殷孝祖,陈郡长平人。他的曾祖父殷羡是晋朝的光禄勋。他的祖父和父亲都没有做大官。

殷孝祖小时不规矩,喜欢喝酒搞女人,但也有气魄才干。文帝元嘉末年,殷孝祖当奉朝请和员外散骑侍郎。世祖因为他有军事才能,便用他当奋武将军,济北太守,接着又到中央当积射将军。大明初年,北魏人侵略青州,孝武帝派殷孝祖北上增援,接受青州刺史颜师伯的指挥,多次和敌人交锋,常常大败敌人,此事可参见《颜师伯传》。凯旋后被授予太子旅贲中郎将,另加龙骧将军。竟陵王刘诞占据广陵造反,殷孝祖在沈庆之的指挥下进攻刘诞,又有战功,便荣升西陽王刘子尚的抚军,宁朔将军、南济陰太守。又出外当盱眙太守,将军还是照旧。又回到京城当虎贲中郎将军,仍兼任宁朔将军,陽平东平二郡太守,又转官济南、南郡太守,将军还是照旧。

前废帝景和元年(465),殷孝祖以宁朔将军都督兖州诸军事、兖州刺史。明帝刚即位,藩镇同时反叛中央,孝祖的外甥司徒参军颍川葛僧韶,提议自己带朝廷命令征调孝祖到朝廷,明帝便派遣僧韶去。当时徐州刺史薛安都派薛索儿等人占据河流渡口,僧韶从小路抵达兖州,游说殷孝祖说:“景和帝狠毒疯狂,自古以来从未有过,朝廷和民间都感到危险万分,人们性命几乎保不住。当今皇上天生贤德,神武超人,在不到一个时辰的时间里,便消灭了这昏君,重新缔造天地,这也不用多说。国家危急,应该立成年的人做国君。公卿大臣们都没有反对意见,和平之时指日可待。但是一些小人相互煽动,制造邪恶的陰谋,贪图立小孩做皇帝从中谋利,怀着不可告人的目的。假使老天保佑坏人,小人们的打算得逞,那么一定会导致国君年幼无知社会混乱,小人掌权,战争政变不断发生,人们怎么会有容身之地?舅父大人自小便有建功立业的大志,成年后又因英勇慷慨著名。如果您能控制河济一带的勇士,回来拥护朝廷,不仅仅会拯救朝廷消除祸乱,而且会名垂史册,流芳百世。”殷孝祖又详细地探听朝廷消息,僧韶则反复地回答晓喻,并且说朝廷兵马强壮,武器锋利,皇上希望委托他当平叛先锋的重托。殷孝祖便当天离开妻子儿女,率领文武人员二千人随僧韶回到京城。

当时全国同时反叛,朝廷只占丹陽一郡,而其中的永世县不久又叛变,义兴的叛军快到延陵时,朝中人心非常忧虑害怕,都想逃跑。殷孝祖忽然来了,有不少人马,而且都是南方的壮士,这才人心安定。朝廷给他加官冠军将军,假节、都督前锋诸军事,派他到虎槛,抵挡南方叛军。武器库中先有些诸葛亮时留下的竹制筒装的铠甲式帽子,这种帽子即使二十五号的石箭也射不进,明帝把它们都赐给殷孝祖。

殷孝祖为他的忠诚勇毅自豪无比,对将领们颐指气使,中央军队中有些人的父子兄弟在南方叛军中,殷孝祖都想搞清楚,于是人心愤怒,没有谁想为他出力。此时朝廷升他使持节、都督兖州青冀幽四州诸军事、抚军将军的官,刺史还照旧。当时叛军占据赭圻,殷孝祖将进攻那里。他先和大帅王玄谟告别时,曾经非常悲痛,众人无不惊异。泰始二年(466)三月三日,殷军和敌人交战,孝祖一直用战鼓将军徽号跟在身边,先前将士们便议论说:“殷统军可以说是必死的将军,今日与敌人交战,竟用官位仪盖显示自己,如果敌人有十人一齐向他射去,想不死,能吗?”当天,在战斗中被敌人射死,时年五十二岁。他死后被追认为散骑常侍、征北行参军,持节、都督照旧。追封秭归县侯,享有一千户租税。泰始四年(468),又改追封他为建安县侯,谥号为忠侯。殷孝祖的儿子都被薛安都杀死,朝廷用他的堂兄的儿子慧达继承。齐国建国,殷慧达的封爵被取消。