马理,字伯循,三原人。同乡尚书王恕居家讲学著书,马理从他交游,受到他的指教。杨一清督察学政,见马理、吕木冉、康海的文章,大加赞赏说:“康生善于文章,马生、吕生精通经学,都是天下才子。”马理乡试中举,进入国学,与吕木冉及林虑马卿,榆次寇天叙,安阳崔铣、张士隆,同县秦伟等,每日切磋学问,名震京都。高丽使者仰慕他们,把他们的文章抄录带回本国。马理因父母相继去世,未参加科举考试。安南使臣到京后,问主事黄清:“关中马理先生在哪里,为何没有做官?”外国人对他如此敬重。

正德九年(1514)中进士。当时杨一清为吏部尚书,立即提升马理为稽勋主事。告假归家。后起任考功主事。与郎中张衍瑞等劝阻皇帝南巡。皇帝不仅不采纳他们的意见,而且令他们跪在宫殿门口,施以杖刑,夺去俸禄。不久,马理又告假返乡,在家乡教授生徒,向他求学的人很多。嘉靖初年,起任马理为稽勋员外郎,与郎中余宽在朝廷大殿上争论大礼问题。皇帝下诏将其逮捕入狱,再施以杖刑,剥夺俸禄。其后多次调任考功郎中。已故户部郎中庄绎,正德时首次引导刘瑾考核天下库藏。刘瑾败,庄绎也被削职。现在又有人奏请核查,当权者提出让马理担任此事。马理坚持不可,查核之事也就此停止了。嘉靖五年(1526),考察地方官吏,大学士贾咏、吏部尚书廖纪出于私怨,要除去广东副使魏校、河南副使肖鸣凤、陕西副使唐龙。马理力争,指出:“此三人督察学政,名著天下,一定要除去三人,就请把我马理除掉。”三人终免于罢职。第二年考核京官,罢黜张璁、桂萼党羽吏部郎中彭泽,而璁、萼竟得到皇帝的同意,留用彭泽。马理提升为南京通政参议,请求辞官而去。在家闲住三年,起任光禄寺卿,不久又告假回家。十年以后,再度起用为南京光禄寺卿。不久告老还乡。嘉靖三十四年,陕西地震,马理与妻皆蒙难。

马理的学问道德纯正深厚,居丧以古礼及司马光《书仪》、朱熹《家礼》的规定折衷使用,与吕木冉并为关中学者的宗师。穆宗即位,赠右副都御史。天启初,追谥忠宪。