王存字正仲,润州丹阳人。从小善于读书,十二岁时,辞别亲人在江西拜师,五年才归。当时读书人正崇尚雕饰文辞,王存惟独写古文几十篇,乡老先生见到这些古文,自认为不及。

庆历六年(1046),登进士第,调任嘉兴主簿,提升为上虞县令。豪门大族杀人,很久没有人敢过问,王存到任,审察到是州吏接受贿赂,豪门大族于是贿赂其他官员变改其狱案,王存反而被免职离去。过了很长时间,王存被授予密州推官。王存洁身自重,被欧阳修、吕公著、赵概所知遇。治平年中,入为国子监直讲,升任秘书省著作佐郎,历任馆阁校勘、集贤校理、史馆检讨、知太常礼院。王存原来与王安石相厚,王安石当权,多次引荐相互论事,意见不合,就辞谢没有前去。王存在三馆累年,没有稍稍贬低别人以希求进用。皇帝曾在便殿召见他,连连上书指陈时政,因而涉及大臣,无所附会,都是当时人难以说出的事情。

元丰元年(1078),神宗察知他忠实不偏私,以他为国史编修官、修起居注。当时起居注虽然每天侍随,但奏事必须禀承中书等待旨令。王存请求恢复唐代贞观左右史执笔随宰相入殿的成例,神宗赞成王存的意见,听任直接上前奏事,这是从王存开始的。

第二年,王存以右正言、知制诰、同修国史的身份兼判太常寺。论在祭坛合祭天地为不符合古制,应像《周礼》规定的那样亲自祭祀北郊。官制实行,神宗急于用人,王存请求自熙宁年以来众臣因论事获罪,或者因贻误被贬斥但真心忠诚没有大的过失的人,随其才能召用提升,以备官府差使。王存的话符合神宗的心意,因此而收录提拔了很多人。王存又说:“赦令出自陛下的恩惠,但近年议论法令治理狱案的人,多请求不用赦降原减。官衙禁止进见,本来是防止请托,但吊祭死者慰问疾病,一切都予杜绝,都不是适宜的。”执政大臣不高兴。

元丰五年(1082),升任龙图阁直学士、知开封府。京城傍河的居民,谋取开凿汴河堤防以自行扩大地盘,有人请命培植修筑恢复原样,又审察百姓屋舍侵占官道的使退还。这二个计谋出自宦官,已有诏命了。王存说:“这是我的职责。”入朝上言此事。当天驰放筑堤的工役,京城人欢呼互相庆贺。王存进官枢密直学士,改任兵部尚书,转任户部尚书。神宗去世,哲宗即位,永裕陵财政费用,没有超过时间即宣告备办,宰相乘机又把王存移任兵部尚书。太仆寺请求内外马事得专线通达,不要隶属驾部。王存说“:这样,官制破坏了。先帝纠正省、台、寺、监的职权,使互相牵制,不可以曲从有关部门便利,而败坏已经形成的制度。”元..初年,王存还任户部尚书,坚决辞谢不接受。元..二年(1087),授任中大夫、尚书右丞。元..三年,升任尚书左丞。

有人建议废除京畿内保甲,王存说:“现在京师兵员越来越削弱,又废除保甲不予教练,这不是国家根本长久之计。何况先帝不畏艰难而为之,既然已经就绪,无故而废除它,这不行。”门下侍郎韩 维被罢免,王存说:“除去一个正直的人,天下失望,忠臣丧气,谗言邪佞之人将争相进用了。”又论杜纯不应罢免侍御史,王觌不应罢免谏官的职务。

四方各地上奏审判定案大法,刑部援引旧例请求宽大,尚书省屡以无可宽恕拒绝。王存说“:这是祖宗的制度。官员想救他,但朝廷破例杀他,可以吗?”又说“:近来废除进士专经一科,杂试诗赋,有失先帝贬退词律、崇尚经术的心意。”黄河决口向北流已几十年,水官建议归回旧有的河道,王存争论说:“原有的河道已经增高,水性趋下,白白浪费财力,恐怕不会成功。”最终停止了这一工役。蔡确以写诗怨恨毁谤获罪,王存与范纯仁想减轻他的罪行,蔡确再贬新州,王存也被罢免,以端明殿学士的身份知蔡州。开始,王存移任兵部,是蔡确之力。到这时,因为蔡确而被罢免,士大夫称赞王存能不记前嫌。一年多后,加官资政殿学士、知扬州。扬州、润州相距一条河,用以前宰相的旧例,王存得以在逢年过节时访家上坟,拿出皇帝赐给的钱分给邻里,又备办酒食召见父老,亲自与他们互相敬酒,家乡人传为美谈。

召为吏部尚书。当时,在朝廷朋党之论渐烈,王存对哲宗说:“人臣各树党羽,互相倾轧,诚然不可助长,但如果不明察,那么滥及好人。庆历年中,有人指责韩琦、富弼、范仲淹、欧阳修为朋党,幸赖仁宗圣明,不为所迷惑。今天果真有进此说的,希望陛下明察。”

绍圣初,因年老请求辞官,提举崇禧观,迁右正议大夫致仕。按照旧制,应得太子少保、少傅,议者指责王存曾建议归还西夏侵地,所以减除他的恩典,不久降为通议大夫。王存曾经悲伤近世学士贵为公卿,但祭祀其先人,只遵循平民的礼制。等到告老回乡建筑居所,首先营造家庙。建中靖国元年(1101),王存去世,终年七十九岁。赠左银青光禄大夫。

王存性情宽厚,平素居处谦恭谨慎,不做欺诈过激的事,至于他所坚守的,则刚强不可以剥夺。司马光曾说“:一同在万马奔驰中能驻足的人,当数王存啊!”