祝万龄,湖广咸宁人。父亲祝世乔,远游不归。万龄十五岁单身去寻找,行程数千里,终于找到父亲。后由选贡授南康通判,为官清廉谨慎。

万龄拜同乡人冯从吾为师,万历四十四年(1616)中进士,授保定知府。天启六年(1626),魏忠贤尽毁天下书院,万龄非常愤怒。魏忠贤党人李鲁生弹劾万龄,散布讹言,说天变、地震、物怪、人妖等,都是由于书院所造成的。万龄因而被撤职。

崇祯初年,起任万龄为黄州知府,他在黄州把本府生员召集于定惠书院,以儒家正学来开导他们。在黄州任职三年后,调为河南副使,监军磁州。辉县之北与山西陵川之南,有个水峪村,是农民起义军老回回部的根据地,在此已数十年。万龄与山西监司王肇生合兵进剿,大战六次,焚烧三百余里,攻克此村。万龄因功加右参政之职。

义军由山西入河北,进攻新乡。万龄截击,义军转战陵川,其后又攻新乡。万龄战败,削职归家。汤开远为他伸冤,无效。许久以后,廷臣交相举荐,正准备任用,西安为义军所陷。万龄赴关中书院,哭拜先圣,上吊自尽。泾阳人佥事王征、太常寺卿耀州宋师襄、咸宁人怀庆通判窦光仪、长安人仪封知县徐方敬、咸宁人芮城知县徐芳声、明王朝宗族举人米谊及举人席增光都在西安,城破被杀。