李惟清字直臣,下邑人。其父李仲行,任章丘主簿,于是迁家到章丘。惟清在开宝年间,以三史授任涪陵尉。四川百姓崇尚巫祀,有病不治疗,听命于巫士,惟清捉来大巫鞭打,百姓认为将会有祸。后来又鞭打这个大巫,百姓知道巫术不灵。然后教给百姓医药知识,风俗稍稍变迁。当时朝廷派遣宦官督促输送造船用的木材,宦官故纵不守法,惟清上奏杀死他,从此知名。任期满后,升任大理寺丞。

太平兴国三年(978),升为荆湖北路转运判官。太平兴国五年,改任左赞善大夫,充任转运副使,升为正使,就地改任监察御史,总管南路。曾经入朝奏事,太宗问他“:荆湖连年丰收,又没有徭役,民间富裕吗?”惟清说“:我看见官卖盐每斤价钱六十四文钱,百姓要卖三数斗稻谷的价钱,才能买一斤盐。”于是诏令盐价每斤减十钱。转任京西转运使,入朝任度支判官。改任主客员外郎。

雍熙三年(986),朝廷发兵大举进攻幽州,惟清认为军队粮食不充足,不可轻动。朝廷已经兴师,他的奏章入宫后未报送皇上,判度支许仲宣建议变通盐法,以卖盐每年的课收数摊给乡村百姓,与户税一同交纳。惟清奉诏前往荆湖各地审定此法,上奏说明以盐配民不方便,于是停止。出使回朝,皇上又问他民间苦乐不均的情况,惟清说:“以前我在荆湖时,百姓卖清酒由官酿转卖的,每斗给耗粮二升,现在三司府只给一升,百姓多图其他的好处,而每年税收大减。”诏令恢复旧价。不久出京任京东转运使。正好招募壮丁为义军,惟清说:“如果这样,天下不再耕种了。”三次上疏谏阻,因此只从河北招壮丁,而其余各地都停招。提升为屯田郎中、度支副使。

端拱初年(988),升任右谏议大夫,历任户部使,改任度支使。恰遇朝廷派遣使者到河朔治理方田,大举发兵。惟清认为仲春妨碍农事,恳求罢废。太宗说“:兵夫已经出发了,只令修治边城而已。”淳化三年(992),升任给事中,充任盐铁使,于是把账本奏给皇上。太宗说:“费用像这样,百姓财力长期怎么承受?如果可以省减,就便裁减。”惟清说:“比开宝年间战争之际,数目翻了几倍,原因是将帅不得人,边事不宁,屯兵太广。我听说汉朝有卫青、霍去病,唐朝有郭子仪、李晟,西北边境的敌人望而生畏。这样就会边事宁息而费用减少。希慎重提拔将领,用有威名者保安边塞,可以节约费用。”皇上说“:彼一时,此一时也,现在的西北敌人变化狡诈,与古时敌人不同,选用将帅,也需深刻领会现在事态。韩、彭虽然是古代的名将,以他们的见解,对付今天的敌人,也恐怕不能成功。今日即使得人,也不可像古人那样委用他。这是机要政事,你不知道。”

淮南榷货务卖岳茶,每斤价钱百五十。主吏说陈茶恶茶有二十六万六千多斤,惟清擅自减价到每斤五十钱,不告诉朝廷。滁、泗、濠、楚诸州、涟水军也以岳茶陈恶,减价出售。共计亏损一万四千多贯钱,被勾院吏卢守仁告发,贬为卫尉少卿,贬判官李..为本曹员外郎,赏赐守仁十五万钱。不久,惟清出京任知广州。至道初年(995),就地授任右谏议大夫,太宗听说他廉洁公平,诏令表扬他。至道二年,改任广南东、西路都转运使,不久召入朝授任给事中。过了一个月,任同知枢密院事。

惟清倜傥自任,有才略。处理政事峻刻,所至各地有强干名声。但是以俗吏进用,没有人望。才过几个月,真宗即皇帝位,加任惟清为刑部侍郎,又授任御史中丞。罢去枢密职务后,非常忧郁,尽情弹击时政。咸平元年(998),去世,终年五十六岁,追赠户部尚书。

他的儿子名永锡,因父荫任光禄寺丞。次子永德,官至殿中丞。