孙玮,字纯玉,陕西渭南人。万历五年(1577)进士,任命为行人,提升兵科给事中。弹劾中官魏及、东厂办事官郑如金的罪行,郑如金被皇帝下诏定罪。二人都是冯保的心腹。

当初,张居正因为刑部侍郎同安洪朝选减轻辽王的罪责而怀恨在心。后来劳堪巡抚福建,迎合张居正的意图,含蓄地暗示同安知县金枝搜集摘取洪朝选的事情,劳堪赶紧上奏奏明,命令还没有下达,就将他逮捕关进了监牢,三天不让他吃饭,饿死了,禁止装殓,尸体在牢狱里腐烂了。劳堪不久征召升为左副都御史,人还没有到北京张居正就已死了。洪朝选的儿子、都察院佥校洪竞到城门下叫冤,劳堪又飞快写信给冯保,剥夺了洪竞的官籍,受廷杖刑然后遣送回家。直到此时,孙玮向皇帝揭发了这件事以及劳堪各种贪婪暴虐的情形,免了劳堪的官。不多久,洪朝选的妻子上诉冤屈,丘木舜也为他申诉,洪竞又援引胡木贾、王宗载的故事,请求和劳堪一起死,于是将劳堪流放戍边。

这个时候,厂卫继承冯保的余威,随便接受老百姓的诉讼官司;巡抚巡按官员寻访察问奸情,大多连累无辜的人;有关部门断案,往往在本罪之外加重刑罚,皇帝喜欢用“立枷”,重达三百多斤,受这刑的人马上就死。孙玮都极力陈述它们的危害。下诏除“立枷”照原样外,其余的都按孙玮说的改了。因为母亲病了,不等皇帝命令就擅自跑回家,被定罪贬职为桃源县主簿。过了很久,调任提升为太常寺卿。

万历三十年(1602)以右副都御史的身份巡抚保定。朝鲜战争期间驻兵天津,每月六万两粮饷,都从民间征集。前任巡抚汪应蛟役使士兵大修水田,收获所得充为军饷。孙玮继承他,开垦田地更多,从而免除另外加派赋税。连年遭灾,不是旱灾、蝗灾就是大水,庄稼歉收,孙玮想方设法赈救灾民,皇帝也时常从国库拿钱出来帮助他。上报救荒措施,都答应了。京城附近的矿使是其他省份的一倍,矿开采完了搜刮却没有停止,到了每年责备百姓赔偿贡纳的地步。孙玮多次上疏陈述它的危害,并且条列了天津税使马堂的六大罪状,皇帝都不省悟。

升任兵部侍郎,征召任命为右都御史,监督仓场。提拔为户部尚书,依旧监督仓场。大官多有空缺,命令他代理军政。不久,又兼理兵部。孙玮说:“陛下把国家的三个大印都交给卑职,难道国家真的没有人才吗?据卑职所知,大官就有吕坤、刘元震、汪应蛟,一般的官僚就有邹元标、孟一脉、赵南星、姜士昌、刘九经,台谏官就有王德完、冯从吾等一批人,都是道德品行双美之士,足以担当重任。假使再过几年,陛下想要用他们,已经不能够了。”皇帝不听。

都御史自从温纯离开后,已经空缺八年了。等到万历四十年(1612)十二月,在外官员的考期临近,才命令孙玮以兵部尚书的身份掌管左都御史的事情。孙玮的声誉一向很好。正准备整顿纪律,但这时朋党势力已经形成,言路势力强盛,赶上南畿巡按御史荆养乔同提学御史熊廷弼相互攻讦,孙玮奏议将熊廷弼解职,等候调查。熊廷弼的同伙官应震、吴亮嗣等一帮人于是接连上疏攻击孙玮。孙玮多次上疏乞求辞职,皇帝都安慰他让他留下来。没过多久,吏部按每年惯例派二御史外出,没有告知都察院,孙玮以为自己失职,便更加请求离职,上了十多道疏。第二年七月在文华门磕头,到城门外等候命令。到了十月份,才批准告老还乡。

天启元年(1621),起用为南京吏部尚书,改任兵部,参赞机要事务。三年征召授职刑部尚书。拘囚的罪犯太多,以至于监狱都容纳不下。孙玮请求让京都附近的州县就地拘囚。内使王文进杀人,交给司礼判罪,他的同谋交给法律部门。孙玮说一件案子不能分在两个地方,请求将王文进一起下狱,皇帝不听。这一年冬天,以吏部尚书的身份又一次执掌左都御史的事情,多次以年老多病相推辞,不准。第二年秋天,病重,上疏说:“现在天灾不断,民不聊生。对内则国家堪忧,对外则边防不稳。法纪松弛,人心涣散。陛下想要国家太平,应该先安定民心,要想安定民心,应该先起用好人。原来的辅臣刘一火景,宪臣邹元标,尚书周嘉谟、王纪、孙慎行、盛以弘、钟羽正等,侍郎曹于汴,词臣文震孟,科臣侯震..,台臣江秉谦,寺臣满朝荐,部臣徐大相,都是老成持重、品行正直的人,却埋没民间,多么令人感叹、惋惜。倘若蒙陛下选拔起用,一定能够发扬美德、杜绝邪恶,替陛下安抚民心。卑臣恳切希望陛下节制欲望以保养圣体,勤奋学习以增进美德,态度宽厚以增广言路,决断英明从而掌握国家大权。臣患病太重,没有机会报答皇上,冒昧地竭尽我微小的心意,权当以死劝谏。”不久逝世,赠为太子太保。魏忠贤当权,陕西巡抚乔应甲弹劾孙玮平素与李三才、赵南星结党,不应当贪图冒领皇上的恩恤。皇上下诏将诰命收回,剥夺他的荫庇。崇祯初年又予以恢复。后来谥号为“庄毅”。