杨恭懿字元甫,奉元人,自幼好学,记忆力强,每日能记诵数千言,随父母逃难亦不中辍。十七岁时西还故乡,家贫,靠劳动为生,有暇即学,且无书不读,尤潜心于《易经》、《礼经》、《春秋》。得朱熹《四书集注》,读后不禁感叹道:“论三纲五常、天道性命的道理,尽在此书。”父亲逝世,恭懿按丧礼克尽孝道。宣抚司、行省召他掌书记之职,恭懿辞不就任。

至元七年(1270)和十年,朝廷曾两度召他,均托病不出。至元十一年,太子令中书省仿汉惠帝以谦卑言辞、舒适车辆聘请“四老”之礼聘请恭懿,丞相也遣郎中张元智致信劝说,这才至京师入见皇帝。世祖遣国王和童盛情欢迎,继又躬亲详细询问其家乡、氏族、师承以及子孙等各方面情况,关怀备至。十二年正月,侍读学士徒单公履奏请开科取士,,世祖令恭懿参预筹划。恭懿提出“:圣上说过,士不学习经书孔孟之道,专好空泛的诗文,于事无益。此话确为万代治国之本。今日要科举取士,宜令官府荐举那些行为检束,通经晓史之士,考试经义、策论。既然学以致用,则风气淳厚,国家能得到真才实学的人。”世祖赞赏这一意见。当时朝廷正要北征,恭懿又回家乡去了。

至元十六年(1279)又奉诏入京,世祖命他于太史院修改历法。十七年二月,恭懿上书陈述修改历法的情形,说明旧的历法已不精确,现又创立新的《辛巳历》,比起旧历来要精确些,但还须每年做一次修正,经三十年后就差不多很精确了。又上《合朔议》,陈述自秦以来修改历法的经过,最后说:“臣等更造新历,是依据过去历法家们的定论,考察观测天象的运行情况,自至元十九年八月后,完全符合日月运行的日数。”世祖授为集贤学士兼太史院事。

至元十八年,辞职归家。二十年召回为太子宾客,二十二年授任昭文馆学士,领太史院事。二十九年命参预中书省事,但他都一一推辞不赴任。至元三十一年(1294)卒,享年七十岁。