孔靖字季恭,会稽郡山陰人。名字和高祖的祖父名字相同,所以用字自称。他的祖父孔愉是晋朝的车骑将军,父亲孔躢官至散骑常侍。

孔靖最初被选为本郡的孝廉、功曹史、著作佐郎、太子舍人、镇军司马、司徒左西掾。还未赴任,便遇上母亲去世。隆安五年(401)。孔靖在守孝期间便被起用为建威将军、山陰令。他婉言拒绝上任。高祖东征孙恩,几次到会稽,孔靖热情接待,给高祖很多礼物。高祖后来讨伐孙恩,当时桓玄篡夺帝位的意图渐渐显露,高祖想在山陰起义讨伐,孔靖认为山陰离都城太远,而且桓玄还未称帝,不如等待他篡夺形势明显,罪恶昭彰的时候慢慢在京口图谋他,那样不怕不成功。高祖也认为这计策很好。虞啸父当东征将军、会稽内史,孔靖起初求请当他的府中司马,但未实现。到高祖平定桓玄,用孔靖当会稽内史,叫人拿着封板任命孔靖,在路上和孔靖相遇,孔靖便转过船来回到郡上。回来后便敲虞啸父的门告诉他此事,并叫虞啸父扫其他的房子,孔靖便上任了。虞啸父本来是桓玄任命的,听说桓玄失败,又惊异又恐惧,便登门向孔靖请罪。孔靖对他反复安慰,叫他安心过日子,第二天才到会稽府中正式上任。孔靖上任后,崇尚实际,禁止浮华,惩罚游荡懒惰行为,于是盗贼消失,境内安宁。

不久孔靖被征用为右卫将军,加官给事中,他没有拜任。不久又任他为侍中,兼领本郡的中正职务,再转任琅王牙王的大司马府司马。不久出外当吴兴太守,加冠军将军名号。先前吴兴连死几位太守,传说项羽神灵当了卞山王,在郡治中管事,二千石太守上任,常常避开神灵,孔靖在府中处理事务,结果也没有发生什么。再迁任尚书右仆射,他坚决辞让。义熙八年(412),孔靖再当督五郡诸军事、征虏将军、会稽内史。这次他修治学校,督促学生的学习。十年(414),他再当尚书右仆射,加官散骑常侍,孔靖又一次辞让不拜任。不久,他被任命为领军将军,加官散骑常侍,本州大中正。十二年(416),孔靖退休,拜为金紫光禄大夫,常侍照旧。这年,高祖北伐,孔靖请求一同前往。高祖用他为太尉军谘祭酒、后将军。又随同平定关中、洛陽。高祖当相国,孔靖又随本府迁官。宋国府台刚建立,任命他为尚书令,加官散骑常侍,孔靖又辞让不接受,于是拜任为侍中、特进、左光禄大夫。孔靖辞官回到东方。高祖在戏马台为他饯行,朝中百官都为他赋诗记叙这一盛事。到高祖称帝时,又加给他开府仪同三司,他辞让一年多最终没有接受。永初三年(422)孔靖逝世,享年七十六岁。被追赠为侍中、左光禄大夫、开府仪同三司。