了。

“陛下登基时,任用正直的大臣石星、李巳,大臣们无不感到欣慰。现在赵参鲁纠正时弊被贬为典史,余懋学上陈时政被禁止终身参予政治。其他像胡轨礼、裴应章、侯于赵、赵焕等议论朝政,被冷落在一旁。如初时政情相比如何?我请求提拔赵参鲁在京城任职,恢复余懋学的官职,以作为大臣进言的榜样。”

上疏呈上,张居正认为疏中提到王安石之语是影射自己,大怒,下旨责问;又因为奏中论及到余懋学,将他逮捕下狱,严厉追问他的党羽。傅应祯临死都没有承认什么,于是被贬到定海。给事中严用和、御史刘天衢等上疏营救,皇上不听。当傅应祯被关进狱中后,给事中徐贞明带着御史李祯、乔岩看望他。锦衣帅余阴上告,三个人也被贬。

万历十一年(1583),皇上采纳御史孙继先的意见,下诏恢复他的官职。皇上将临幸昌平检查墓道,而蓟镇出现军事警报,傅应祯劝皇上不要去,且上陈边防战备特别详悉。皇上以奖赏的语气予以回答。不久,提升为南京大理寺丞。临行前,上奏推荐了海内知名人士三十七人。没有多久,因病归家,三年后去世。赠本寺右少卿。傅应祯同县人刘台同时中进士,担任御史,同样得罪张居正招致祸患,乡人一同在祠堂祭祀他们。