邓元起字仲居,南郡当陽人。年少时有胆有识,且臂力过人。性任侠,好赈施,乡里少年多归附他。起家于州辟议曹从事史,转任奉朝请。雍州刺史萧缅起用他为槐里令。迁任弘农太守、平西军事。当时西陽马荣率众沿江掠夺,商旅断绝,刺史萧遥欣派元起率兵讨伐平定了。迁任武宁太守。

永元末年,魏军逼近义陽,元起从郡里去增援。蛮帅田孔明依附于魏,自号郢州刺史,寇掠三关。陰谋袭击夏口,元起率精锐部队攻打他们,旬月之间,一连攻陷六城,斩获数以万计,其余寇贼皆四处逃散。仍然戍守三关。郢州刺史张冲监督黄河以北的军事,元起多次写信给张冲,要求撤军。张冲回信说:“足下在彼,我在此,表里之势,所谓金城汤池;一旦舍去,就会荆棘丛生。”于是上表于帝,任元起为平南中兵参军事。自此每战必捷,勇冠当时,敢死之士乐于为其卖命者有一万余人。

义师起事时,萧颖胄来信召请他。张冲待元起一向宽厚,其他将士却都惧怕张冲。当颖胄的书信到来之后,元起的部下大都劝他返回郢城。元起对部将大声说:“朝廷暴虐,诛戮功臣,小人得志,衣冠道尽。荆、雍二州同举大事,何患不克。况且我老母在西,岂容背本。若事不成,政受戮昏朝,幸免不孝之罪。”即日严明纪律率军返回。至江陵,任西中郎中兵参军,加冠军将军。率兵与高祖在夏口会面,高祖命王茂、曹景宗及元起围城,在九里筑垒,张冲屡战,大败,于是围城固守。

和帝即位,授假节、冠军将军、平越中郎将、广州刺史,迁给事黄门侍郎,移镇南堂西渚。中兴元年(501)七月,郢城投降,他以本号任益州刺史,仍充前锋,先平定寻陽。及大军进至京邑,元起在建陽门筑起壁垒,与王茂、曹景宗等合围,身挡锋镝。建康城平定后,晋号征虏将军。天监初年(502),封为当陽县侯,食邑一千二百户。又晋号左将军,刺史如故,开始述职。

当初,义师起义时,益州刺史刘季连迟疑不定,等到听说元起将要到来时,才发兵拒守。事迹见于《季连传》。元起至巴西,巴西太守朱士略开门以待。在此之前蜀人多逃亡,至此才出来投奔元起,皆称起义以响应朝廷,其部下新旧共三万余人。元起在路上奔波的时间太长,军粮匮缺。有人劝说他:“蜀地法令懈怠,民多狡诈令人厌恶,若检查巴西一郡户口的登记情况,予以惩罚,所获必厚。”元起同意了。涪县县令李膺上谏说:“您前有严重的敌情,后无增援部队,山民开始附从您,摹仿我们的行为准备。如果刻薄地纠缠他们,他们必定不堪忍受。众心一离,即使后悔也来不及了,何必靠制造矛盾来救济部队呢?我请求出去解决粮源,不用担心供给不足的。”元起说:“好,一切委任于你。”李膺下去后,率地方富户送来军粮,马上便得到三万斛。

元起先派将领王元宗等,在新巴攻破季连部将李奉陽,在赤水攻破齐晚盛,军队驻扎于西平。季连开始固城自守。齐晓盛又在斛石攻破元起将领鲁方达,士众死者千余人,将士都感到害怕,元起于是亲率部队悄悄地进至蒋桥,离成都二十里,辎重留在郫县。季连再次派遣奉旧、晚盛率二千人,抄小道偷袭郫县,取得成功,军备全落入敌手。元起遣鲁方达率兵救援,失败而返,终不能克。元起放弃郫县,直接包围州城,三面扎上栅栏而一面挖上壕沟。元起出去巡视栅栏时,季连派精兵勇士偷袭他,将至麾下,元起下车持盾叱吓他们,士兵们不敢逼近。

当时益州地区兵乱日久,民废耕农,内外苦于饥荒,人多相食,道路不见行人,季连计穷。第二年,高祖派使者赦免季连之罪,允许他投降。季连当日便开城门放元起入城,元起送季连至京师。州城门一开,郫县才降。杀奉旧、晚盛。高祖论评平定蜀地的功勋,元起再次号为平西将军,增加封邑八百户,加上以前的二千户。

元起以乡亲庾黔娄为录事参军,又邀请到荆州刺史萧遥欣的老熟人蒋光济一并厚加款待,把州里的政务委任给他们处理。黔娄清廉,光济多谋,一并劝其行善政。

元起攻克季连后,城内的财宝毫不居为己有,勤恤民情,口不论财色。他本身善于饮酒,至一斛也不乱性,在这里也戒了酒。蜀人一致称赞他。元起舅子梁矜孙生性轻脱,与黔娄志向不同,于是向元起进言:“城中传言有三个刺史,你不感到难堪吗?”元起因此疏远黔娄、光济,治理的成绩由此受到损害。

任刺史二年,以母亲年老需供养为由求归故里,皇帝同意,征为右卫将军,以西昌侯萧渊藻代替他。当时,梁州长史夏侯道迁据守南郑反叛,勾引魏人,白马戍主尹天宝派使者快马报告于蜀,魏将王景胤、孔陵攻打东、西晋,并遣使告急,大家劝元起紧急救援。元起说:“朝廷在万里之外,援军不会很快到来,若寇贼侵婬,正要扑讨,统率三军的责任,舍我其谁?何事匆匆便救?”黔娄等人苦苦劝他,都不听。高祖也借给元起符节,都督征讨诸军事,救汉中,等到援军到达时,魏军已经攻陷了东、西两晋寿。渊藻将要到来时,元起稍加料理便交还装备,粮储器械,无一遗漏。渊藻入城,非常怨恨他,因此上书责其故意逗留而不忧军事,收州狱关押,在狱中自缢身亡,时年四十八岁。有司又弹劾削其爵士,诏令减掉一半封邑,于是改封为松滋县侯,食邑千户。

当初,元起在荆州,刺史随王起用元起为从事,别驾庾荜坚持不同意,元起怀恨在心。大军已经到达京城,庾荜在城内,非常害怕。当京城安定下来后,元起先派人去迎接庚荜,对人说:“庾别驾如被乱军杀掉了,我无以自明。”并厚礼相赠。少时又曾到他的西沮田舍,有沙门上门乞讨,元起问农人:“有多少稻?”回答说:“有二十斛。”元起全部施舍了,当时人们称之为大度。

元起初为益州刺史,路过江陵迎接其母,其母信道教,刚居馆,不肯出。元起拜请同行。其母说:“贫贱家儿忽得富贵,怎么可能保持长久,我宁死也不能与你共罹祸败。”元起到达巴东,闻蜀叛乱,让蒋光济卜筮,遇蹇,喟然叹曰:“吾岂邓艾而及此乎。”其后果然如卜筮所言。儿子邓鉴继承。

陈朝吏部尚书姚察说:“永元末年,荆州方未有..,萧颖胄统领全楚之兵,首先响应义举,难道是天之所启,人..之谋?不然,为什么响应依附的那么果断。颖达叔侄庆流后嗣,夏侯、杨、邓都享隆名,非常兴盛。详之谨慎忠厚。杨、蔡廉节,君子各有所取。”