吴澄字幼清,抚州崇仁人。自幼聪敏,三岁能诵读古诗,五岁每日受课千余言,读书通宵达旦。母亲怕他勤奋过度,不让他多读。澄候母亲就寝后,又燃灯读书。九岁与其他子弟参加乡校考试,吴澄总是名列前茅。长大成人之后,学习经、传,致力于圣贤之学。曾参加进士考试,未中。

至元十三年(1276),人民刚归附于蒙古,各处盗贼兴起,社会尚不安宁。乐安郑松邀他避居于布水谷。吴澄在那里著《孝经章句》,并校定《易》、《书》、《诗》、《春秋》、《仪礼》及《大戴记》、《小戴记》。侍御史程钜夫奉诏至江南求贤,吴澄被荐选至京师,但不久因母病辞归。钜夫奏请将吴澄所著各书置于国子监,以供诸生学习。元贞初年(1295),吴澄游学于龙兴时,按察司经历郝文迎他于郡学,每日听他讲经论史,记录其问答凡数千言。行省官员元明善,常以文学自负,但听了吴澄讲解《易》、《诗》、《书》、《春秋》诸经典的含义之后,不禁赞叹道:“同吴先生谈论学问,如同探索大海一般,深不可测。”遂终身拜吴澄为师。左丞董士选把吴澄请到家中,亲自敬茶奉饭,极力向朝廷推荐,说他道德文章都优于常人。朝廷擢引他为应奉翰林文字,当地官府多次敦请,方去赴任,但不久辞职南归。以后又任命他为江西儒学副提举,到职仅三个月,又因病离去。

至大元年(1308),朝廷召他为国子监丞。在此之前,许文正公衡为国子监祭酒,以《朱子小学》等书教授国子生。吴澄到任后,每日清晨向学生授课。在下午休息期间,来向他请求解答《经》书中疑难者,接踵而至。澄根据学生的才能,反复讲解,循循善诱,直到深夜。无论寒暑都是如此。

皇庆元年(1312),升吴澄为司业,以程纯公(程颢)《学校奏疏》、胡文定公(胡安国)《六学教法》、朱文公(朱熹)《学校贡举私议》为教材。教学分为四科:一曰经学,二曰行实,三曰文艺,四曰治事。但这套教学计划未能实施。他常对学生说“:朱子(熹)主要是在探求天理中得到学问,而陆子(象山)则以静心修养德性为主。如果求学不以德性修养为本,则必然偏重于语言文字,舍本逐末。若以德性修养为本,那就可望获得许多知识。”所以有人认为吴澄属于陆象山学派,违背许衡尊信朱子之本意。然而,这些议论者也并不知陆、朱之学是什么。吴澄辞司业之职而去,从学诸生中,有人不告假也随先生南行。不久,朝廷又召澄为集贤直学士,特授奉议大夫,催促迅速回京。但行至真州,因病不能继续前往。

英宗即位,越级提升吴澄为翰林学士,进阶太中大夫。至治三年(1323)英宗驾崩,泰定帝即位,设经筵,首命吴澄与平章政事张王圭、国子祭酒邓文原为讲官。朝廷修纂《英宗实录》,命吴澄主持其事。数月后《实录》修成,尚未进呈,澄称病请求还归故里。中书左丞许师敬,奉旨赐宴于国史院,向吴澄表示朝廷挽留之意,吴澄坚持不肯,宴罢立即出城乘舟南下。中书闻讯,派官员追赶,终未追上,回朝奏告皇帝说:“吴澄是我朝名儒,德高望重的老臣。今告老还乡,朝廷亦不忍使他过于操劳,应该嘉奖才是。”于是,诏令加吴澄为资善大夫,赐金织文绮二件及钞五千贯。

吴澄诲人不倦,对于别人提出的疑难,总是不厌其烦地进行解答,直到明白为止。他对于中国古代文化的继承与发展,有自己系统的见解,认为从伏羲、黄帝、尧、舜、禹、汤、文、武、周公、孔、颜、曾、孟、周敦颐、二程、张载直到朱熹,是一脉相承,以后还要继承发展。他自青年时代就以继承传统文化为己任。无论入朝为官还是隐退归家,凡所经过的郡县,其士大夫们都争着请他去教育子弟。四方之士不远千里,跋山涉水,来向他求学者,常不下千百人。平时稍有闲暇,即著书立说,直到生命最后一刻方才搁笔。对于《易》、《春秋》、《礼记》都有自己的解释,破除以前注释中穿凿附会的陋习,阐发书中深奥的道理,条理分明,文笔简洁,见识高超,成为一家之言。著有《学基》、《学统》二篇,使学者明了做学问之要本所在,懂得求学的途径,循序渐进。他的学术思想,尤得益于邵雍的学说。他还校订了《皇极经世书》、《老子》、《庄子》、《太玄经》、《乐律》以及《八阵图》和郭璞的《葬书》。

吴澄故居有草房数间,程钜夫为之题名为“草庐”,因此学者称吴澄为“草庐先生”。天历三年(1330),朝廷因吴澄年事已高,特任命其次子吴京为抚州教授,以便就近奉养。天历四年,吴澄病逝,享年八十五岁。朝廷赠为江西行省左丞、上护军,追封临川郡公,谥“文正”。