吴当字伯尚,吴澄之孙。幼年时继承祖宗遗训,以聪明、诚实为人们称道。长大后,精通经史百家之言,跟随其祖父到京师,补国子生。过了较长一段时间,吴澄去世,曾跟随他游历的四方学生,都以吴当为师,完成其学业。

至正五年(1345),承袭其父吴文的官爵,而授万亿四库照磨,未上任,改任国子助教。他能勤讲解、严教学,学生都乐意跟他求学。适逢下诏修辽、金、宋三史,吴当参预编纂。书成之后,授翰林修撰。七年调任国子博士。第二年升监丞,以后逐年升任司业、翰林待制、礼部员外郎。十三年,升监察御史,不久,再次任国子司业,以后相继任礼部郎中、翰林直学士。

当时在江南战争已进行五年,大臣中有人介绍说,吴当因世代居住江西,熟知江西风俗民情,并且他的才能也可以担任政事。于是朝廷下诏特授江西肃政廉访使,协同江西省参政火你赤、兵部尚书黄昭,招降江西各郡,且有自主之权。吴当因朝廷兵力不足,受命至江南召募民兵,由浙入闽,至江西境建昌界,招安了新城孙塔,擒杀了李三。接着进攻南丰。反元义军首领郑天瑞逃走,郑原自刎而死。十六年,调检校章迪率本部兵,与黄昭夹攻抚州,剿杀反元义军首领胡志学,进兵收复了崇仁、宜黄。于是平定了建、抚两郡。

当时,参知政事朵歹在抚、建总领兵,多年未建立功勋。因忌妒吴当屡打胜仗,功劳在己之上,又认为南人不应该统领兵马,于是制造流言蜚语,说吴当与黄昭皆通寇。帝降旨解除二人兵权,吴当改任抚州路总管,黄昭任临江路总管,并负责供应平章火你赤军的军饷。火你赤杀死吴当的从事官范淳及章迪,将士们都极端愤怒,吴当告诉他们说:“皇帝的命令不可违抗。”火你赤又上奏章说:“吴当和黄昭二人不能胜任官职。”不久,皇帝降旨罢了吴当和黄昭的总管职务,削官为民。

十八年,火你赤自瑞州回龙兴,吴当和黄昭皆随军不敢去龙兴。以前当与昭平叛立功报告,从广东经海道尚未到达京师,而朵歹、火你赤等的公文先到,所以朝廷责罚当和昭,都降职。待接到吴当、黄昭的立功报告后,才知道是诬告,下诏拜吴当为中奉大夫、江西行省参知政事,黄昭任湖广参知政事。命令尚未下达,而陈友谅已攻陷江西诸郡。火你赤弃城逃跑,吴当就戴上了黄色道士帽,穿道士服,闭门不出,整日写书。友谅派人征召他,他卧床绝食,誓死不从。于是将他连着他的床一块抬到船上,送到江州,拘留一年,始终不屈。后来就隐居庐陵吉水的谷坪。一年后病逝,终年六十五岁。他著的书有《周礼纂言》及《学言稿》。