孔文仲字经父,临江新喻人。性情洁身自好,很少言笑。年青时刻苦问学,号称广博洽闻。考中进士,南省考官吕夏卿,称赞他的词赋清澹秀丽,策论深博,文章气势类似荀卿、扬雄,建议主管部门,拔为第一。调任余杭县尉。恬静正直自守,不事请托求见。转运使在杭州,召他参与议事,议事完毕后,马上回县,不去州府。有人问他,他说“:我在州府没事。”又转任台州推官。

熙宁初年,翰林学士范镇以制举荐举他,应对策论九千余言,力论王安石所建立的理财、训兵之法为不对,宋敏求列他为特等。王安石发怒,告诉神宗,御批罢归原官。齐恢、孙固封还御批,韩维、陈荐、孙永都极力上言孔文仲不应黜退,五次上奏章,没有得到同意。范镇又说:“孔文仲低贱疏远,不知忌讳。而且以直言求之,却又怪罪他,恐怕为圣明之累。”也不听从。苏颂叹息说“:朝廷正求贤才如饥渴,有这样的人才而不被录用,岂不是议论太高远而难以符合邪佞,言词太偏激而取怨吗?”

吴充为宰相,想要把孔文仲安排在馆阁,又有人嫉妒,仅得国子直讲。求学的人正用王氏经义上进,孔文仲不研习王氏书,换为三班主簿,出任保德军通判。当时征伐西夏,几十万人都到边境上,很久不解散,边地人厌倦困苦,孔文仲陈述三不便说:“大部队没有出动,而丁夫预先集中;河东雇民夫,劳民伤财;各路出兵,首尾不相应。虞、夏、商、周的强盛,未尝没有外侮,但怀柔制御的要旨,不在彼而在此。”

元..初年,哲宗召用孔文仲为秘书省校书郎,升礼部员外郎。有人说:“皇族只有杨、荆二王能称皇叔,其余应各系其祖宗,好像唐代人称诸王孙之比。”孔文仲说“:皇帝刚即位,应广敦厚和睦之义,不应疏远离间骨肉。”议论于是平息。升任起居舍人,提拔为左谏议大夫。七月初一发生日食,孔文仲上疏条陈五事,叫邪说乱正道,小人欺凌君子,外族人欺侮中国,邪论剥夺公论,人臣轻视国命,应觉察这些以消去灾兆。论青苗、免役法,首先困敝天下,保甲、保马、茶盐法,是遗留祸患。改任中书舍人。

元..三年(1088),孔文仲同知贡院。孔文仲先患寒病,到这时,日夜不废职责。同事以其身体病弱,劝他先出去,或者住在其他寝室。孔文仲感谢说“:居官则任其职责,不敢因病自便!”于是病愈加沉重,回家而去世,终年五十一岁。士大夫都哭之失声。苏轼拍着他的灵柩说“:现在正嘉许懦弱而厌恶深邃,寻求像我孔经父这样刚直的人,现在没有了!”诏令优厚抚恤孔家,任命他的弟弟孔平仲为江东转运判官,办理孔文仲的丧事。

开始,孔文仲与弟弟武仲、平仲都以文章声名起于江南,当时号称“三孔”。后来追贬文仲为梅州别驾。元符末年,恢复他的官位。有文集五十卷。