王纪,字惟理,芮城人。万历十七年(1589)进士,任命为池州推官,进入朝廷担任祠祭主事、仪制郎中。持礼公正无私,为一时众望所归。二十九年,皇帝要册立太子,变动了几回老是决定不下来。王纪上疏极力辩论。这年冬天,完成礼节仪式,提升为光禄少卿,称病辞官。

万历四十一年(1613),从太常少卿提拔为右佥都御史,巡抚保定各府。连年水旱灾害,王纪想方设法救济灾荒十分周到。税监张晔请求征收皇恩已经免除的各税,王纪两次上疏力争,张晔竟然接受内宫旨意实行了。王纪弹劾张晔违抗诏书,阻止皇帝的命令,都没有批复。过了四年,辖境内治理得很好,提升户部右侍郎,总督运河漕运兼巡抚凤阳各府。庄稼欠收,采取在保定时的措施赈灾救贫。光宗皇帝即位,征召授官户部尚书,督察仓场。

天启二年(1622)代替黄克缵成为刑部尚书。这时正在议论“红丸案”的事情,王纪同侍郎杨东明一道共同上奏,说:“方从哲只知道有贵妃,不知道有皇帝、父母。李可灼进献药丸,皇帝驾崩,反而用皇帝的恩示来安慰他,送给他银币,这哪里还有国法?不逮捕李可灼,不能叫天下人心服;不逮捕崔文升,不能叫李可灼心服;不剥夺方从哲的官职俸禄,不能够发泄天地神人的愤慨。”奏议发出,大家感情非常肃敬。

主事徐大化这个人,一向是个无赖。每天奔走于魏忠贤的门下,阴谋陷害好人,又十分卖力地弹劾给事中周朝瑞、惠世扬。王纪非常气愤,揭发徐大化渎职的情形。于是说:“徐大化确实是朝廷痛击的贼臣,而大臣中有的结交有权势的太监,谋害忠良,就像宋朝的蔡京,为什么不进呈奏疏弹劾他,而跟正直的人一天天势同水火。”他所说的大臣,是指大学士沈翭。徐大化因此罢官离开,而沈翭及魏忠贤深感遗憾。御史杨维垣与徐大化有牵连,而且一向依附沈翭,于是帮助沈翭诋毁王纪,说王纪弹劾的大臣没有真名实姓,请求皇帝下令指实。王纪于是直接攻击沈翭,说:“沈翭与蔡京,生不同时,但性质相同。他勾结魏忠贤,跟蔡京投合童贯相同。哀求董羽宸,跟蔡京恳请陈馞相同。结盟死党邵辅忠、孙杰,跟蔡京交结吴居厚相同。驱逐顾命大臣刘一火景、周嘉谟,跟排挤吕大防、苏轼相同。排斥言官江秉谦、熊德阳、侯震..,跟贬职流放安常民、任伯雨相同。至于贿赂勾结宫女太监,玩弄职权,由宫中传旨不让皇帝知晓,阴谋纂权欺骗朝中大臣,这又跟蔡京欺上瞒下,扰乱国家,虽隔百年仍然是很相符的。”客氏、魏忠贤听见后很生气,替沈翭在皇帝面前哭着诉苦。皇帝嫌王纪口罗嗦,严加谴责他。

当初,李维翰、熊廷弼、王化贞下狱,王纪都处以极刑。又同都御史、大理寺卿呈上熊廷弼、王化贞二人刑事卷宗,稍微显露二人有可怜的情形,却说没有皇帝特别恩准,不是法官所能够从轻论处的。有千总叫杜茂的,携带着登州、莱州巡抚陶郎先的一千金,去召募士兵。钱用完了士兵却没有召募到,不敢回京城,返回蓟州和尚庙里,被巡逻的人抓获,供词牵连到佟卜年。佟卜年,辽阳人,中进士,历任南皮、河间知县,调任夔州同知,没去上任,经略熊廷弼举荐为登、莱监军佥事。巡逻人鞭打他。杜茂说曾经在佟卜年河间县衙做了三个月的客,同他商量策划叛乱,于是带着二个仆从去沟通李永芳。行边尚书张鹤鸣听说这件事,张鹤鸣原来跟熊廷弼有仇,想借佟卜年这事来加重熊廷弼的罪行。朝廷中人都知道佟卜年是冤枉的,没有人敢说话。等到镇抚已将官司了结,交给刑部时,王纪怀疑此案,向曹郎询问这件事。员外郎顾大章说:“杜茂既然与二仆从来往奔走三千里,又是审讯拷打时致死的,终于无法知道二仆从的姓名,他无辜服罪有什么疑问?佟卜年虽然不是间谍,可终究是佟养真的族人,可把他流放三千里。”王纪奏议听从了。巡逻官又抓到奸细刘一山献。魏忠贤怀疑是刘一火景和佟卜年,用刘一山献来陷害刘一火景。王纪都没执行。沈翭于是弹劾王纪保护熊廷弼,推迟佟卜年等人的官司,是二大罪状。皇帝责成王纪陈述详情,于是把他贬斥为平民。让侍郎杨东明管理刑部的事情,定罪佟卜年流放二千里。官司上报了三次退回了三次。给事中成明枢、张鹏云、沈惟柄,跟佟卜年同年进士,为了发泄愤怒,摘取其他的事情连累弹劾杨东明。佟卜年被长期拘囚,最后死在狱中,而杨东明也称病离职。

王纪已经被贬斥,大学士叶向高、何宗彦、史继偕上疏挽救他,皇帝都不听。后来阉党罗织罪名打击好人,王纪已经死了,得以幸免。崇祯元年(1628),恢复官阶,赠少保、荫庇一个儿子、谥号“庄毅”。