耿南仲,开封人。与余深同年考中进士,历任提举两浙常平,徙官河北西路,改任转运判官、提点广东南路及夔州路刑狱、荆湖江西两路转运副使,入京任户部员外郎、辟雍司业,因事被罢贬为知衢州。政和二年(1112),以礼部员外郎身份任太子右庶子,改任定王、嘉王侍读,不久试任太子詹事、徽猷阁直学士,改任宝文阁直学士。在太子宫中任职十年。

钦宗辞谢徽宗禅位,生病,出宫住在福宁殿,宰相及百官列班等候,日夜不敢退。李邦彦说:“皇太子一向亲近耿南仲,可召他入宫。”南仲与吴敏到殿中侍候。第二天,钦宗即位,授任南仲为资政殿大学士、签书枢密院事。不久,免去签书一职。钦宗因为南仲是东宫旧臣,对他非常敬重,赐给他住宅一幢,升任他为尚书左丞、门下侍郎。

金人再次出兵攻向京城,请求割给三镇讲和,朝中大臣多数主张战守,只有南仲与吴千干坚持割地。康王到军队前线,请求南仲同行。钦宗认为他年老,命令他的儿子中书舍人耿延禧代行。金兵驻扎洛阳,不再要求割去三镇,直接请求划黄河为界。于是朝廷商议派遣大臣前往,南仲以年老不愿去,聂昌以亲戚不愿去。钦宗大怒,立即下令南仲前往河东,聂昌前往河北,商议割地。

当初,南仲自认为在东宫奉事过钦宗,应当掌握大权,而吴敏、李纲超次升职,官位在自己的上面,心中不平。于是每次处理政事提出不同意见,排挤不附和自己的人。李纲等人认为不能和议,而南仲竭力阻止,单独主张和议,所以战守军备都被停止。康王在相州,南仲陪同金使王..前往卫州。乡兵打算杀死王..,王..单独逃走,南仲单身到卫州,卫州人不收纳他。逃到相州,把皇上圣旨告诉康王,调河北兵去保卫京城,于是联名签署募兵榜张贴,人心才安息。二帝被金兵掳走,南仲与文武官吏劝康王就帝位。

高宗即位后,看不起南仲的为人,趁他请求罢贬他为观文殿大学士、提举杭州洞霄宫。延禧以龙图阁直学士知宣州。不久有人上言指责他误国的罪行,诏令降去他的学士职务,延禧也被免职。不久责令南仲在临江军居住。御史中丞张贗又上言:“南仲迫使李纲前去救河东,以致军队溃败,实是不恤国事,用来报私仇。”高宗说:“南仲耽误国家大事,天下共知,我曾想亲手用剑杀了他。”下令把他降贬为别驾,安置在南雄,走到吉州死去。建炎四年(1130),追复为观文殿大学士。