邓文原字善之,一字匪石,绵州人,父亲邓漳迁居于钱塘。文原十五岁就通晓《春秋》。至元二十七年(1290),江浙行省召聘为杭州路儒学正。大德二年(1298),调任崇德州教授。五年升应奉翰林文字。九年,升修撰,请假回江南。至大元年(1308),又任修撰,参加修纂《成宗实录》。三年,授江浙儒学提举。

皇庆元年(1312),入朝任国子司业。他上任的第一件事,是建议改革学校的管理。当权者因循守旧,与他意见不合,文原便借病辞职。实行科举考试制,文原出任江浙行省主考官,为防止考生们守旧的陋习,将朱熹的《贡举私议》一文书写,贴在考场门口。延..四年(1317),升为翰林待制。五年,出佥江南浙西道肃政廉访司事。平江有一僧人,与该府判官理熙有私怨,收买其徒弟控告理熙贪赃,熙被迫认罪,文原巡察时,审问得其实情,将那个诬告和尚施以杖刑,释放了理熙。吴兴百姓夜间回家,巡逻者逮捕绑于亭下,此人逃走了。追赶的人将他在途中刺死。其兄问杀人者是什么模样,有人说是个高个子人,头戴白帽,身穿青衣。其兄向官府投诉,官府问初更值班者是谁,回答是张福儿,于是逮捕审问,强行认罪,把他囚禁了三年。文原察觉原判不实,福儿身不满六尺,并非高个子;死者刀伤在右胁,而福儿一贯是用左手,伤应在左胁。经过调查,捕获真正的凶手,福儿得以释放。桐庐人戴汝惟家被盗,官府捕获了盗贼,审理后送到郡衙处治。夜间戴家房屋被焚,汝惟下落不明。文原认为其中必有缘故,经访察,得汝惟之妻叶氏与其弟谋杀汝惟的罪状,又在水塘边的树下发现了汝惟的尸体和行凶的斧头,证实了案情,人们把文原当作是神。

六年,调佥江东道肃政廉访司事。该道之徽州、宁国、广德三郡每年征收茶课钞原为三千锭,后增至十八万锭,把山谷中所出产的茶叶都送交,也不到一半,其余都是另向民间勒索的,而且年年如此。当时,转运司的官吏,任用乡间奸狡之徒,动不动以犯法罪诬陷百姓,而且转运司对当地官府实行专制,凡五品以下的官员都可以判以杖刑,州县把他们无可奈何。文原奏请废除专收茶课的转运司,让郡县自己征收上交。但这建议未能呈送到朝廷。徽州民谢兰的家僮汪某被人杀死,兰之侄谢回买通汪族人,诬告兰是凶手,兰被迫服罪。文原复审,得以昭雪,判谢回之罪。

至治二年(1322),入朝为集贤直学士。地震,朝廷诏令朝臣拟定消灾的办法。文原奏请判决尚在关押的囚犯;在河北设置仓廪,存储粮食以备荒年。再次请求废除榷茶转运司,但此条陈仍未上报皇帝。三年,兼任国子监祭酒。江浙省臣赵简奏请开经筵,为皇帝讲解经史。泰定元年(1324),任命文原兼经筵讲官,他因病请求辞职归家。二年,召入朝拜翰林侍讲学士,又以疾病而辞谢。三年,拜岭北湖南道肃政廉访使,因病未赴任。天历元年(1328)卒,终年七十岁。

文原内严厉而外宽恕,家贫而为官廉洁。早年客居京师时,有一书生病重,从袋中取出一金,嘱托文原将此金交给他家属。此书生病逝,而同房一书生把那金子偷走了,文原另买同量的金子给死者家属,此事他终身未同人说起。有文集若干卷,藏于家中。至顺四年(1333),赠江浙行省参知政事,谥“文肃”。