一 科举与八股
科举制度到明代已发展到逻辑的尽头，士子大半只知读国家颁行的程朱课本，尤下的甚至只知背诵程文墨卷。程朱理学被设为官学，考生唯马首是瞻，学术争鸣的风气完全荡尽。
初设科举时，初场考经义，二场试论，三场试策。所谓经义，就是从古代经书中拿出一两句话做题目，让考生发挥成一篇文章。论策就是政论文，考查考生对政事时务的看法和建议。文章的形式是“八股”，即使用八个对偶句来写，不多不少。以成化年间会试题目“乐天者保天下”为例，开篇先提三句，讲“乐天”，四股；中间过接四句，再讲“保天下”，也是四股；末尾四句，作为总结。每四股之中，一反一正，一虚一实，一浅一深，它实际上就是一种文字游戏。总之，科举与八股严重束缚了思想，从此人才的来源几乎完全堵塞，政治文化的发展也陷于绝境。
二 政治设施——专制之深刻化
帝制的专制程度到明代日益深刻，秦汉所创的制度，在坏的方面可说已发展到逻辑的尽头。皇帝现在根本不承认一般臣民人格的存在，因此产生了连前此受半开化的外族统治时都没有的野蛮刑制——廷杖和诏狱。廷杖之刑，始于太祖朝，大臣得咎，在殿上予以杖打，每朝都有因此而毙命的。嘉靖初年，群臣因世宗皇帝给生父上封号的事发生争执，谓之“大礼议”，皇帝怒，廷杖一百多人，打死十六人。诏狱，即锦衣卫狱，明太祖设锦衣卫，实为特务机构，他们直接听命于皇帝，可以逮捕任何人，进行不公开的审讯，制造了无数冤狱。
明初对文人尤其对功臣的极量屠戮更是千古未有的惨案。明朝文字狱盛行，很多人以文取祸。如浙江府学教授林元亮，在上表中有“作则垂宪”的话，便被诛杀，因为“则”与“贼”音近，有讥讽朱元璋早年“做贼”之嫌。杀人最多的当数“胡蓝之狱”。朱元璋借口丞相胡惟庸与大将蓝玉谋反，大肆株连杀戮功臣宿将，受牵连而死者四万五千余人，几乎将明初的开国功臣诛杀殆尽。但最不人道的还要推明成祖对待建文遗臣的方法，朱棣夺权成功后，将齐泰、黄子澄等建文朝臣五十余人全部族诛，妻女发教坊司，即充为官妓，姻亲全部流放戍边。
只有一个已经堕入难以自拔的深渊中的民族能够想象同时又能容忍这种方法。
八股文已使人才难以产生，国家对一些或真或假的人才与他们的家族又想尽方法去摧残或屠杀，这是一个民族与文化的自杀行动。
三 政治设施——宦官之始终当权
明朝初建时，明太祖以历史上宦官祸国乱政为鉴戒，极力防止宦官弄权，他曾感慨地说：“吾见史传所书，汉唐末世皆为宦官败蠹，不可拯救，未尝不为之惋叹。”因此他对宦官做了种种限制，明确规定不许宦官读书识字，宦官不得兼外臣文武衔，不得穿戴外臣衣服、帽子，官阶不得超过四品，政府各部门不得与宦官公文往来，等等。朱元璋仍不放心，又特地在一块铁牌上刻“内臣不得干预政事，预者斩”这十一个大字，以示震慑。
但自成祖以下，宦官权力渐成气候，英宗朝的王振、武宗朝的刘瑾、熹宗朝的魏忠贤，都把持朝政。在宦官的特权中，与诏狱性质相近的东厂尤其是他们用以排除异己的便利工具。东厂设于明成祖时，由亲信宦官主掌。在与锦衣卫的关系上，东厂后来居上。由于东厂厂主与皇帝的关系密切，又身处皇宫大内，更容易得到皇帝的信任。锦衣卫向皇帝报告要具疏上奏，东厂可口头直达。东厂监视政府官员、社会名流、学者等各种政治力量，一时人人自危，道路以目。
皇帝既用种种的野蛮方法摧残臣民，使有志的人也下贱化，又将大权交与心理不健全、大多残酷的宦官贱人，宋以下的民族堕落至此很显然地又加深了一层。
四 兵制与军事
明代于外表上摹仿唐的府兵制，但实际上军士都是世袭的职业兵，与半征兵的府兵制相差甚远。
朱元璋统一全国后，在全国建立卫所，控扼要害。设立中央都督府，为最高军事机关，掌管全国卫所军籍。征讨、镇戍、训练等则听命于兵部。遇有战事，兵部奉皇帝旨意调军，任命领兵官，发给印信，率领从卫所调发的军队出征。战争结束，领兵官缴印于朝，官军各回卫所。这种统军权与调军权分离和将不专军、军不私将的制度，旨在保证皇帝对全国军队的控制。在地方，设都指挥使司（简称都司），置指挥使，为地方统兵长官。都司之下，在冲要地区的府、县置卫或设所。一般卫由卫指挥使率领，辖五个千户所，共五千六百人。洪武二十六年（1393年），定全国都司、卫所，共设都司十七个、行都司三个、留守司一个、内外卫三百二十九个、守御千户所六十五个。兵额最多时达二百七十余万人。
卫军实行屯田制。但明中期以后，由于大批屯田被豪右、将校侵占，军卒生活无着而大批逃亡，卫所制逐渐崩溃。英宗时发生“土木之变”，京军覆没。为保卫京师，朝廷派官四处募兵以应急，大规模推行募兵制，募兵逐渐成为军队主力。
明代只在太祖、成祖的短期内兵力较强，此后对外大致只能守而不能攻。外患一在北边，就是蒙古；一在沿海，尤其东南一带，就是倭寇。这两个问题明朝始终都没有能力完全解决。
五 海外扩张与汉族闽粤系之兴起
在明代的漆黑一团中尚有一线的光明，就是闽粤系的汉族向海外发展的运动。闽粤虽在秦代就已划为郡县，成为中国文化本体的一部分，却需要长时期的孕育酝酿。粤人至今自称为唐人或可证明闽粤地到唐代才与中国本部完全同化，最少闽粤人对中国文化开始有贡献是在唐代。至于闽粤人能独当一面去发展，是到明代方才实现的事。汉人本是大陆民族，闽粤人的舞台却在海外，这是汉族转变方向的纪元大事。
郑和奉成祖之命，七下西洋，庞大的船队最远到达红海海口和非洲东岸，并且越过了赤道。其冒险工作是闽粤人海外扩张的引线，最少是一种增进海外发展的助力，但最重要的还是新兴的闽粤人能够并且乐意大规模地向海洋中开拓前所未有的新途径。
据赵翼《廿二史札记·海外诸番多内地人为通事》载，成化五年（1469年），“琉球贡使蔡璟，言祖父本福建南安人，为琉球通事，擢长史，乞封赠其父母，不许”。当时又有福建人谢文彬，入暹罗国（今泰国），做到了坤岳，相当于明朝的大学士，作为国使来朝。三佛齐国（位于今苏门达腊岛）为爪哇所占，改名旧港，闽粤人多据之。吕宋（今菲律宾）距离福建较近，闽人商贩在此聚居者数万人，子孙后代在此繁衍。