秦琼字叔宝,以其字扬名,齐州历城人。起初在隋朝将领来护儿帐下听差。

他母亲去世,来护儿派专人送丧服吊唁,吏属不解地说:“士卒有丧事,将军您从不馈赠,如今为何独去叔宝家慰问?”来护儿说“:他有才能而又勇猛,心志节操完美无缺,哪会久处卑贱的地位呢?”

不久,秦琼随通守张须陀去下邳攻打贼寇卢明月,贼军十余万人,张须陀所领兵马仅敌方的十分之一,坚守壁垒不敢进击,粮草耗尽,打算撤兵。张须陀说“:贼军见我退兵,势必倾巢追击,能有精锐士卒偷袭敌营,必将有利,有谁为我去偷袭?”众人都不回答。惟有秦琼与罗士信奋然承命。于是分给一千精兵埋伏草木丛中,张须陀弃营佯逃,卢明月率全军紧追。秦琼等急攻贼营,堡门关闭无法入内,他便登上城楼拔掉贼军战旗,杀敌数十人,敌营大乱,他迅即破门放进城外伏兵,纵火烧掉贼军兵营三十余处。

卢明月回军奔还,张须陀趁势反击,大败贼军。又与孙宣雅在海曲交战,秦琼率先登城。他因先后立功被提升为建节尉。

秦琼随张须陀在荥阳攻打李密。张须陀阵亡,秦琼率残部依附裴仁基。裴投降李密,李密得到秦琼极为高兴,委任他为帐内骠骑,对他很优待。李密与宇文化及在黎阳作战,中箭落马,几乎丧生,敌军追到,仅秦琼一人抗击护卫而得救。

后来秦琼归属王世充,暂任龙骧大将军。他与程咬金商量,说:“王世充为人多诈,屡屡对下属念叨禁制,是个巫婆,并非治平乱世的明主。”于是相约西行,飞马辞别王世充说:“在下自省不能效力,请让我就此辞行。”贼军不敢迫近,秦琼从此归顺李渊。

高祖李渊派他供职秦王府。秦王李世民对他特别崇敬礼遇。他随秦王镇守长春宫,授官马军总管。美良川一战,打败尉迟敬德,立大功,高祖赏赐他黄金瓶,慰劳他说:“卿不顾妻室儿女来归附我,今又立功,假如我的肉可食用,定当割下给你吃,何况子女玉帛这类身外之物呢?”不久授职秦王右三统军,他在介休打跑了宋金刚,授衔上柱国。随秦王讨伐王世充、窦建德、刘黑闼,他没有一次不率先冲锋鏖战,前无强敌。累积受赏的金银布匹数以千万计,晋封为翼国公。每逢敌军有骁将精兵出入人前大肆炫耀扬威,秦王就派秦琼前去攻取。他跃马挺枪进击于万众之中,无不遂愿,因此很是自负。及至平定隐、巢二地,论功授官左武卫大将军,封给实纳贡赋的食邑七百户。此后,秦琼渐渐称病告老,曾说“:我年轻时成长在戎马生涯中,经历二百余战,多次身受重伤,流血将近数斛,哪能不病呢?”死后赠封徐州都督,陪葬于昭陵。太宗李世民诏令官署雕塑石人石马立在他的墓前,以表彰他的战功。

贞观十三年(639),改封他为胡国公。

此后四年,朝廷诏令将司徒、赵国公长孙无忌,司空、河间王李孝恭,司空、莱国公杜如晦,司空、太子太师郑国公魏征,司空、梁国公房玄龄,开府仪同三司、鄂国公尉迟敬德,特进、卫国公李靖,特进、宋国公萧蠫,辅国大将军、褒国公段志玄,辅国大将军、夔国公刘弘基,尚书左仆射、蒋国公屈突通,陕东道行台右仆射、郧国公殷开山,荆州都督、郧国公张亮,吏部尚书、陈国公侯君集,左骁卫大将军、郯国公张公谨,左领军大将军、卢国公程知节,礼部尚书、永兴郡公虞世南,户部尚书、渝国公刘政会,户部尚书、莒国公唐俭,兵部尚书、英国公李责力以及秦琼,一并绘像在凌烟阁上。高宗永徽六年(655),派使臣致祭礼、绘像在凌烟阁的名臣共七人:魏征、高士廉、萧蠫、段志玄、刘弘基、虞世南、秦琼,都是始终著名的人物。