陈奇瑜,字玉铉,保德州人。万历四十四年(1616)进士。初任洛阳知县。天启二年(1622)升任礼科给事中。杨涟弹劾魏忠贤时,奇瑜也曾上书猛烈抨击忠贤。六年春,奇瑜由户科左给事中出任陕西副使,又升为右参政,负责守护南阳。

崇祯元年(1628),奇瑜升为按察使,不久先后担任陕西左、右布政使。五年,升为右佥都御史,接替张福臻巡抚延绥。当时大盗神一魁、不沾泥等已被诛除,可是他们的余党还很多,当地年景不好,饥荒严重,很多百姓跟随了贼兵。第二年五月,奇瑜上书极力诉说了..州、延安到镇城千里之间饥荒、盗贼的严重情况,庄烈帝下诏免除了延安、庆阳地区的田租。奇瑜于是派遣副将卢文善讨伐、斩杀了截山虎、柳盗跖、金翅鹏等人。不久,他又派遣游击常怀德杀了薛仁贵,参政戴君恩斩了一条龙、金刚钻、开山鹞、黑煞神、人中虎、五阎王、马上飞,都司贺思贤斩了王登槐,巡检罗圣楚斩了马红狼、满天飞,参政张伯鲸斩了满鹅,活捉了黄参耀、隔沟飞,守备阎士衡斩了张聪、樊登科、樊计荣、一块铁、青背狼、穿山甲、老将军、二将军、满天星、上山虎,把总白士祥斩了扫地虎,守备郭金城斩了扒地虎、括天飞,守备郭太斩了跳山虎、新来将、就地滚、小黄莺、房日兔,游击罗世勋斩了贾总管、逼上天、小红旗,其他将领斩了草上飞、一只虎、一翅飞、云里手、四天王、薛红旗、独尾狼,各路贼首基本上斩尽了。奇瑜于是上书说:“流贼作乱,根源在于年成不佳,饥荒逼人,形成于首恶的煽动、诱惑,以至于两府三路都成了强盗窝。现在我们没有损失一个士兵,也没有拉断一根弓弦,捉斩了一百七十多个贼头及其党羽一千多人。头目除掉,余党自然就会散去。过去那些斩木揭竿起来暴乱的,现在就要背着锄头犁耙种地去了。”庄烈帝嘉奖了他,让他开列有功将士的名单报上去。

延绥的群贼大多解体了,只有钻天哨、开山斧占据永宁关。永宁在镇城东部,前面有山阻隔,下面濒临黄河,几年都打它不下。奇瑜认为这个地方不能靠硬拼攻取,就暗中挑选精锐士兵,扬言接到了总制的檄文要出兵远征,命令贺人龙率领他们向西,自己殿后,直抵延川,然后策马向东,喊道:“朝着我指的方向,前进!”悄悄地飞奔进山。贼兵没有料到官军到来,惊慌而逃。官军烧了他们的老窝,斩获一千六百多首级,两位贼首都被杀死。后来又派兵进攻,杀掉了金翅鹏、一座城,斩获五百五十个首级。延水流域的群贼这才全部剿灭了,奇瑜的声名顿起,威震关、陕。此后群贼都集中到了山西。流窜到黄河北部、畿南地区来。冬天冰很厚,贼寇从渑池渡过黄河,践踏了河南、湖广,又进一步窥视四川。

第二年,朝廷讨论认为各镇、巡抚事权不一,应设置一名大臣统管,大多数人推荐了洪承畴。因为承畴正督管三边军务,不能替换下来,于是朝廷提升奇瑜为兵部右侍郎兼右佥都御史,总督陕西、山西、河南、湖广、四川军务,专门惩办流贼。奇瑜传令各地将领会师陕州。在这之前,老回回、过天星、满天星、闯塌天、混世王五大营贼兵从湖北进入四川,打下了夔州,为险要地势所阻挡,又返回湖北,兵分三路:一路进犯均州,开往河南;一路进犯郧阳,开往淅川;一路进犯金漆坪,渡过黄河后进犯商南。奇瑜于是骑马到均州,传令四位巡抚联合讨伐。陕西的练国事驻军商南,遏止他们向西北去。郧阳的卢象升驻军房县、竹山,遏止他们西逃。河南的元默驻扎在卢氏,阻止他们逃往东北。湖广的唐晖驻军南漳,阻止他们逃向东南。奇瑜然后同象升一起率领将士从竹奚谷到达平利的乌林关,途中十多次作战,斩获贼兵首级一千七百多。过了七天,在乜家沟大败贼军,斩获一千零八十多首级。总兵邓王己功劳最大。过后,又在竹奚谷设下埋伏,连续开战,斩获三百多首级。到狮子山,斩获七百二十多首级。其他将领杨化麟、杨世恩、周任凤、杨正芳等分路追杀贼兵,抓住了贼首闯王、翻山虎等人。

奇瑜上书说:“湖北境内多次告捷,一时大的盗贼几乎削平了,那些逃窜到深山中去的,我带领乡兵引路把每个山洞都搜到,湖北慢慢就会得到平静的地面了。”庄烈帝嘉奖并慰劳了他。奇瑜于是率领副将刘迁等人搜索竹奚谷、平利的残余骑兵,追到五狼河,抓住贼首十二个人。派参将贺人龙等追击了八天八夜到达紫阳,贼兵死去的人数多达一万以上。

在此之前,贼兵进入四川,又从四川进入陕西,从阳平关奔向巩昌,承畴在秦州抵御,贼兵于是渡过两当,突袭占领了凤县,然后分兵两路:一路向汉中,抄小路进犯城固、洋县;一路由凤县奔向宝鸡、..阳。这时在平利、洵阳间的贼兵有数万人,从四川进入西乡的有二三万人。进犯城固、洋县的贼兵又向东攻占了石泉、汉阴,会集在汉中、兴安,窥视商州和雒南。这个时候,奇瑜因为湖广的贼寇剿平了,就击鼓向西进军,认为剩下的贼兵不值一剿。派游击唐通防守汉中,保护藩王;派参将贺人龙、刘迁、夏镐扼守略阳、沔县,防止贼兵西逃;派遣副将杨正芳、余世任扼守襄城,防止贼兵北逃;奇瑜自己率领副将杨化麟、柳国镇等驻扎在洋县,防止贼兵东逃;又发布檄文给练国事、卢象升、元默,要求他们分别把守要害地带,截击敌人逃窜。

贼寇见官军四面会集,十分害怕,全部逃进了兴安的车厢峡,李自成、张献忠等大头目都在里边。车厢峡四面山石陡峭,中间长达四十里,易进难出。贼兵误入其中,山上的居民扔下石头打击他们,有的扔下火把,山口垒起了石寨,切断了他们的通路。又下了二十天大雨,弓箭都丢失了,马没有草吃,死去的人数超过了一半。这个时候只要官军逼上去,可以全部歼灭他们。自成等看到形势逼迫,采用了他的同伙顾君恩的诡计,用重宝贿赂了奇瑜身边的人以及各位将领,假装求降。奇瑜没有深思,就同意了,先后收编了三万六千多贼兵,全部加以慰劳,然后遣送回乡务农。平均每一百人派一个安抚官护送,发布檄文要求所经过的州县拿出粮草供应他们,递接遣送他们还乡,各地将领不得拦截,以免破坏招安的事情。这些贼兵没有遭受大的损伤,投降并非真的,走过栈道后就不接受管制了,把五十多个安抚官杀了个净,然后攻占州县,关中一带又大为震动。

奇瑜后悔自己失策,就把罪名推到别人身上以求卸责。贼兵刚刚反叛时来到凤翔,哄骗驻军打开城门,守城的士兵知道他们是在诈骗,就骗说用绳索拉他们上去,杀死了先上去的三十六个人,其余的贼寇一哄而走了。他们进犯宝鸡,也被知县李嘉彦挫败。奇瑜就弹劾嘉彦及凤翔乡官孙鹏等破坏了招安的事局,抚按官也对招安怀有二心。庄烈帝恼了,严厉批评了抚按官,逮捕了嘉彦、孙鹏及士绅、百姓五十多人。奇瑜又请求朝廷传令陕西、郧阳、湖广、河南、山西的五位巡抚各自把守要害地带,有失守的就治他们的罪,试图以此来为自己分担过失。后来他又委罪于练国事,国事也被逮捕入狱。给事中顾国宝弹劾奇瑜贻误封疆大事,庄烈帝下诏让奇瑜解除官职,等候调查。御史傅永淳又弹劾奇瑜解陇州之围时虚报了斩敌人数,庄烈帝就下诏把奇瑜除了名,让锦衣官把他逮捕,加以审讯。九年六月,奇瑜被贬,充军边疆去了。

当初奇瑜在南阳做官时,唐王杀了他的长子,并且想一同废除其长子的儿子聿键。靠了奇瑜的帮助,长孙的地位才得以保住,后来聿键在福建自立为帝,想召奇瑜去做东阁大学士,因为道路遥远,奇瑜没有收到任命令,死在了家里。