三十七難
提要：本難討論兩個問題：一、説明七竅各與五臟相通，七竅功能正常與否，關鍵在於與其相通之臟氣和與不和。二、經脈的氣血運行，根源於臟腑。臟腑受邪，使經脈氣血不和，隂陽之氣太盛而不相榮，則爲難治的關格之證。
三十七難曰：五藏之氣，於何發起？通於何許？可曉以不？
然，五藏者，當上關於七竅也〔1〕。故肺氣通於鼻，鼻和則知香臭矣；肝氣通於目，目和則知白黑〔2〕矣；脾氣通於口，口和則知穀味矣；心氣通於舌，舌和則知五味矣；腎氣通於耳，耳和則知五音矣。
五藏不和，則七竅不通。六府不和，則留結爲癰。
〔1〕 當上關於七竅也 “七”原作“九”。《靈樞·脈度》作“常内閲於上七竅也”。《集注》楊注：“七竅者，五藏之門户。”是楊（楊玄操或楊康候）所據本亦作“七”。按，既云“上關”，則當指頭面七竅。下文所舉亦均係上竅，可證。作“七”爲是。據改。下“七竅”同。
〔2〕 白黑 即五色之意。《淮南子·修務訓》：“今夫盲者，目不能别晝夜，分白黑。”
邪在六府，則陽脈不和；陽脈不和，則氣留之；氣留之，則陽脈盛矣。邪在五藏，則隂脈不和；隂脈不和，則血留之；血留之，則隂脈盛矣。隂氣太盛，則陽氣不得相營〔1〕也，故曰關〔2〕；陽氣太盛，則隂氣不得相營也，故曰格〔2〕。隂陽俱盛，不得相營也，故曰關格。關格者，不得盡其命而死矣〔3〕。
〔1〕 不得相營 《句解》無“相”字，下兩句同此。
〔2〕 故曰關 故曰格 原“關”“格”兩字倒。《素問·六節藏象論》、《靈樞·終始》、《靈樞·禁服》等并以陽盛極爲“格”，隂盛極爲“關”，合於醫理。徐大椿曰：“此篇自首至此，皆《靈·脈度篇》文，而止易數字，既無發明，又將關格二字隂陽倒置，開千古之疑案，不知傳寫之，抑真越人之擅易經文也。”今乙正。
〔3〕 關格者不得盡其命而死矣 《句解》無。
經言氣獨行於五藏，不營於六府者，何也？
然，氣之所〔1〕行也，如水之流，不得息也。故隂脈營於五藏，陽脈營於六府〔2〕，如環之無端，莫知其紀，終而復始，其〔3〕不覆溢。人氣内温於藏府，外濡於腠理。
〔1〕 所 《集覽》本無。
〔2〕 府 《集覽》本此下有“隂陽相貫”四字。
〔3〕 其 《集覽》本作“而”。
按語：一、孔竅與五臟的對應關係，亦爲藏象學説的内容，反映了中醫學的整體觀點。
二、本難關格之概念，與本書三難之“關格”意義不同。此處所論是指隂陽氣太盛不得相營，三難則言脈。
三十八難
提要：本難討論“藏有五”“府有六”的問題。指出三焦主持諸氣，和有名而無形的功能特點。
三十八難曰：藏唯〔1〕有五，府獨有六者，何也？
然，所以府有六者，謂三焦也。有原氣之别〔2〕焉，主持諸氣，有名而無形，其經屬手少陽，此外府也，故言府有六焉。
〔1〕 唯 獨也。亦作“惟”。《廣雅·釋詁三上》：“唯，獨也。”清王引之《經傳釋詞》卷三：“惟，獨也。或作唯。”
〔2〕 别 此下疑脱“使”字。本書六十六難云：“三焦者，原氣之别使也。”參閲六十六難注。
按語：關於三焦問題，可參閲六十六難按語，及八難、二十五難、三十一難、三十九難、六十二難、六十六難等原文。
三十九難
提要：本難承上文臟惟有五，腑獨有六之説，繼續討論腑有五，臟有六的問題。指出腎有兩臟，故五臟亦即六臟。三焦不同於其他五腑，它不屬於五臟，所以六腑實爲五腑。
三十九難曰：經言府有五，藏有六者，何也？
然：六府者，正〔1〕有五府也。然五藏亦有六藏〔2〕者，謂腎有兩藏也。其左爲腎，右爲命門。命門者，謂〔3〕精神之所舍也，男子以藏精，女子以繫胞，其氣與腎通，故言藏有六也。
府有五者，何也？
然，五藏各一府，三焦亦是一府，然不屬於五藏，故言府有五焉。
〔1〕 正 《評林》、《圖注》、《闡注》本并作“止”。按，“正”猶“止”。《詩·終風》：“見侮慢而不能正也。”毛傳：“正猶止也。”《論語·述而》：“正唯弟子不能勞也。”“正”亦解作“止”，即“僅”“只”之意
〔2〕 藏 《太素·本輸》楊注引《八十一難》無。
〔3〕 謂 《本義》本無。
按語：本難以腎臟分爲左腎、右命門，而使五臟成爲六臟。内容與三十六難重複。以三焦不屬於五臟，可不列於六腑之中，其精神與三十八難基本一致。可參閲。
四十難
提要：本難以五行理論解釋鼻知香臭與耳能聞聲的問題。
四十難曰：經言肝主色，心主臭，脾主味，肺主聲，腎主液。鼻者，肺之候〔1〕，而反知香臭；耳者，腎之候，而反聞聲，其意何也？
然：肺者，西方金也。金生於巳〔2〕，巳者南方火也。火者心，心主臭，故令鼻知香臭。腎者，北方水也。水生於申〔2〕，申者西方金。金者肺，肺主聲，故令耳聞聲。
〔1〕 候 《説文·人部》：“候，伺望也。”作名詞解，引申爲監望敵情之哨所。《後漢書·光武帝紀》：“築亭候”。李賢注：“亭候，伺候望敵之所。”此處指人身孔竅，是伺望五臟活動外在表現之所。故亦稱“外候”。
〔2〕 金生於巳 水生於申 《句解》李駉注云：“金長生在巳，水長生在申。”《難經經釋》徐大椿曰：“此以五行長生之法推之也。木長生於亥，火長生於寅，金長生於巳，水長生於申。以其相生，故互相爲用也。”這是五行學説中金生水、水生木……之外的又一種相生規律。金生於巳，水生於申，木生於亥，火生於寅。均爲隔四相生。故或稱“五行長生”。内容見《淮南子·天文訓》。該文云：“金生於巳，壯於酉，死於丑，三辰皆水也。水生於申，壯於子，死於辰，三辰皆金也。故五勝，生一，壯五，終九。”據此，説明如下：將十二地支按東南西北順次排列，每隔四支（辰）即第一、第五、第九位，屬五行中同一行。故巳酉丑屬金，申子辰屬水，亥卯未屬木，寅午戍屬火，按生一、壯五、終九的規律，金的第一位爲已一，故金生於已。第五位爲酉五，酉是西方金的本位，故壯於酉。第九位爲丑九，故終於丑。同理，水的第一位爲申（一），故水生於申。第五位爲子（五），子是水的本位，故壯於子。第九位爲辰（九），故終於辰。餘依此類推。見下圖：
按語：關於五臟與五色、五臭、五味、五聲、五液的特殊聯系，已於三十四難作了詳細論述。本難提出五臟對色、臭、味、聲、液五者又各有專主，兩者可相互補充。肝主色、心主臭、脾主味、肺主聲、腎主液的理論，在四十九難亦有應用。均可參閲。
四十一難
提要：本難以肝與東方春、木的相應關係，對人體肝獨有兩葉的問題，進行解釋。
四十一難曰：肝獨有兩葉，以〔1〕何應也？
然，肝者東方木也，木者春也。萬物始生，其尚幼小，意無所親〔2〕，去太隂尚近，離太陽不遠〔3〕，猶有兩心〔4〕，故有兩葉，亦應木葉也。
〔1〕 以 通“與”。《經傳釋詞》卷一：“廣雅曰：以，與也。《詩經·大雅·皇矣》：予懷明德，不大聲以色，不長夏以革。”馬瑞辰《通釋》：“以、與，古通用，聲以色，猶云聲與色也，夏以革，猶云夏與革也。”
〔2〕 親 《廣雅·釋詁三上》：“親，近也。”
〔3〕 去太隂尚近，離太陽不遠 “太隂”，在此指冬季。“太陽”，在此指夏季。意即肝木應春，春季介於冬、夏兩季之間。
〔4〕 猶有兩心 言春季既有冬季之寒意，又漸見夏季之温暖，未離乎隂，復漸於陽，故猶有兩心。丁德用曰：“猶有兩心者，爲離太陽，戀太隂，有此離戀，故言兩心也。”
按語：對“太隂”“太陽”的解釋，有多種意見。如：一、指冬季、夏季。二、指七月、六月。三、指手太陰經、手太陽經。四、指脾與膀胱。五、指腎與心。六、指脾與腎等。從原文分析，所問是肝獨有兩葉與何者相應的問題。答語以草木甲坼之初，萌生兩葉等自然現象，以與肝有兩葉相比擬。則太隂太陽當指季節爲是。正如滑壽所云：“隆冬爲隂之極，首夏爲陽之盛，謂之太隂太陽，無不可也。”
四十二難
提要：本難論述人體五臟和從口腔至肛門整個消化道的解剖部位、形態、大小、長度、重量、容量、内容物等，指出神、魂、魄、意、志等分藏於五臟，説明五臟與精神意識的密切關係。
四十二難曰：人腸胃長短，受水穀多少，各幾何？
然，胃大〔1〕一尺五寸，徑五寸，長二尺六寸，横屈〔2〕受水穀三斗五升，其中常留穀二斗，水一斗五升。小腸大二寸半，徑八分分之少半，長三丈二尺〔3〕，受穀二斗四升，水六升三合合之太半〔4〕。迴腸大四寸，徑一寸寸之少半〔5〕，長二丈一尺〔6〕，受穀一斗，水七升半。廣腸大八寸，徑二寸寸之大半〔7〕，長二尺八寸，受穀九升三合八分合之一。故腸胃凡長五丈八尺四寸〔8〕，合受水穀九斗二升一合合之大半〔9〕，此腸胃長短，受水穀之數也。
肝重四斤〔10〕四兩，左三葉，右四葉，凡七葉，主藏魂。心重十二兩，中有七孔三毛，盛精汁三合，主藏神。脾重二斤三兩，扁廣三寸，長五寸，有散膏半斤，主血，温五藏，主藏意。肺重三斤三兩，六葉兩耳〔11〕，凡八葉，主藏魄。腎有兩枚，重一斤一兩〔12〕，主藏志。
膽在肝之短葉間〔13〕，重三兩三銖〔14〕，盛精汁三合。胃重二斤二兩〔15〕，紆〔16〕曲屈伸，長二尺六寸，大一尺五寸，徑五寸，盛穀二斗，水一斗五升。小腸重二斤十四兩，長三丈二尺〔3〕，廣二寸半，徑八分分之少半，左迴疊積十六曲〔17〕，盛穀二斗四升，水六升三合合之太半。大腸重二斤〔18〕十二兩，長二丈一尺，廣四寸，徑一寸寸之少半〔19〕，當齊右迴〔20〕十六曲，盛穀一斗，水七升半。膀胱重九兩二銖，縱廣九寸，盛溺九升九合。
口廣二寸半，唇至齒長九分，齒以〔21〕後至會厭深三寸半，大容五合。舌重十兩，長七寸，廣二寸半。咽門重十兩〔22〕，廣二寸半，至胃長一尺六寸。喉嚨重十二兩，廣二寸，長一尺二寸，九節。肛門〔23〕重十二兩，大八寸，徑二寸大半，長二尺八寸，受穀九升三合八分合之一。
〔1〕 大 即周長。
〔2〕 屈 《史記·扁鵲倉公傳》正義引《八十一難》作“尺”。
〔3〕 三丈二尺 《千金》卷十四第一林校引《難經》、《甲乙》云作“镸二丈二尺”。
〔4〕 合（ɡě葛）之太半 《本義》、《集覽》本“太”作“大”。按“太”“大”古通。《駢雅訓纂·釋名稱》：“大與太通，古太字多不加點，如大極、大初、大空、大廟、大學之類。後人加點，以别小大之大，遂分而爲二矣。”“合”，容量詞。一升的十分之一爲一合。《漢書·律歷志》：“十合爲升。”
〔5〕 一寸寸之少半 原作“一寸半”。《甲乙》卷二第七作“一寸寸之少半”。《千金》卷十八第一林校引《明堂》、《外臺》、《難經》作“一寸之少半”。按，如以直徑與周長的比例計算，當爲一寸寸之少半。今據諸本改。
〔6〕 一尺 《史記·扁鵲倉公列傳》正義引作“二尺”。
〔7〕 二寸寸之大半 原作“二寸半”。《甲乙》卷二第七作“二寸寸之大半”。本難下文“肛門”作“二寸大半”。據下文對肛門“大八寸”，及“長二尺八寸，受穀九升三合八分合之一”的描述，與本段廣腸相同。則知“肛門”實指廣腸而言。再按直徑與周長比例計算，亦當爲二寸寸之大半。今據改。
〔8〕 五丈八尺四寸 《甲乙》作“六丈四寸四分”。《集注》楊曰：“據《甲乙經》言腸胃凡長六丈四寸四分，所以與此不同者，《甲乙經》從口至直腸而數之，故長。此經從胃至腸而數之，故短。亦所以互相發明，非有謬也。”
〔9〕 九斗二升一合合之大半 原作“八斗七升六合八分合之一”。合計胃腸所受水穀，當爲九斗二升一合合之大半。今據《靈樞·平人絶穀》、《甲乙》卷二第七等改。
〔10〕 四斤 《本義》本作“二斤”。
〔11〕 耳 在旁突出之物曰耳。《考工記·㮚氏》鄭注：“此鬴之耳，在旁可舉也。”在此當指兩側支氣管。
〔12〕 一兩 《集覽》本作“二兩”。
〔13〕 間 《素問·痿論》王冰注引《八十一難經》“間”下有“下”字。《千金》卷十二第一并同。
〔14〕 銖 我國古代衡制中的重量單位。説法不一：一、一銖重一百黍。《漢書·律曆志上》：“一龠容千二百黍，重十二銖。”二、一銖重九十六黍。《説苑·辨物》：“十六黍爲一豆，六豆爲一銖。”三、一銖重一百四十四粟。《説文·禾部》：“十二粟爲一分，十二分爲一銖”。四、一銖爲一兩的二十四分之一。《説文·金部》：“銖，權絫黍之重也。”段玉裁注：“二十四銖爲一兩。”
〔15〕 二兩 《句解》、《評林》本作“一兩”。《集覽》本、《圖注》、《俗解》、《闕注》本、《史記·扁鵲倉公列傅》正義引、《千金》卷十六第一并作“十四兩”。
〔16〕 紆 曲也。《淮南子·本經》：“盤紆刻”，儼注：“紆，屈曲。”
〔17〕 左迥疊積十六曲 《史記·扁鵲倉公列傳》正義引作“迥積”。
〔18〕 二斤 《史記》正義引作“三斤”。
〔19〕 一寸寸之少半 原作“一寸”。據《千金》林校引《難經》改。參閲注〔5〕。
〔20〕 右迴 《集覽》本“迴”下有“疊積”二字。
〔21〕 以 《史記·扁鵲倉公列傳》正義引作“已”。按，“以”“已”古通。
〔22〕 十兩 《本義》本作“十二兩”。
〔23〕 肛門 此處指廣腸而言。參閲注〔9〕。
按語：本難是古代解剖學的重要文獻。其中五臟的解剖資料未見於《内經》。由於古今度量衡標準不同，文中尺寸斤兩，不能以今制數值計算。但如以咽門至胃之食道長度，與小腸、迴腸、廣腸之總長度的比例言之，則與現代解剖學所載，頗爲接近。可見當時解剖學已有一定成就。但其中對某些内臟形態的述，如肝有七葉，心有七孔，肺有六葉等與實際不符。且人體大小不等，内臟之大小、重量等亦有差異，不能劃一定量。
四十三難
提要：本難討論人不進飲食七日而死的道理。其主要由於胃中所留水穀及人體津液消耗竭盡所致。
四十三難曰：人不食飲，七日而死者，何也？
然，人胃中常有留穀二斗〔1〕，水一斗五升。故平人日再至圊〔2〕，一行〔3〕二升半，一日中〔4〕五升。七日，五七三斗五升，而水穀〔5〕盡矣。故平人不食飲七日而死者，水穀津液俱盡，即死矣〔6〕。
〔1〕 人胃中常有留穀二斗 《句解》無“人”字。《本義》“常”作“當”。《句解》、《集覽》本“有”并作“存”。
〔2〕 至圊 《太素·腸度》作“後”。《甲乙》、《千金》并作“至後”。“圊”，厠所。《廣雅·釋宫》：“圊，厠也”，《釋名·釋宫室》：“廁，或曰圊，言至穢之處，宜常修治使潔清也。”“後”亦排便之意。
〔3〕 一行 “行”用於量詞，猶言“次”。排便一次爲一行。
〔4〕 一日中 “一”字原缺。“日中五升”費解。《靈樞·平人絶谷》、《甲乙》卷二第七、《太素·腸度》、《千金》卷十六第一“日”上并有“一”字，文理通曉。據以上諸本補。
〔5〕 而水穀 《千金》“而”下有“留”字。“穀”下有“精氣”二字。
〔6〕 即死矣 《集覽》本“即”作“則”。《太平御覽》卷八百四十九、飲食部引《八十一問》作“故也”。連上爲句。
四十四難
提要：本難敍述人身消化道中的七道門户，即飛門、户門、吸門、賁門、幽門、闌門、魄門，稱爲七衝門。
四十四難曰：七衝門〔1〕何在？
然，唇爲飛門〔2〕，齒爲户門，會厭爲吸門〔3〕，胃爲賁門〔4〕，太倉〔5〕下口爲幽門〔6〕，大腸小腸會爲闌門〔7〕，下極爲魄門〔8〕，故曰七衝門也。
〔1〕 衝門 通道之門户。《説文·行部》：“衝，通道也。”
〔2〕 飛門 即嘴唇。“飛”與“扉”均在古音微部，古音幫母。同聲通假。“扉”門扇。《説文·户部》：“扉，户扇也。”口唇張合，猶門扇之啟閉，故唇爲飛門。
〔3〕 吸門 即會厭。在喉咽上方，形如樹葉。嚥食時覆於喉口，呼吸發音時則會厭開啟。爲呼吸之門户。故稱“吸門”。
〔4〕 賁門 胃之上口，與食道相連處，靠近横膈。《素問·脈要精微論》王冰注：“賁，鬲也。”《集注》楊注：“賁者，膈也。胃氣之所出也。”
〔5〕 太倉 即胃。《靈樞·脹論》：“胃者，太倉也。”
〔6〕 幽門 爲胃之下口，與十二指腸相接處。《爾雅·釋言》：“幽，深也。”因位在胃的幽深之處，故曰幽門。
〔7〕 闌門 “闌”門遮也，亦稱門闌。《廣雅·釋詁二下》：“闌，遮也。”《史記·楚世家》：“雖儀之所甚願爲門闌之厮者。”闌門當小腸與大腸連接之處，猶如門闌，故稱闌門。
〔8〕 魄門 即肛門。魄通粕，均古音滂母鐸字部。如“糟粕”亦作“糟魄”。《庄子·天道篇》：“然則君之所讀者，古人之糟魄已夫。”《釋文》引司馬云：“爛食曰魄、一云糟爛爲魄，本又作粕，音同。”肛門爲排泄糟粕之門户，故稱魄門。
按語：本難所述七衝門乃是人體整個消化的重要門户。在解剖及生理、病理上都有特殊意義。它們的名稱如會厭、賁門、幽門、闌門等，至今仍爲現代解剖學所沿用。
四十五難
提要：本難將人體組織及器官分爲臟、腑、筋、髓、血、骨、脈、氣等八類。各有精氣會聚之處，該處俞穴，稱爲會穴。並指出此八會穴能主治熱邪在内的一類病證。
四十五難曰：經言八會者，何也？
然，府會大倉〔1〕，藏會季脇〔2〕，筋會陽陵泉〔3〕，髓會絶骨〔4〕，血會鬲俞〔5〕，骨會大抒〔6〕，脈會太淵〔7〕，氣會三焦〔8〕外一筋直兩乳内也〔9〕。熱病在内，取其會之氣穴也。
〔1〕 大倉 《本義》、《集覽》本“大”并作“太”“大倉”今名“太倉”，此處指中脘穴。在臍上四寸，屬任脈經。《甲乙》卷二第十九：“中脘，一名太倉。”
〔2〕 季脇 此處指章門穴。章門穴别名“季脇”。《針灸捷法大全》卷六：“章門……一名季脇。”在第十一肋游離端稍下處。屬足厥陰肝經。
〔3〕 陽陵泉 穴名。在腓骨小頭前下方凹陷處。屬足少陽膽經。
〔4〕 絶骨 穴名。又名懸鐘。在外踝上三寸。屬足少陽膽經。
〔5〕 鬲俞 穴名。在第七胸椎棘突下，旁開一寸五分處。屬足太陽膀胱經。
〔6〕 大抒 《句解》、《本義》、《集覽》本、《甲乙》卷二第八“抒”并作“杼”。按“抒”“杼”古通。“大抒”俞穴名。在第一胸椎棘突下，旁開一寸五分處，屬足太陽膀胱經。《古本難經闡注》、白雲閣藏本《難經會通》第四十五難“大抒”并作“大椎”。此説可參考。
〔7〕 太淵 穴名。在腕横紋上，當拇長展肌腱與撓側腕屈肌腱連線中點處。屬手太隂肺經。
〔8〕 三焦 此處指膻中穴。在兩乳中間，胸骨中線上。屬任脈經。原文小字注可證。《靈樞·海論》：“膻中者爲氣之海。”故氣之會穴膻中。
〔9〕 外一筋直兩乳内也 此八字，原作正文，與上文文例不合。《集解》：“按外一八字是衍文。此是氣會三焦之旁注……應據删。”按，此説有理。本經三十一難云：“上焦者……其治在膻中，玉堂下一寸六分，直兩乳間陷者是”可證。今將“外一”八字改作小字注。又《史記·扁鵲倉公列傳》正義引《八十一難》“外一”二十字作“此謂八會也”。
按語：八會之名，首見於本經。八會穴理論對針灸臨床有一定指導意義。如明·楊繼洲《針灸大成》引宋·侯自然《難經注疏》根據本難所述八會穴理論，提出腑病治中脘，臟病治章門，筋病治陽陵泉，髓病治絶骨，血病治膈俞，骨病治大杼，脈病治大淵，氣病治膻中等。目前針灸臨床常用膻中治氣促喘逆之病，陽陵泉治筋攣及偏風半身不遂之疾，中腕治胃腸疼痛吐瀉消化道疾患，絶骨治頸項强直及髓減骨痿等症……可見八會理論，有實踐基礎。