萧允字叔佐,兰陵人。其曾祖父萧思话,为宋征西将军、开府仪同三司、尚书右仆射,爵位封陽穆公。祖父萧惠..,任散骑常侍、太府卿、左民尚书。父亲萧介,为梁侍中、都官尚书。

萧允少时出名,他神采庄重,性情豁达有鉴赏力,举止含蓄不露,行为合符礼法。初任邵陵王法曹参军,转任湘东王主簿,迁任太子洗马。侯景攻陷台城,百官逃散,萧允独自衣冠齐楚端坐在官署,侯景军人很是敬佩他,因而没有威逼他。不久出京师居京口,当时寇贼恣肆横行无所忌惮,百姓騷动不安,百官士族,四出逃散,独萧允安然不动。

有人问他缘故,他回答说:“性命之历数,自天意,岂能出逃就活命呢?只是患难的产生,皆起于利欲熏心,如果不追逐名利,灾祸怎么能产生呢?方今百姓振臂而起以此建立大功,因一句善言而取卿相之位,我一书生会有什么作为呢?庄周像躲避自己的影子一样而顾虑重重,我不会这样。”便闭门静处,隔日而食,最后避免了灾祸。

侯景乱平后,高祖镇守南徐州,致信召引他,萧允又称病推辞。永定年间,侯安都任南徐州刺史,亲自临庐拜访,表达他尊敬长辈之意。天嘉三年(562),征辟为太子庶子。三年授职为棱威将军、丹陽尹丞。五年兼侍中,出使北周,回朝任中书侍郎、大匠卿。

高宗即位,迁任黄门侍郎。五年573出京任前晋安王长史。六年(574),晋安王治南豫州,萧允再次任王长史,当时晋安王年纪还小,不能亲自管治民政事务,所以委托萧允代理府州事务。入京任光禄卿。萧允性情敦厚,未曾因追求名利影响自己的情绪。晋安王出镇湘州后,又苦求携萧允同行,萧允年少时和蔡景历要好,景历的儿子蔡征送干肉给萧允以表对父亲朋友的敬意,听说萧允要随行,便对萧允说:“公年岁已高德高望重,为国家的元老,从容镇守,早晚会做高官,何需再辛辛苦苦到地方陈书为官!”萧允回答说:“已答应晋安王,岂能食言。”他对荣誉坦然到如此地步。

至德三年(585),任中卫豫章王长史,历任通直散骑常侍、光胜将军、司徒左长史、安德宫少府。镇卫鄱陽王出镇会稽,萧允又任长史,兼会稽郡丞。萧允行经延陵季子庙,摆放..藻祭祀延陵,假托为异代之交写诗以表达自己的心意,文辞清丽典雅,后主曾问蔡征说:“卿父子与萧允为挚友,你认为此公志操如何?”征回答说:“他那种清净无为玄远高深的思想,深不可测,至于文章,看了这首诗后就不用说了。”于是背诵萧允的诗来对答,后主深为叹赏,同年任光禄大夫。

隋军渡江后,萧允迁到关右。那时陈朝官吏到长安的,一概照例授官,只有萧允和尚书仆射谢亻由以年老多病推辞,隋文帝觉得他俩德行高尚,便厚赐钱帛。不久因病于长安去世,时年八十四岁,其弟为萧引。