整个十六世纪，从嘉靖到万历，兴起了理学范围内程朱与陆王之学的论辩。不过，在统治思想中占上风的仍然是朱学。一直到十七世纪，由于某些地区商品经济的发展和资本主义萌芽的影响，由于农民革命的风暴，明、清两个朝代的更替，出现了严重的社会动荡，即所谓“天崩地解”的局面。
有些学者企图对理学进行总结。两朝交替之际的孙奇逢著《理学宗传》。该书编纂历时三十年，经过明朝的灭亡，至康熙五年（公元1666年）定稿。它论述了宋明时期有较大影响的理学派别，但它只是理学家传记的汇编，并未对理学的发展过程做出清晰的说明。孙奇逢一生以理学家自处，注重心性修养，其学以慎独为宗，以体认天理为要旨，以日用伦常为实际。
被康熙誉为“关中大儒”的李颙，固拒清政府征召，致力于学问，经传、史志、百家之书，靡不观览。其学以王守仁“致良知”为本体，以朱熹主敬穷理为功夫，在关中学者中有较大影响。他的前期思想侧重经世致用之学，后期则侧重心性义理，反身悔过之学。
处于明清之际的人们既要总结明朝覆亡的教训，又想了解动荡变化的现实生活。客观实际迫使一些具有探求真理精神的知识分子从哲学、经学、史学、政治、经济诸方面去进行认真的研究，由此产生了对理学的重新认识。于是兴起了以颜元为代表的事功之学；兴起了以王夫之为代表的总结诸子百家之学的哲学思想；出现了探讨理学产生和发展的专门著作，黄宗羲等的《明儒学案》《宋元学案》堪称杰作；兴起了以顾炎武所强调的“实事求是”的考据之学。所有这些，在思想内容和认识方法等方面都和理学有这样或那样的区别。它们是一种新思潮，我们认为用“早期启蒙思潮”来概括，是比较恰当的。
这个思潮重视对历史和现实的研究，具有创新精神。这个思潮的特征之一，是在不同程度上对理学有所批评。顾炎武的《与友人论学书》指出一部分理学家“置四海困穷弗言，而终日讲危微精一。”颜元的《四存编》不承认“天命之性”与“气质之性”的划分，并全面批评了数百年来程朱、陆王各派理学家在概念上争辩而脱离社会实际，在现实问题面前无能为力的空虚迂阔学风。黄宗羲的《明儒学案》堪称第一部内容宏富、体例严谨、观点鲜明的明代学术史专著，他反对“今之君子，必欲出之一途，使美厥灵根化为焦芽绝港”的思想僵化状态，提出兼收并蓄的学术主张。不过，《明儒学案》还不能完全摆脱王学影响和学术宗派的“习气”。王夫之以“六经责我开生面”的宏大气魄，从自然观到认识论、人性论，从历史到现实，无不有所论述，对佛、老哲学和陆王心学做了深入探讨，既有所抛弃，又有所吸收和改造。
明清之际的思想面貌是纷纭复杂，丰富多彩的。他们对传统理学都有不同程度的接触，且有精辟深入的分析和评论，又从不同角度提出了自己的见解。
清朝统治者力图用程朱理学加强思想钳制。清廷于顺治三年（公元1646年）颁《科场条例》，即沿袭明制，规定科举考试内容采用程朱理学对儒家经典的诠释作为依据。康熙更是“夙好程朱，深谈性理”（昭梿：《啸亭杂录》）。康熙时理学家陆陇其继承了朱熹的“理之流行”说，驳斥罗钦顺的理气观点。他又将“中庸”等同于所谓“义理之性”，要求人们去“人欲”以存所谓“天理”。他的尊朱黜王论，反映了清初代表朱学的势力同王学争夺正宗地位的情况。
还要提到深受康熙皇帝宠信的理学家李光地，他的著作有三十余种、数百万言，着重宣传儒者之学与帝王之学的一致性，道统与治统的一致性。在理学上他主张朱、陆合流，认为两家各有长短，并非冰炭水火。从李光地的一系列理学著作，看不出理学理论本身有任何创新和发展。尽管清初康熙对理学又进行了一番钦定，也没有使它振兴起来。这说明理学已进入衰颓阶段。