曹元用字子贞,祖籍阿城,后迁居汶上。元用天资聪敏,性格开朗,幼好读书,过目不忘,每夜读书,常通宵达旦。父亲怕他因此得病,阻止他,他却用衣蔽住窗子,在房内默读。

元用开始任镇江路儒学正,期满考核合格,游于京师。翰林承旨阎复,对于各地来的士子很少有称赞的,见到元用,将他所写的文章给元用看,元用立即指出其中的毛病,复认为元用是个奇才,荐为翰林国史院编修官。元用认为国史院的官员都才不称职,请于测试后录优任用。御史台聘他为属官,元用不曾学过如何办理公务,但对一些事情却能有明确的判断,御史台的属吏们反而要向他请教。转为中书省右司的属员,与清河的元明善、济南的张养浩,并称为“三俊”。后授任应奉翰林文字,又转任礼部主事。在当时历朝皇后死后,还是称其名,没有谥号,元用认为:“后为天下之母,岂可直接称其名,应加上美好的称号,以发扬其美德。”改任尚书省右司都事,转为员外郎。废除尚书省后,他退居任城,在那里住很久,齐、鲁间士人向他求学的甚多。

延..六年(1319),授太常礼仪院经历,建议太子英宗亲自参加祭祀之事,精心于礼乐。英宗亲自主持祭祀的礼节、仪仗队、车马、服装等制度,都是他裁定的。原来太庙九代皇帝的灵位分室供奉,但都在一殿之内祭祀。仁宗崩,殿内也无室可以供奉了,便在武宗室之前接了一间供奉。英宗上京召集礼官讨论此事。元用认为,应该建大殿于原殿之前,内设十五室。帝认为此议甚好。授元用为翰林待制,升直学士。

至治三年(1323)八月,发生铁失刺杀英宗的事变,贼党赤斤铁木儿突然来到京师,收缴各衙门大印,召两院学士北上。元用一人未去,并声称:“此非常之变,我宁死也不能屈服。”不久,这次政变以失败告终,人们都说元用有先见之明。

泰定二年(1325),授元用为太子赞善,后转为礼部尚书,兼经筵官,又任大朝会的纠仪官,在退朝时号令循序而退,无夺门而出的事情发生。他认为太医、仪凤、教坊等官,不应列入正班,应自成一列。这些建议均被采纳。丞相拟废除科举制,元用反对:“国家文治正要用此制度,怎么能废!”有人提出对太庙的祭祀由四季减为冬季,元用认为,太庙四时祭祀,缺一不可,这是礼经中规定的,岂可为减少耗费而废应行之礼!

泰定三年夏,发生日食、地震、星变,皇帝诏令廷臣商议消灾之策,元用提出:避免天灾的办法,是不讲空话,但务实际,也就是实行德政。具体说就是:节省一切不应开支的费用,选拔贤能者为各地守令,抚恤贫民,祭祀天地,禁止佛事,停止不必须的制作以减轻人民负担,慎重地实行赏罚以鼓励和惩罚士民。这些意见都切合实际,清除当时政治中的弊端。他还论及科举取士之法,认为应当革除冒名顶替,严格进行考核,使得有真才实学的人得到任用。这些意见朝廷都予以肯定。拜为中奉大夫、翰林侍讲学士兼经筵官,参与修纂仁宗、英宗两朝实录。又奉旨纂集甲令为《通制》,把唐《贞观政要》译为蒙古语言。这些书编成后都流行于世。凡朝廷的文告和命令,都是元用起草的。文宗时他起草宽恤之诏,受到皇帝的称赞,赐金织纹锦。

天历二年(1329),代表皇帝到曲阜孔子庙举行祭祀,回来献上孔子像及所撰的代祀记,文宗非常高兴。当时太禧宗..院副使缺员,中书奏荐元用充任,文宗不准,说“此人是翰林中所不可无者,将来有大用”。不幸去世,文宗哀悼不已,对侍臣说:“曹子贞尽忠尽力,不幸今亡,可赐安葬费五千缗。”赠正奉大夫、江浙行中书省参知政事、护军,追封东平郡公,谥“文献”。有诗文四十卷,题为《超然集》。