瞿九思，字睿夫，黄梅人。其父瞿晟，嘉靖三十二年(1553)进士，官至广平知府。曾主持凿长渠三百里，灌田数十亩。
九思十岁随父亲在吉安，拜罗洪先为师。十五岁做《定志论》，后与同乡耿定向交游，学问更加长进。万历元年(1573)乡试中举。在家乡居住两年期间，县令张维翰违制苛征，百姓十分气愤，聚集起来殴打县令，维翰认为是九思煽动的，将他以倡乱罪逮捕。巡按御史向程弹劾维翰激起民变，吏部尚书张瀚认为御史的弹劾是错误的，九思因而被长期流放于边塞。子瞿甲年十三岁，上书数千言为父伸冤。甲之弟瞿罕也到朝廷上书，请求宽宥其父。屠隆做《讼瞿生书》，遍告于朝廷内外。冯萝祯也向湖广当局说明九思蒙冤的事，张居正原来就看重九思的才学，如此种种原因，九思终于获释。嘉靖三十七年(1558)，由于抚按的推荐，授九思为翰林待诏。九思力辞不受。朝廷令当地官府每年给九思米六十石，直至终年。九思做《乐章》及《万历武功录》，遣子罕到朝廷进呈皇帝。年七十岁而逝。
九思学问极为渊博，其文章虽不典雅，然当时那些好古之士也很少有人能与他相比。