苗晋卿的字叫元辅,潞州壶关县人,世代都以儒学出名。他考中了进士,被封为怀州修武县县尉,多次升官后任吏部郎中、中书舍人、知吏部选事。入选的人扯皮要好官,纷纷到他面前言辞激烈、态度傲慢地要求,他和他们谈话,从早到晚没有生气的神色。一段时间以后,升任吏部侍郎,因总是宽大放纵,手下官吏因此干坏事。当时天下太平,参加科举的常有一万人,李林甫任吏部尚书,一心掌管国家大政,将科举选官的事交给苗晋卿和宗遥,只是每年任命另一名官员一起参加评卷和录取,考察才能和实际。

天宝二年(743),决定录取的共六十四人,分为甲、乙、丙三等,定张..为第一名。张..是御史中丞张倚的儿子,张倚新近被皇帝宠幸,苗晋卿想讨好他。张..本来没有学识,因此批评的人议论纷纷。安禄山借机会报告了这事,皇帝为此驾临花萼楼考核实情,录取的人能通过考核的只有十分之一二。张..拿着卷纸一整天,没有落笔,人们称他“交白卷”。皇帝非常生气,贬张倚为淮阳郡太守、宗遥为武当郡太守、苗晋卿为安康郡太守。

第二年,他调任魏郡太守,随即任河北采访使。三年之后,政令教化很突出。

有次入京报账,请求回壶关看望,老远看见城门就下马步行,部下劝阻,他认为:“看见官府的门就应下马,何况是故乡呢?”当地太守迎接犒劳他,让属下县令巡行劝酒,酒斟了,他必定站着喝干,主人敬酒,他从西边台阶下堂跪拜后才喝,当时人赞扬他的恭敬。后调任河东郡太守,兼任河东采访使。又调任抚风郡太守,封高平县男爵。后升任工部尚书、东都留守。又调进京城任宪部尚书,兼任左丞。安禄山反叛了,窦廷芝放弃陕郡不守卫,杨国忠本来忌妒他有声望,就上奏说“:东边是叛军进军的方向,不是重臣不能守住。”任命他为陕郡太守、陕虢防御使,苗晋卿拜见皇帝时,用年迈来推辞,违背了皇帝的心意,就让他退休回家了。皇帝逃到蜀地,大臣多被叛军抓获,苗晋卿从小路逃往金州。

唐肃宗到了扶风,把他召到驻地,任命为左相。收复京城后,又封为韩国公,食实封五百户,调任侍中。后来他请求退休,被免职任太子太傅。不久,又任命为侍中。唐玄宗去世了,唐肃宗病重,下诏命苗晋卿代理冢宰,他坚决推辞说:“故世皇帝有遗诏,要皇帝三天后上朝听政,考察祖宗惯例,没有冢宰的说法,按照先帝遗诏就应由皇帝听朝。希望皇上顺应民心,改变决定,造福天下。”皇帝不听从。几天后,唐代宗登基,又下诏命他代理冢宰,他坚决辞谢才免除了。当时他年纪大,脚病重,请求隔一天去一次政事堂,皇帝优待他,准许他进宰相官署时不行趋礼,驾临小延英殿召他谈话。宰相在小延英殿召见,从苗晋卿开始。吐蕃进犯京城,苗晋卿因病躺在家中,敌人把他抬到官署里威逼他,他闭口不肯说话,敌人不敢加害于他。皇帝回京后,任命他为太保,罢免了他的知政事职。

永泰初年他去世了,享年八十一岁,赠官为太师,命京兆少尹办理丧事,拟赐谥号叫懿献。元载没任高官时,曾受苗晋卿提拔,元载当时任宰相,因此示意有关部门改谥号为文贞。

苗晋卿宽大仁厚,所到之处都以仁惠教化被人称道。魏郡人在他活着时为他建祠庙,树碑赞美他。他两次执政,共任宰相七年,小心谨慎,不过分计较是非得失,因此能保住宠信和名声。他办事干练、通晓制度,各部门的文书,他过目不忘,评论的人把他比作汉代的胡广。

唐肃宗想任命李辅国为常侍,他上奏说:“常侍与皇帝关系亲近密切,不是贤才不能任此职,怎能任命这类人呢?”就罢免了他。朝中想判陈希烈等人为死罪,苗晋卿说“:皇上抓到张通儒、安守忠、孙孝哲等人后,怎么加重处罚呢?”皇帝不听。

不久史思明又反叛了,用这来胁迫叛军。

他曾自己写了父亲的碑文,有喜鹊到碑上做窝。叛军攻进上党,焚烧、抢劫一空,苗家墓地单单没有损坏。大历七年(772),将他供到唐肃宗庙里接受祭祀。