余懋衡,字持国,江西婺源人。万历二十年(1592)中进士,授职永新知县。升为御史,当时因为修建大殿,矿税使被派往各地,骄横异常。余懋衡上奏说:“与其骚扰平民,榷税至于鸡猪,还不如明明白白告诉天下人,稍为增加田赋,共同赞助大殿工程。现在避开增加赋税的名声,实际上是竭泽而渔的办法,这样的害处比增加赋税要大十倍。”违背圣旨,余懋衡被停发俸禄一年。

巡按陕西,税监梁永将私人财产运到畿辅,役使人马甚众。余懋衡上奏弹劾他,梁永恨得要命,唆使其帮凶乐纲贿赂厨师想毒死余懋衡。两次中毒,余懋衡都没死,拷问厨师,获取乐纲给予的贿赂和剩下的毒药,于是,上疏极力弹劾梁永,御史官也争相弹劾梁永,皇上都不讯问。梁永害怕军民为难他,召进一些亡命之徒自卫。御史王基洪声言梁永一定会造反,将梁永杀掠官吏、百姓的事一一陈上。巡抚顾其志为梁永隐讳,梁永于是为自己辩护。皇帝怀疑御史说的不是实话。可咸宁、长安二个知县与梁永的对立更加厉害。梁永党徒王九功等多私人武装,怕被有关官吏察觉,托词说是梁永调遣,拉帮结伙乘马驰走。县吏在华阴追上他们,相互之间发生战斗,不久都被抓住,余懋衡于是以谋反之罪控告梁永。梁永很害怕,他的爪牙也逃散了,只有乐纲还在,他教梁永诬告咸宁知县朝荐,朝荐被逮捕。梁永不久也被撤回京城,关中才安宁下来。余懋衡不久后因家人去世回到家乡。后被起用掌管河南道。升为大理右寺丞,声称有病归家。

天启元年(1621)他又被起用为大理左少卿,官至右佥都御史,与尚书张世经共同管理京城军队政事。又任右副都御史,改做兵部右侍郎,都是管理军队。三年八月朝官推举南京吏部尚书,李三才为第一人选,余懋衡为第二人选;推举吏部左侍郎,以冯从吾为第一人选,以曹于汴为第二人选。皇上都用第二人选。大学士叶向高等极力认为不行,皇上不听。余懋衡、曹于汴也认为自己资历不及李三才等,极力推辞新的任命,声称有病回到家乡。

第二年十月,余懋衡又被授予前职。他看到宦官势力正大,坚决不肯就任。不久奸臣张纳肆意诋毁讲学各位大臣,其中以余懋衡、冯从吾和孙慎行为首,于是,余懋衡等被削职。崇祯初年,方又官复原职。