康熙十七年四月庚午朔，调副都统雅塔里率兵赴福建。漳州安塘笔帖式报：副都统伯穆赫林、海澄公黄芳世等师次湾腰树，为贼所冲；平和失陷，贼逼潮州而营。上谕：大将军康亲王兵既分援诸路、蒙古兵复撤回，闽中兵力似属未足；今浙江平靖，可于杭、台、衢三府满洲蒙古、汉军兵内选六百人，令雅塔里率赴福建，听康亲王调遣。据报贼逼潮州而营，应檄将军拉哈达、赖塔、靖南王耿精忠等交相计议，剿灭漳、潮间贼寇。
己卯，命将军穆占调兵防守郴州、宜章诸处。穆占奏：官兵恢复郴州、桂阳、兴宁、宜章诸处，其地为通粤要路、幅■〈巾员〉辽阔，不可不驻兵防守。欲留臣等之兵，即恐进战兵力单弱；苟不设防，则新复之地又复可虞。乞别调官兵驻守。上谕：顷因茶陵、攸县地属要区，已敕大将军简亲王不必继穆占前进，与和硕额驸华善协同镇守；仍令护军统领哈克三等会同穆占并力进剿。今穆占既恢复郴、宜诸处，当增兵防守。若粤东无虞，镇守南、韶将军舒恕之兵可调往驻防；若粤东可虑，则勿调舒恕兵，或应于简亲王兵内通融分拨、或量留哈克三兵增防，并听穆占斟酌以行。寻穆占招抚伪总兵王育等，收复临武、蓝山、嘉禾、桂阳、桂东五县；因奏言：臣以兵抵永兴，渡河进剿，檄将军华善遣兵永兴以续我师之后；华善谓茶陵诸处留兵甚少，不为遣兵。臣因将郴州、永兴、桂阳、兴宁诸处，令都统伊里布、前锋统领硕岱、护军统领拉赛、副都统托岱、祖泽纯、宜孝思等率兵分汛防守。但新复地方，幅■〈巾员〉辽阔，不可不增兵驻镇。茶陵有满兵每佐领四人及总兵官赵应奎与臣等所留湖广绿旗兵、又留简亲王兵一半，为数不少；请于此兵内遣往郴、桂、永兴诸处，以资防守。上谕：顷有旨将军舒恕之兵应否调守郴州诸处，或酌分简亲王之兵、或应留护军统领哈克三之兵，听穆占酌行。今穆占身在地方，相视缓急，作何调兵防守郴州诸处，仍遵前旨相机从事。
庚辰，遣部员分里进粤大兵粮饷。先是，因广东粮阙，运剿粤西大兵馈运难继；上命拨江西银十万两、安徽银十五万两由江西采购米榖，运送广东。至是，总督董卫国奏言：江西地方残弊之后，购米未可即得。上谕：该督奏称江西经贼残破，购米艰难；前拨安徽银十五万两，宜就近付江南督、抚采办，陆续送至江西转运粤东。但输挽军粮，所关最重；可令户部郎中吴什巴、员外郎莫洛驰驿赴江西、广东随宜区画，毋困民力、毋误军需。
甲戌，增设福建总督及海澄公标下官兵。时海澄公黄芳世奏：闽省变乱时，臣叔梧、弟芳度所部官兵并已离数。臣抵漳之后，颇复收集；请减兵额为三千，付臣弟芳泰统辖。总督郎廷相又奏：海逆势焰日盛，勾连山贼，互相应援；臣标兵止二千五百，所在告警，不能分应。请增臣标兵二千五百，设立五营。今韩大任投诚之兵见在给粮，即以此兵补入臣标，可不烦别糜粮饷。上谕：海澄公黄芳世收集之兵往时遭乱，奋志坚守孤城，效力劳苦；今逆氛未靖，不当令其分散。宜如所请，以三千人隶籍给饷。黄芳泰已授京口左路总兵官，其令黄芳世标员分辖此兵。总督郎廷相奏增兵二千五百、设五营，亦如所请。但韩大任之兵新经招抚，不宜聚处一军；大将军康亲王及参赞大臣将军耿昭忠及该督、抚、提等详议，以抚、提标旧兵与新附之众相参配合，以足兵额。统辖官员，该督选择题补。
趣将军额楚等剿灭叛贼祖泽清。时祖泽清自高州勾连山海诸寇，水陆交犯电白。上谕：逆贼祖泽清背叛，已调平南王尚之信、副都统额赫讷等率兵进剿，复遣将军傅宏烈、都统勒贝等率兵攻取郁林诸处；今贼来侵至于电白，尚之信、将军额楚等其速行攻剿扑灭。
戊子，命遣随降兵众归云南。上谕兵部：吴三桂背恩倡叛，彼所部人员向沐国恩甚久，其中不无被胁者；韩大任等既经投诚，该部仍议叙加恩外，其同来护军甲兵皆国家素所豢养之人，若辈父母、妻子俱陷贼中，可发遣令归滇中，俾得完聚。其续至者，兵部逐一问明；或有愿归，奏闻并发。
庚寅，趣大将军康亲王杰书等援海澄。时漳州安塘笔帖式报：海逆水陆环围海澄，我兵失利于湾腰树；贼势益张，坚守海澄道路，乘船肆扰。闻海澄城中粮已匮乏，而贼复日犯漳州。总督郎廷相复奏：海贼猖獗，而闽省兵单；请调江南、浙江、广东三省满汉官兵赴援漳、泉，又请调三省水师战舰并于福建召募水卒规取厦门。上谕：江南舟师调发岳州诸处，京口亦为滨海要地；广东之兵进剿祖逆，镇守潮州官兵及刘进忠所部官兵又调往广西梧州；署副都统孟安等已率兵往援漳州，副都统雅塔里亦已率浙江大兵前赴福建。此三省之兵，已随在分遣，不可复行调发。且目下事机，援海澄为急；郎廷相乃奏请调募舟师规取厦门，不合，俱不准行。大将军康亲王等身受全闽重寄，宜将雅塔里率往之兵并黄芳世、郎廷相标下增设之兵随宜调遣，务亟解海澄之围，扑灭犯漳贼寇。
乙未，命将军侯张勇移镇甘州。张勇奏：吴逆馈遗诸达赖台吉，交相连结；彝人受其诱惑，益肆窥伺，蓄意欲图入掠。且逆贼已知松潘、茂州番中有通西宁大路，恐潜乘间隙侵茶马之利。上谕：甘州、肃州、凉州三处为边陲要地，往时特令提督驻镇甘州；后因川贼侵犯秦州，河东多事，故移张勇于兰州。今逆贼吴三桂交通彝人图扰边境，不可不加固守。张勇久任边镇，素着威名，彝人慑服；其仍移镇甘州，调度防御。进边彝人，相机遣出；如有不遵约束、恣意妄行，严加提备，一面与大将军公图海等筹划酌便而行。
五月庚子朔，授大将军贝勒尚善等进取机宜。先是，上谕兵部：一等护卫雅图、侍读学士格尔古德来自长沙，奏言投诚伪将军林兴珠向安亲王言，前岳州舟师再战，兴珠皆在；今我船甚多，宜分其半泊君山以断常德之道，余船泊香炉峡、扁山、布袋口诸处沿九贵山陆路立营以断长沙、衡州之道，则岳州贼路阻塞。纵有粮米，而薪刍器用必致乏绝，贼可不战而毙矣。王令以此奏闻，可即移文詹事宜昌阿知之。至是，宜昌阿奏：我兵进湖后，于高家庙、君山、扁山、九贵山、九马嘴诸处联络泊舟，以断贼路。九贵山复设陆营，使水陆相望，我船相去不远，纵岳州贼出犯，可以并力攻击；即长沙、衡州、常德诸贼来援，亦可合势剿御。贼内外阻绝，势必穷蹙。如得岳州后宜进取何地，彼时方行请旨，必致后期；当如何进兵，乞预示机宜！上谕：宜昌阿所奏水陆大兵进攻岳州，贝勒尚善等宜熟计万全，以期速克。既克之后，即乘势速取常德、澧州诸处，勿令贼得为备。尚善等前以所在逗留，贻误大事；今宜殚心竭力，勉图自效。毋得仍蹈前辙，玩日稽时。
命发京师兵赴福建更戍。上谕兵部：进讨福建官兵，劳苦日久。今拨每佐领护军一人、甲兵二人前往代戍；署副都统岳尔多已自福建率蒙古兵来京，即令统辖前往。
调将军赖塔等率师援海澄。大将军康亲王杰书奏：海澄危急，臣已檄驻守广东潮州将军赖塔率所部兵之半及绿旗兵来援；余兵令副都统沃伸巴图鲁统领，同靖南王耿精忠驻守潮州。上谕：海澄被围日久，势在危急；将军赖塔可率兵速往救援。潮州亦属要地，康亲王更檄沃伸巴图鲁等严加固守。但海逆势甚猖獗，不可不增发官兵；浙江既有将军、总督、巡抚、总兵官足以固圉，应选绿旗精兵三千令提督石调声统之，速往应援。如或稽迟，从重治罪。
命总兵官黄芳泰袭封海澄公。先是，海澄公黄芳世病笃，上疏言：臣叔梧、弟芳度全家殉难，不遗一孤；臣止一男，甫及九岁。臣弟总兵官芳泰久历戎行，备尝险阻；乞令承袭公爵。已而芳世病故，总督郎廷相以闻。上命赠芳世少保，以总兵官黄芳泰袭封海澄公。
癸卯，恤出征兵士物故者。上谕兵部：各路出征兵士，有奋勇阵亡者、有不习水土病故者；此属皆累朝效力、尽瘁殒身，殊可悯恻！今其骸骨相继而还，念彼兵士悉皆贫苦，应得恤银宜行早给，俾克殡葬。尔部察明，随到即行奏发，以副朕轸恤士卒至意。
己酉，命调江宁杨督杨捷为福建提督。先是，上谕吏、兵二部：向以闽省海疆要地，虽经恢复，海逆未平、民生凋敝；抚绥防御，惟在文武大吏相与殚心料理，方于兵民有裨。今总督郎廷相、提督段应举自简任以来为时已久山谷之伏莽未靖，闾阎之困苦未苏；吏治未见澄清，营伍漫无整顿；寇警频闻，地方躏扰。更有甚者，海贼侵犯内地，事前不能预防、事后不能剿御：皆由该总督、提督庸懦无才、职业不修所致，殊负简任之意；岂可仍令在任贻误封疆！大将军康亲王、参赞大臣等其会同严加确议，密行具奏。至是，康亲王杰书等奏：郎廷相等应严加处分。上谕：郎廷相、段应举俱着解任，吏、兵二部严加议处。江宁提督杨捷谋勇兼优、威望素着，历任岩疆，兵民感戴；效力有年，克称厥职。前以江南重地，弹压需人；特简贤能，用资料理。迩者江南地方宁谧，着有成效；今闽省气氛未靖、正在用兵，必得伟略奇材，方克扫荡鲸鲵，底定疆圉。杨捷着以原衔加少保兼太子太保调补福建全省水陆提督总兵官，一切剿御贼寇、保固地方战守机宜，全资殚心筹划、展布壮猷，以副朕简擢倚任至意。
庚戌，诏议叙喀喇沁土默特部落塔布囊善达等。时署副都统岳尔多率出征福建蒙古兵还京，上谕兵部、理藩院曰：喀喇沁土默特部落塔布囊善达、台吉察浑、塔布囊霍济格尔等奉调往浙听大将军康亲王调度，各统所属官兵征剿逆贼后，深入闽省同大兵平定地方；行间效力、身先士卒，冲锋陷阵、奋勇用命，深为可嘉！宜降恩纶，即行议叙，以励后效。尔部、院会同速行议叙具奏。
乙丑，尚之信奏复高州、雷州。之信及副都统额赫讷等于四月十一日抵电白，大败贼众；越六日，克其城，祖泽清闻之宵遁。十九日，恢复高州；寻遣人招降雷州。