张孔孙字梦符,其祖先为契丹族之乌若部,该部为金人所并,迁至隆安。父张之纯,为金朝东平万户府参议。有天夜里梦中拜谒孔子庙,赐他嘉果,其后生孔孙。孔孙这名字,表示是孔子所赐的意思。长大后以文学著名,召聘为万户府议事官。

蒙古军攻下汴梁,汴梁的太常乐师流落于东平。当时,祭祀乐章残缺不全,只存《登歌》一章。世祖为太子时,曾召乐师至日月山演奏。这时,徐世隆向皇帝建议,增设宫县及文、武二舞,以备举行大典时演奏。于是,朝廷诏令徐世隆为太常卿,以孔孙为奉礼郎,监督乐师制成乐曲,献给朝廷。廉希宪主管中书省,召孔孙为属官。安童为相,更加器重孔孙,授户部员外郎之职,出任南京总管府判官。

朝廷计划攻下襄阳,急需兵源,孔孙提出“:今越境走私而判罪的人,动辄数以千计,最好给他们一条生路,即让他在战场上效力,赎其死罪。”这意见被朝廷采纳了。孔孙因任佥四川道提刑按察司事,不久升为湖北道提刑按察副使。他巡视巴陵时,有囚犯三百人将处死刑,经了解,这些人是因为对龚乙提出开银矿一事不满,挖了龚家的坟茔,烧了龚家房屋,烧死三人,官府认为他们是图财害命。孔孙认为这些人犯法有其特殊原因,减了他们的罪。后调任浙西提刑按察副使,又改任同知保定路总管府事,不久拜为侍御史,主持行御史台事。

至元二十二年(1285),安童再次为相,向皇帝陈奏道:“阿合马专政十年,其亲戚、朋友和迎合他的人,往往很快升官,占据重要位置,只有刘宣与张孔孙二人安守旧职,始终如一。”于是任命刘宣为吏部尚书,孔孙为礼部侍郎。不久,升孔孙为礼部尚书,又升为燕南提刑按察使。二十八年,提刑按察司改为肃政廉访司,仍以孔孙为肃政廉访使,衙门设在大名府。他在燕南将所没收赃款买粟五千斛,用来赈济饥民。拜佥河南江北行中书省事;不久,任大名路总管兼大名知府。他在大名大兴学校。该地有人将旧河堤土地三百余里献于太后,孔孙知道后立即上书,请求将这些土地全归还给百姓,得到批准。升淮东道肃政廉访司使。该地盐场盐民尹执中兄弟被人诬告为强盗,孔孙审理清楚后,为此兄弟二人平反。召还朝拜集贤大学士、中奉大夫,商议中书省事。丞相完泽去世,孔孙与陈天祥上书举荐和礼霍孙为相。

这时发生了地震,皇帝下诏,征求消灾之道。孔孙进呈八条意见,大意是:蛮夷诸国,不可派兵去远征;已被罢职的无用官员,不可重新起用;赏善罚恶,不可多次赦免;凡献卖宝货者,一律禁绝;供奉佛祖只是白白耗费钱财,应制止;禁止奢侈,要上下一切从俭;裁汰多余的无事可做的官吏;要按时祭祀太庙。皇帝认为这些意见都很好,赐钞五千贯以示奖励。他又建议:“凡七十退休官员,应加官一级;守丧期满的官员,应加起用;宿卫军中有冒名者,应当开除;州郡官吏应选择任用,在某一地方任久的达鲁花赤,应适当地转至别地;增加官吏俸禄;修建京师庙学,设国子生徒,对于曲阜孔庙的洒扫户给予赏赐;相位应参用儒臣,不可一律只用文官;已故宰相安童、伯颜、和礼霍孙与廉希宪等,应各赠谥号。”其后,孔孙告老还家,朝廷拜他为翰林学士承旨、资善大夫,退休后仍为集贤大学士。大德十一年(1307)卒,享年七十五岁。

孔孙素来以文学著名,同时也很会弹琴,其画工于山水竹石,尤精于骑射,可称为全才。在朝中敢于直言,而且往往正确,为同朝人所佩服。