朱国祚,字兆隆,秀水人。万历十一年(1583)中进士第一,授职修撰。进为洗马,为皇长子侍班官,不久,升谕德。日本攻陷朝鲜,石星被沈惟敬的话所蛊惑,力主封贡。朱国祚当面责问石星:“这是乡党小人无赖,为获奸利之计,您为何独独不考虑国家的荣辱呢?”石星不采纳他的建议。

万历二十六年(1598)朱国祚被破格提为礼部右侍郎。湖广税监陈奉横行霸道,朱国祚写信给巡按御史曹楷,命令揭发陈奉的罪行。皇上发了脾气,几乎将曹楷逮捕,陈奉也因此被撤走。尚书余继登死后,朱国祚管理礼部事宜。

当时皇长子储位未定,冠礼、婚期过了期限,朱国祚屡屡上奏劝谏。外戚之臣郑国泰请求先举行冠礼、婚礼,后册立。朱国祚表示反对,上疏说:“本朝,外戚不能参与政事。册立大典,不是郑国泰所应当说的。况且先册立,后举行冠礼、婚礼,其仪仗、冠服的制度、祝醮、敕戒的辞令,升降、坐立的位次,朝贺、拜舞的礼节,因名分加以区别,因区别制定礼节,很严明且易辨。一旦失掉顺序,名分将大乱。违背累朝祖宗的制度。皇上的明伦,为天下所议论,都是这个话。”又说:“册立之事,按理不可推迟。起初说小臣激变,所以推迟。后群臣没说什么,又说等到嫡长子。等到中宫很久都没有生出,于是说皇长子体弱,必须待他身体好之后,现在又等待两宫落成。自从三殿发生火灾,朝廷大政令都出自文华殿。三礼的仪式,在殿不在宫中。每岁办理珠宝,户部所进已超过皇上大婚的数倍。远近之人怀疑陛下借口珠宝没有齐备是要推迟典礼。而且皇上下诏采办珠宝限额二千四百万,天下的赋税每年定额才有四百万,即使不充国用,不给边境军需,六年以后才能收齐。若一定要等到定额后再举行大礼,几乎没有时间了。”不久,又说:“太祖、成祖、仁宗,即位初期就立了储君。宣宗、英宗册封为皇太子时,只有二岁,宪宗、孝宗仅有六岁,陛下也是六岁。没有听说过十九岁了还没有被册封的。”朱国祚任尚书二年,为立皇太子一事上了数十道奏疏,储位终于定下。

陕西狄道发生山崩,南部涌出五座小山,朱国祚请求修心、反省。社稷坛的枯树冒烟,他又上陈安定人心、恢复百姓希望、上下沟通、清理滥定冤狱四件事。云南巡抚陈用宾进贡土产,朱国祚弹劾他。不久,他转任左侍郎,改任吏部。御史汤兆京弹劾他纵酒逾制,皇上不过问,朱国祚称病回乡。

光宗即位,因为朱国祚曾在府邸侍奉,特下圣旨拜他为礼部尚书兼东阁大学士,入内阁参与机密要务。天启元年(1621)六月,朱国祚回到朝廷。不久,他又被加封为太子太保,进文渊阁。朱国祚平素清正廉洁,凡事坚持以国家为重,被人称为长者。第二年会试,按旧制,总裁只用内阁一人,这一科用何宗彦及朱国祚,有人讥讽他是因为迎合皇帝旨意而受到特别任用的。朱国祚完成有关事宜之后,便请求罢免,皇上下诏不允许。都御史邹元标侍讲经筵时被绊倒,皇帝派遣宦官询问有关情形。朱国祚进言说:“邹元标在先朝时因直言被廷杖,所以步履艰难。”皇上深为之感动。刑部尚书王纪被魏忠贤所放逐,朱国祚与人合作上疏申救,又单独上奏为他争辩。王纪做礼部侍郎时,曾因某事与朱国祚抵触。天启三年(1623)朱国祚晋封为少保、太子太保、户部尚书,改武英殿。上了十三道奏折乞求退休,皇上下诏加封他为少傅兼太子太傅,乘着驿车归家。第二年,朱国祚逝世,赠为太傅,谥号文恪。侄子大启,文选郎中,死于刑部左侍郎任上。