康熙十五年十一月乙酉，大将军康亲王杰书奏耿精忠降。杰书帅师抵延平，伪将军耿继美等以城降。精忠探知，大惧；随遣其精奇尼哈番刘蕴祥等赴延平献伪总统将军印，续遣子显祚来迎。杰书师抵福州，令侍读学士尹泰赍免死敕谕以往；精忠于十月初四日率伪文武官出城迎降，献所属官兵册籍。寻精忠请随大兵立功赎罪，杰书以闻。上命精忠仍留靖南王爵，率伊属官兵随大兵征剿海逆，图功赎罪。原任巡抚刘秉政等俱着来京，其藩下官及两镇标下武职仍留原任。兵丁照额设外，其余愿效力者分隶提镇各标；愿归农者，原籍安插。
丙戌，命京口将军杨凤翔等率师赴福建。上谕议政王等曰：大将军康亲王帅师定闽、进剿海寇，分兵守福州诸处，恐兵力未足；可于驻守江宁盛京兵内发七百人、自京发往京口汉军兵内发五百人，令将军杨凤翔、署副都统岳尔多、孟安等率赴大将军军前，听其调遣。又闻进闽大兵缺马，即发内厩及兵部驿营马共二千，选八旗官各一员送军前散给；其送马官沿途或有骚扰，许地方官指名参奏。
大将军康亲王杰书奏：官兵败海贼于乌龙江南。海贼伪总统许耀率贼三万余逼福州乌龙江南而阵，列十余营；都统拉哈达率兵进攻。十月十五日，渡江分队奋击，败之于小门、真凤诸山；尽破贼营，追奔四十余里。
丁亥，敕谕湖广大将军王、贝勒、大臣及诸将士。上谕湖广大将军王、贝勒、参赞大臣及官兵曰：我朝创业以来，凡灭寇开疆，动合机宜；将帅皆身先士卒，无不肤功立奏。逆贼吴三桂背恩反叛，朕念尔等宗室大臣简阅官兵，委以南征，削平僭乱，拯救生民。今出师三年，未获尺寸，坐失机会；使疆圉日偪、贼势鸱张，縻饷困民，误国孰甚！罪在王、贝勒、将军、大臣，于众官兵无与。今陕西、福建、江西、浙江虽渐底定，然贼渠三桂不诛，于事何济？日者穆占在川、陕时，劳绩茂着；兹特简为征南将军，命之讨贼。尔等亦当同心戮力，歼寇拓疆，以副朕靖乱安民之意。慎勿妄分疆界，各顾部伍、互相推诿，仍蹈前失也。众官兵自遣发后，为国效力，暑雨蒸湿，浚濠筑垒，昼夜枕戈，冲锋冒刃，分防侦探，备极劳苦；朕悉知之。每念及此，深用恻然！尔众官兵其念朕恤养之恩，益加用命；倘树立功勋，朕不容优加爵赏。其各勉之！又谕：理藩院览：大将军顺承郡王奏：蒙古兵丁抵荆日久，马匹倒毙甚多。其以见在外藩王、贝勒等所献之马拨足一千九百匹，速行前往，用资征剿。
辛卯，命大将军简亲王喇布等调兵剿醴陵、萍乡贼。总督董卫国奏：臣侦知醴陵陷贼，随启大将军简亲王遣副都统锡三领兵赴援；今贼复声言犯萍乡诸处。臣思浏阳、醴陵皆前通长沙，乃江楚门户；今为贼据，诚恐安亲王孤军深入又无援师，深属可虑！上谕：醴陵、萍乡为安亲王大军后路，所关匪细；副都统锡三虽已赴袁州，仍恐兵力单薄。今闽省已定，建昌诸处似可稍舒；大将军简亲王及副将军希尔根、总督董卫国等量调建昌、抚州、乐平、饶州、南昌诸处满、汉官兵速赴袁州、萍乡诸处，同锡三、扬古岱、赵应奎等协力剿贼，疏通道路。仍间道移会安亲王：若可发长沙兵，量行速发夹剿。
丙申，命将军穆占援长沙。先是，大将军安亲王岳乐赴长沙。上以我军深入，滑贼吴三桂，必往来救援；敕大将军顺承郡王勒尔锦、贝勒尚善等扬声进兵以牵其势，不时侦探贼情，相机渡江进取。至是，总督董卫国、巡抚韩世琦、总兵官赵应奎等相继奏言：三桂知长沙被围，即遣马宝、高启隆由岳州星驰救应，又遣伪将军胡国柱等入长沙固守；三桂亦自松滋拥众来援长沙，屯岳麓山。上谕：荆、岳大将军等违命不前，迟延时日，致逆贼得间四出应援。今荆、岳之兵安处日久，马皆肥壮；着将军穆占速赴湖广简选荆、岳、彝陵士马，由岳州趋长沙接应安亲王兵。若长沙军无虞，或出彝陵取岳州、或由荆州渡江，便宜进发。
壬寅，趣诸将取吉安。先是，总督董卫国奏：醴陵陷贼，萍乡危急。上谕：将军哈尔噶齐、额楚等抵吉安数月，不能剿除逆贼、攻克城池，故逆贼乘间陷醴陵、窥萍乡，恣意肆逞，觊断安亲王大兵后路。及提督赵赖等领兵赴援，又不能奋力协剿，玩日愒时，以致饷縻师老；徒拥重兵，惟务安居：殊误大事。且屡檄简亲王喇布、副将军希尔根，令其亲统大师速赴吉安；乃借口南昌重地，逗遛不前。及屡次催趣，始行进发，又不多备炮药、铅子等物；至吉安，始言火药不敷，遣人索取。即此观之，显误大事。喇布等其速攻吉安，继安亲王大兵后路应援醴陵。至是，简亲王喇布等奏称：省城及抚州、乐平诸要地汛兵单弱，总督董卫国又以上高、奉新诸处贼氛蜂起，求发援师；请调邻省附近之兵前来防守。上谕：各路调集江西兵为数不少，简亲王喇布等不速取吉安，徒尔劳师縻饷；吉安一郡尚不能取，湖南逆贼何日得平？前理藩院郎中瑚什巴所领蒙古兵已遣赴江西，董卫国又身在省城；邻省之兵，无庸调遣。至恢复长沙、平定湖南，皆赖吉安大兵接应；简亲王喇布、副将军希尔根、将军哈尔噶齐、额楚等仍遵前旨，速取吉安。若更迁延观望，安亲王大军脱有疏虞，喇布等俱照坐失军机例从重治罪，决不轻恕。
癸卯，命募补福建提、镇标兵如原额。先是，大兵赴闽，提督段应举请选调内地精兵隶其麾下，以资剿御；上命应举与大将军康亲王、总督李之芳会酌调浙江绿旗兵以往。至是，大兵已抵闽。上谕：今大将军康亲王已抵闽中，剿除海寇正需兵力；该提督及随征总兵官标兵，均如原额募补。
十二月壬子，命左都御史介山等赴福建参赞军务。大将军康亲王杰书奏：臣率大兵平定闽疆，诸凡谘谋军务及分兵留守事宜，不得不请增参赞之臣；乞皇上遣在京大臣二、三人前来参赞。又靖南王耿精忠见随大兵征剿，其所部官兵家口在福州，统辖乏人；乞于额驸耿昭忠、聚忠二人内速遣一人同大兵镇守。上谕：左都御史介山、侍郎吴努春参赞康亲王军务；以耿昭忠为镇平将军，驻守福州。
癸丑，命大将军公图海遣兵与河南蒙古兵更调。将军布颜奏：臣所统兵八百人俱系蒙古，难于应机调遣；请发满兵令臣兼辖，以资战守。上谕：将军布颜所统兵丁俱系蒙古，遇有紧急军务，恐致稽延；见在陕西兵数颇众，大将军公图海于满洲汉军兵内酌发四百赴河南府，令布颜统之。河南府所有蒙古兵分发四百人，令理藩院员外郎颇罗色率赴图海军前。
丙辰，敕大将军康亲王杰书等进剿海寇。大将军简亲王喇布奏：伪将军耿继善等率贼数万围困南丰，海寇亦侵犯广昌。上谕：大将军康亲王杰书疏言耿精忠及闽省官兵俱已归降，广信诸处亦皆向化，伪将军等尽已调回；今江西南丰诸处耿继善等何故仍行骚扰，康亲王杰书及耿精忠察实奏闻。大兵抵福州日久，若不速行进剿海寇，则江西之贼势难遽靖。王等速进兵平定兴、泉、漳诸郡，或应遣兵从汀州夹攻；其相度机宜，分兵齐发。
丁已，敕谕尚之信。时之信欲降，自粤东具密疏遣人赍至大将军简亲王喇布军前，喇布以闻。上降敕谕之信曰：昔太祖皇帝肇造洪基，尔父航海归诚，功猷茂着；后命驻防粤省，平定海疆。自吴逆叛乱以来，益矢忠荩，多方筹划，屡建功勋；故特封尔父为亲王，授尔为讨寇将军。正期克奋勇略，扫除贼逆；不图粤省变乱，道路梗阻。今览尔密奏，称父子世受国恩，断不敢怀异念，愿立功赎罪来迎大军。知尔父子不忘报国，念笃忠贞；因事出仓卒，致成变异：朕心甚为恻悯！今特降旨，将尔已往之罪并尔属下官兵概行赦免。倘能相机剿贼、立功自效，仍加恩优叙。尔当益竭悃诚，勉图后效，以副朕始终曲全至意。
戊午，命副都统乌丹等赴将军侯张勇等军前议进兵机宜。大将军公图海奏：平凉、庆阳虽底定，汉中、兴安尚为贼据。臣等议于来春进讨，应先调绿旗官兵。提督孙思克量留兵守凉州，亲统官军来秦州；将军侯张勇遣兵二千，亦赴秦州；提督赵良栋量留兵守宁夏，亲统官军来凤翔；将军王进宝遣兵二千，亦赴凤翔：俱于明年正月二十日内如期而至。上谕：调兵征剿，事关重大；令副都统乌丹、员外郎马尔汉等赴张勇、王进宝、孙思克、赵良栋等军前，调遣绿旗官兵或如大将军公图海所调或作何调遣？将军、提督等孰宜亲往、作何前进？至恢复汉、兴之时，应驻守其地或径取四川？逐一公同确议，遣同往官员驰驿奏闻。
己未，遣督捕理事官麻勒吉招抚马雄、线国安。侍郎觉罗舒恕奏：总兵官黄芳世自粤东至赣州，云尚可喜已病故；孙延龄为其部兵拘执，抄夺家产，共推线国安为帅。上论：马雄、线国安皆曾受国厚恩，国安为孙延龄逼反；雄屡疏请救，因援兵不即至，亦势迫从贼。今延龄既为其部兵拘执、抄夺家产，宜乘彼内乱，速行招抚。其招抚敕谕，内阁撰拟；令督部理事官麻勒吉赍赴大将军简亲王军前公同商酌，将敕谕抄录，遣贤能人员持往晓谕。马雄、线国安如有回音，麻勒吉即以奏闻。敕谕马雄曰：尔世受国恩，劳绩素着；镇守西粤，绥厥岩疆。自吴三桂、孙延龄二逆反叛，整兵防御，力保孤城、邀执伪差，矢心报国。尔之忠贞，朕久已洞悉。后缘贼氛逼近，援绝势单；当力难拒守之时，为暂尔自全之计：推原情事，谅非本怀。兹者各路大兵剿抚并用，平凉已经归诚，王辅臣优加将军，所属官员兵丁照旧录用；大将军康亲王统兵入闽，耿精忠悔罪来归，仍授王爵，藩下官兵任用如故。每念粤西叛变，各官身陷贼中，自拔无由。以尔摅忠有素，简任多年；追溯前劳，尤深轸恻！今特须专敕，宣谕朕意。尔果翻然悔悟、弃逆效顺，将尔已往之罪并所属官员兵丁悉行赦免，照旧录用。若能剿寇立功，仍行加恩从优议叙。尔其勉励忠贞，无怀疑惧，以负朕笃念勋旧至意。敕谕线国安曰：尔初随定南王航海来归，即授世职。以尔才勇堪任，补授粤西提督。开辟地方、剿御贼寇，着有劳绩；优加伯爵，授为抚蛮将军。后以告老谢事，孙延龄代领藩旅。值吴逆叛变，延龄狂悖无知，被惑构乱；道路阻绝，尔之声息无闻，朕心时切轸念。每思定南王捐躯为国、尽节疆场，藩属官兵俱受国家豢养、效力多年，必非甘心从逆。况尔宿将旧勋，忠贞素笃；料必感戴国恩，始终不渝。兹者各路大兵剿抚并用，平凉已经归诚，王辅臣优加将军，所属官员兵丁照旧录用；大将军康亲王统兵入闽，耿精忠悔罪来归，仍授王爵，藩下官兵任用如故。惟粤西一隅，叛变未宁；即有忠节之士，无由自拔。以尔藩下旧臣，众所推服，特颁专敕，宣谕朕意。尔其首倡大义，鼓励群情。藩下大小官员及兵丁人等，如悔罪投诚、弃逆效顺，已往之罪悉行赦免，照旧录用安插。若能剿寇立功，仍行加恩从优议叙。尔其勉励忠忱，勿怀疑惧，以负朕笃念勋旧至意。
庚申，加海澄公黄芳世太子太保，以黄蓝为海澄总兵官。上谕兵部曰：海澄公黄芳世矢报国恩，不肯从逆；间关冒险，全节来归：忠贞茂着。可加太子太保，镇守漳州。黄篮屡次赍奏，忠勤可嘉。优擢为都督佥事，充海澄总兵官，并令驰驿赴大将军康亲王军前；俟恢复漳、泉，收集海澄公标下官兵镇守汛地。
壬戌，命送马至长沙军前。上谕兵部：长沙军中少马，可于每佐领下各选肥马四匹，发往岳州，量拨八旗官兵护送。若将军穆占由岳州进取长沙，则以此马付彼，同大兵带往，交大将军安亲王；若穆占不由岳州，则大将军贝勒或即拨官兵送往，或移令安亲王遣兵迎取：听酌量以行。
己巳，趣将军穆占进兵。大将军简亲王喇布等奏：伪将军率众数万来援吉安，距城二十里许。总督董卫国亦奏：贼自渌口抵攸县界，声言犯萍乡，又云往援吉安；闻贼帅马宝等率贼三、四万已至永新、安福，并欲为吉安声援。上谕：逆贼吴三桂知我荆、岳大将军等断不进兵，故身往常德调集贼众，并力于长沙、吉安。将军穆占速选荆州士马相机前进，以分长沙、吉安贼势，平定湖南。大将军简亲王喇布等严饬所部，保固疆圉。
辛未，命裁耿精忠部下两镇兵。大将军康亲王杰书奏：耿精忠所部除编作佐领兵丁外，又有左右两镇兵；今福建经制兵及抚标兵俱如原额全设，精忠见率伊佐领下兵随大兵征剿海寇，未为不足。今正节省粮饷之际，其两镇官兵应请裁革。又藩下总兵官曾养性又原任温州总兵官祖宏勋，俱自温州率兵至福州，宏勋应如刘秉政例，赴京候补。上谕：康亲王身在地方，稔悉情形；请裁两镇官兵，俱如所奏。其裁退官兵，设法安插，务俾得所。祖宏勋令赴京师。
丙子，大将军康亲王杰书奏官兵复邵武。大兵抵延平，伪将军耿继善弃城走江西，海贼遂袭邵武。是月初四日，副都统伯穆赫林等自延平进兵浦塘隘口，大败海贼伪总督吴淑等；又乘胜追击，阵斩伪总兵杨大任等万余人。初六日，伪将军彭世勋以邵武降。