共和五年果月十八日（1797年7月4日），督政府在军队的帮助下粉碎了两院中的反对派，把革命重新引向专政的道路。政变的后果与其原因同样复杂。它暂时导致了对英谈判的破裂，并使波拿巴得以迫使奥地利接受和平条件，但这样的和平只能是一种休战。
一、果月十八日政变（1797年9月4日）
当右派获悉他们所信任的部长全遭解职，奥什的部队开始调动，骑兵已到达科尔贝附近的拉费尔代–阿莱（根据宪法部队不得进入的地区）时，他们已能断定督政府准备搞一次政变。他们企图与卡诺合作，对督政府下弹劾令。但是，卡诺已从巴拉斯处得知庇什格律的叛国行径，改变了主意，并明确表示决不赞同复辟。在另一个阵营，奥什以为调动部队已获卡诺的同意，在受到后者的责备后，与巴拉斯大吵了一场。此外，右派又指责奥什任国防部长为非法，必须予以撤换，因为将军还不到四十岁。督政府以向布雷斯特增援为名解释部队的调动，并说进入禁区是“误入”。这样一场风波才暂告平息。
政府利用了这一点。奥什率部兼程前进。他的朋友谢雷担任了督政府警卫长，奥热罗任巴黎卫戍第十七师师长。部队、武器和弹药以各种借口进入了巴黎，对“黑衣领”寻衅之事重又开始。右派对军队散发的非法公告提出抗议，督政府则把扰乱秩序的罪名归诸反革命。拉雷韦里埃声称他同共和国的敌人决不调和。怎么办？两院决定重建国民卫队的精壮营，以武装富裕街区的资产者和准备一次新的葡月行动。但是，三巨头对法律已置之不顾；其他的有效措施或者议而不决，或者在元老院搁浅。果月十七日，右派终于决定对督政府提出弹劾，但后者已抢先动手。
在十七日至十八日的夜间，巴黎被置于军事管制之下。奥热罗在凌晨逮捕了巴特勒米、庇什格律及其同伙。卡诺只身脱逃。一项公告宣布，对复辟王政或恢复1793年宪法的捣乱分子将格杀勿论。两院感到十分惊诧，左派也不能不承认宪法受到了致命的践踏；根据三巨头的建议，两院通过了果月十九日非常法，接着于二十二日又通过了新闻限制法。
四十九个州的选举结果被全部撤销，其他各州的任命也经过清洗。六十五位知名人士被勒令流放圭亚那，其中十七人被押送前往，八人死于流放地，包括庇什格律在内的少数人得以脱逃。总计有一百七十七名议员被除名，并且不被替补。有些议员不再出席两院会议或保持沉默。四十二家反对派报刊被取消，报社社长和主编均被判流放，但他们几乎全躲避了起来。此外，既然宪法允许，报刊在一年内由警察当局任意主宰。
已回国的流亡者接到必须在十天内离开法国的命令，违者将被处死。共和四年雾月三日法又重新生效，并进一步剥夺流亡者亲属的选举权。关于撤销镇压神甫法的命令被收回后，被流放的神甫又不得不再次离乡背井。但是，对违背这一法律的神甫不再处死，改为流放圭亚那。另方面，督政府取得了以命令形式遣送任何神甫流放的权利；从此，神甫不但必须答应服从法律，而且必须宣誓仇恨国王和1793年宪法，这使又一批神甫坚决进行抵制。行政部门的权威扩大了：政府从此负责撤换行政官吏和法官；终审法院也遭清洗，唯独国库仍保留原班人马。政府还从两院夺回了随时随地发布戒严令的权力。
果月十八日事变不惜践踏宪法，结束了热月党推行的自由化尝试，用武力建立了专政，但这个专政终究没有得到巩固。如同5月13日后的国民公会一样，立法团决不甘心自己地位的下降。它比以往更不能同督政府合作，最终推翻了督政府。军队的作用使军事专政的前景进一步明朗，波拿巴的威望正与日俱增。
二、康波福米奥协定（1797年10月18日）
既然王党同外国的勾结部分地说明事态的演变，对外政策也间接受到了影响。勒贝尔主持外交事务后，塔列兰采取委婉顺从的态度。新任全权代表在利尔通知马姆兹伯里，必须交回法国及其盟国的全部殖民地，而共和国的战果则不让分毫。谈判因此而破裂。在莱茵地区，随着奥什的去世，由他支持的和由戈尔策划的建立西斯莱茵共和国的计划也烟消云散。图古特忍气吞声地派遣科本泽尔前往乌迪内附近的帕沙里亚诺乡间别墅，同波拿巴继续商谈。
督政府在自然边界问题上不再左右摇摆。它不但保留西萨尔平，而且坚持不放弃威尼斯。它要求取得整个莱茵河左岸，只让奥地利占有依斯的利亚和达尔马提亚，并恢复赛莱尼西姆共和国。冬季战役即将进行。
波拿巴完全知道冬季战役将在德意志境内进行，他不愿因此而使自己处于次要地位。他擅自把包括首府在内的阿迪杰河以东的威尼斯领地交给奥国，但把爱奥尼亚群岛留给法国。作为交换，奥地利同意出让除科隆地区外的莱茵河左岸。科本泽尔终于接受了条件。肢解德意志的问题将在拉施塔特同帝国议会讨论解决。双方于10月18日在帕沙里亚诺签字；但协定以小村庄康波福米奥命名，因为签字仪式原定在那里举行。
督政府虽感失望，但仍批准了这一协定。政变以来，督政府面临着重重困难；它怎能同飞扬跋扈的将军闹翻？尤其是现在，奥什已经去世，莫罗又居心叵测，不可重用。可是，协定有关莱茵地区的条文在外交上会导致不可收拾的后果。图古特把科隆地区作为例外，不予出让，因为普鲁士的领地就在那里；人们不能不担心普鲁士会反对出让和离开法国。在这种情况下，只要同英国的战争仍在进行，反法同盟就有复活的可能。
共和国既然没有完全达到自然边界，这就更加促使它在自然界之外扩大占领区。它必须相信作为它屏障的保护国：巴达维亚和西萨尔平共和国的情况就是如此。为了把西萨尔平同法国连接起来，波拿巴企图夺取瑞士或至少瓦莱州，如能在皮埃蒙特立足对他更加方便。新任大使们——驻海牙的德拉克鲁瓦、驻都灵的让格内、驻马德里的特罗盖——到处以主人的身份颐指气使。
此外，雅各宾分子虽然没有接到当局的正式请求，却为政变拍手叫好，并随时愿意出力效劳。督政府强调王党的危险，也就激发了革命热情，并鼓励人们同暴君决战到底和普及革命宣传。正是在共和六年，共和分子开始为自己属于负有解放世界使命的“伟大民族”而感到骄傲。拉雷韦里埃感到吉伦特的理想主义在觉醒；巴拉斯不反对闹个天翻地覆。勒贝尔同他们一样乐于展望教皇政权的垮台；与巴塞尔的民主派相联系，他势必经不住入侵瑞士的诱惑。最后，从自身的利益和倾向出发，将军们和军需商对于使他们得以名利双收的宣传运动自然表现得十分积极。
在果月十八日后不到六个月，法军在波拿巴的赞同或唆使下，进入了伯尔尼和罗马。波拿巴自己出征埃及，促使了第二次反法同盟的迅速形成。