元明善字复初,大名清河人。其祖先大概是拓跋魏的后裔,居住在清河的到明善已是第四世了。明善资质颖悟,读书过目不忘,学习诸经都能理解,而对《春秋》更为深刻。二十岁游吴中,文章名声卓著。由浙东使者荐为安丰、建康两县学正。

后来征召为枢密院属官,当时董士选为院佥事,对待他像宾客、朋友一样,不敢以属官对待他。士选升为江西左丞,又征召他为省的属官。当时赣州刘贵反叛,明善随士选统兵讨伐,擒三百人,明善对一些牵连的一律从轻惩处,使一百三十人免于死刑。有天,将佐说:“应该多杀俘获的叛逆,死了的应戮尸示众,以振军威。”明善坚决争辩,认为朝廷的军队,应奉行先帝的惩罚,这些人是小丑跳梁,杀大头子就可以了,百姓有什么罪。所以后来才得到赣、吉两地民丁十万人,有司企图从中得利,而明善请求焚烧反叛者名册以灭其迹,于是二郡百姓安宁无事。

升明善为南行台属官。不久授枢密院照磨。后又迁职中书左曹的属官。当初明善在江西时,张王宣为该省参政,明善有匹骏马,但是很瘦,张王宣借来骑用,时间长了,马养得肥壮起来,王宣非常喜爱,给三十斛米作为酬谢。后来王宣倒台,江浙行省清查其家产,金谷簿中写有“米三十斛送元复初”,不说是酬谢马的钱,明善因此判罪免职。很久以后,才有人为他辩白这件事,恢复省属官之职。

仁宗在东宫时,首先提拔他为太子文学。即位后改任翰林待制。参知编修《成宗实录》、《顺宗实录》,升翰林直学士。诏令他节录《尚书》经文,译其涉及政治者献上。明善推荐宋代忠臣集贤直学士同译润色。书编成后,每上奏一篇,帝一定称赞,并说:“二帝三王之道,要不是你,我不可能知道。”兴圣太后受尊号后,廷臣请求赦免罪人,明善说“:多次赦免,不是好人之福,宽容过失就可以了。”

奉旨去山东、河南救灾,当时彭城、下邳各州连着几十个驿站,人饿马死,而官府不下达文书赈济借贷,明善用二千锭分给百姓,并说:“我擅自命令,就是犯罪也不推辞。”回来后修编《武宗实录》,又升翰林侍讲学士,参预讨论科举、服色等事务。

延..二年(1315)开始进士考试,任明善为考官;廷试时又为阅卷官,所取士后来多为名臣。又改任礼部尚书,整饬孔氏宗法,使宣圣五十四世孙思晦袭封衍圣公。此情上报后,帝认为可以。提拔为参议中书省事,不久,入翰林为侍读,授湖广行省参知政事。又召入集贤任侍读,讨论扩充庙制,升翰林学士,修编《仁宗实录》。英宗亲自到太室祭奠,礼官送上祝册请署御名,帝命明善三次代帝签名,对他关怀之深厚,当时无人能相比。至治二年(1322)卒。泰定年间赠资善大夫、河南行省左丞,追封清河郡公,谥号文敏。

明善早就以文章自豪,到晚年造诣更深,有文集流行于社会上。

当初在江西、金陵时,常同虞集进行激烈争论相互切磋。明善说“:虞集整理诸经,只选朱熹所定,自汉以来先儒曾对经书尽心尽力,但考释很不广博。”虞集也说“:凡文辞能表达自己想说的话就可以了,一定要像明善说的‘像雷霆那样震惊,像鬼神那样灵变’然后才行,这不是性情端正的表现。”两个人原相处很好。到京师后,各不相让。董士选到江浙中台行省,两人一块送他到门外,士选说:“伯生以教导为职责,应该早回,复初可以再送我一程。”集回去了,明善送到二十里外,士选下马入旅舍,备置菜肴,与明善同饮,士选举杯嘱咐说:“士选以功臣之子,出入台省,对国家没什么补益,只求得几个好的士人,被朝廷使用,像复初和伯生,以后一定会显赫,但也难免被人挑拨离间。复初是中原人,仕途上会受到重用;伯生是南方人,将被复初摧折。现在饮下我这杯酒,希望你不要像这样。”明善接过酒杯,跪着饮干后起立说“:确实像您说的,且不说以后,现在已有缝隙,请您再赐一杯,我终身不敢忘您的话。”饮完第二杯就告别了。

真人吴全节与明善交往密切,曾求明善做文,明善对他说:“伯生见了我的文章一定会讥笑,我很想知道他说什么。成季为我准备,请伯生来看,如已镌刻石上就不好办了。”第二天虞集来了,明善拿出文章给集看,集说:“你能按我的话,删去一百多字,就可以了。”明善立即将笔蘸好墨,嘱集修改,共删一百二十多字,文章更加精当。明善大喜,于是二人和好如初。集每见深明经书的人士,也把明善的话告诉他们。