中部地方的远征任务一结束，秀吉立即下令大军向京都行进，讨伐叛贼明智光秀。
一万余将士，从备中到备前，再经冈山城，一路向京都疾行。六月十一日，秀吉军的先锋已到达尼崎。
于是，一直按兵不动、静观情势的诸将，陆陆续续率军加入秀吉的阵营，其中有高山右近、中川濑兵卫、池田信辉等人。行至淀川附近时，地方上的武士，又二十人、三十人的加入讨伐军，使全军人数超过两万。
十三日黎明，秀吉的马帜——金葫芦，在朝阳下，在山崎道上闪闪发光。先锋部队已向天王山东方的一支明智军攻击。秀吉见战机已熟。向全军下令总攻击。
明智光秀在本能寺杀死信长之后，如狂风般袭卷了信长驻守的安土城及秀吉的长滨城，并纠集各地不甘屈服于织田信长的武士们，返回京都，以逸待劳，准备击溃远来的秀吉军。
先是在天王山，双方火枪队猛烈交火，枪声一停，双方同时面对面冲锋，展开了一场疯狂的浴血战。
这场战役中，不负先师竹中半兵卫苦心栽培的崛尾茂助，率军身先士卒，挥舞十字形长枪，如入无人之境，向天王山顶的明智军猛冲。
太阳上升了，耀目的阳光，照在天王山坡道上，草丛中、松树下、岩石阴影中到处是尸体。
不久，山顶上传来话声。说：“占领了！崛尾茂助吉睛占领了天王山！”
呼叫声引起了山谷的回音，也引起了秀古军的欢呼。高昂士气之下，未时末（下午三时）秀吉军完全占领了天王山。
将本营推动到山崎八幡官的秀吉，传令全军，要在圆明寺川决战。
圆明寺川长满了芦苇。明智军左翼与秀吉军右翼，隔河对峙。
过了一会儿，两军齐喊，冲向河中，河水四溅，两军就在河中央，正面冲突。但见血肉横飞，河水越来越红。
士气高昂的秀吉军，一波又一波的突破明智军，驰上了东岸。
东岸遍地竹林，埋伏在竹林中的明智军，发动猛烈的反击。
夕阳西下，天边一片血红。这场决战，从下午四时一直持续到下午七时，誓言击灭叛贼的秀吉军，终因士气旺盛而压倒了明智军。明智军溃败。
明智光秀在御坊冢的本营中，听取了不断战败的消息后，终于决心撤退。他对身边的老臣比田带刀说：“带刀，余失算！攻击信长前，忘了秀吉。秀吉实在不好惹，事到如今，只好先撤退，以后再说了。带马来。”
明智光秀在月光朦胧的山道上，向后方疾驰。只有数十随从跟在后面。
翻山涉水，通过村道，进入一阴森竹林后不久，前头的明智光秀，突然闷闷呻吟，伏在马上。原来是被埋伏在竹丛中的人，一枪刺中腰际。后面的比田带刀一声惊呼，赶上前时，光秀已经不支，滚落地上。
击灭信长于本能寺后仅十一夭，明智光秀死于无名小卒枪下。
六月十八日，秀吉来到安土城。繁华的市街，已被明智军纵火焚毁，一片荒凉，秀吉不禁黯然长叹。
叛贼明智光秀已被讨灭，可是，此后将如何呢？
柴田胜家、德川家康，不知正在想什么？毛利一族、四国的长曾我部元亲、小田原的北条氏政以及其他诸侯，又对此一意外变故有什么看法？日本难道又将成为战乱时代吗？或者会变得比以前更坏、更惨？
“不！”秀吉自语。
“决不能再度成为乱世。决不能使信长公的伟业就此烟消云散。”
秀吉想起竹中半兵卫临死前的遗言。
“完成日本的统一之后，还有新文化的建设，这些都要靠吾君了。”
秀吉凝视已化为灰烬的安土城，心中立下大志：“对！此事舍我其谁？代信长公恢复全国和平的，既不是柴田胜家，也不是德川家康，必须是我羽柴筑前守秀吉。”
两天后，秀吉回到自己的长滨城，城池依旧，人民看到金葫芦马帜，都欣喜雀跃。秀吉在马上对路边的人民，含笑打招呼。
进城后的秀吉，不断询问出入的重臣：“找到母亲大人了吗？”
明智军来袭时，秀吉的母亲与妻子逃匿无踪，至今没有消息。
入夜时分，侍卫队的石田佐吉，不知从那里匆匆忙忙的跑回城内报告说：“主公太夫人，安然无恙。”
秀吉高兴的询问：“佐吉，那里找到的？”
“臣以前居住的寺院。臣出征前，秘密安排该寺为太夫人和夫人的隐匿场所，以备本城被敌占领时，安然避敌。那知果然用上。”
“哦！做得好！余自己也没想到长滨城会被占领，亏你想到，并且安排周全。谢谢！”
秀吉由衷欣赏考虑周详的青年石田佐吉。
秀吉马上派人到寺院迎接母亲与妻子。
秀吉跪接其母，低头说：“母亲大人，有劳奔波，敬请宽恕。”
母亲却平静的问：“右大臣样的仇报了没有？”
“儿已于山崎击灭明智光秀。”
“我就是想听到这件事。如无功而返，就是见到你安然无恙，我也不会高兴。”
秀吉感动得说不出话来，心里却想大呼：“啊！我的母亲是全国最伟大的母亲！”